Metrik grafik teorisi veritabanı arama algoritmaları


9

(Yavaşça) SIGACT News için Kemoinformatik Algoritmaları El Kitabı'nı gözden geçiriyorum . Bir bölüm, mevcut yazılım uygulamalarını tartışır ve veritabanı aramaları (ve diğer uygulamalar) grafikler hakkında olabildiğince fazla bilgi kullanmıyor gibi görünmektedir. Öte yandan, belki daha teorik algoritmaların uygulanması çok zor olacaktır. Yine de potansiyel bir açık alan gibi görünüyor.

İşte sorum:

Metrik bilgili grafik veritabanlarının algoritmalarının teorisini ve uygulamasını (umarım) tartışan bir genel bakış (veya küçük bir referans referansı) var mı? (Her kenar bir mesafedir ve her bir tepe noktası bir hacme sahiptir.) Örnek bir problemin kimyasız açıklaması şu şekildedir: bir grafik veritabanı verildiğinde, hepsini belirli bir alt çizgi içeren bulabilirsiniz.


veritabanının metrik bilgiye sahip olması ne kadar önemlidir? biyo dünyasında bile grafik veritabanı arama konusunda tonlarca çalışma var, ancak hacim / mesafe etiketi sorunu hakkında bilmiyorum
Suresh Venkat

Sorunuzun cevabını bir veya iki hafta içinde öğreneceğim. Biyoinformatik problemleriyle benzerlikler ve farklılıklar benim için henüz net değil.
Aaron Sterling

Yanıtlar:


2

Bu , ağırlıklar olmasa bile, genel olarak NP-tam olan alt izomorfizm problemiyle ilişkili gibi görünmektedir . Bununla ilgili Wikipedia makalesi, bazı durumlarda etkili bir şekilde çözülebileceğini iddia ediyor.

Eğer kemo- biyoenformatik gibi bir şeyse, muhtemelen gürültü ile başa çıkmak için yaklaşık algoritmalarla ilgileneceksiniz. Ayrıca, uygulama olarak veritabanı araması göz önüne alındığında, ön işleme için size iyi amortisman edilmiş çalışma zamanları veren akıllı fikirler olabilir.

Bunları bulundu (okunmadı):

http://www.springerlink.com/content/4751121q3575v041/

http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/23/2/232.full

http://portal.acm.org/citation.cfm?id=1368898

Feragatname : Yine, yorum tarzı cevap için özür dilerim; Henüz yorum yapmama izin verilmiyor.

Sitemizi kullandığınızda şunları okuyup anladığınızı kabul etmiş olursunuz: Çerez Politikası ve Gizlilik Politikası.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.