Soundbite cevabı: DNA hesaplama, 1990'lardaki bazı saygın araştırmacıların bir süre için düşündüğü halde, NP-komple sorunları çözmek için sihirli bir değnek sağlamıyor.
Açılış DNA'sı hesaplama deneyi, ünlü sayılar teorisyen Len Adleman başkanlığındaki bir laboratuarda gerçekleştirildi. Adleman, tanınmış bir NP-tamamlanmış sorunu olan küçük bir Gezgin Satıcı Sorunu çözdü ve o ve diğerleri bir süre için yöntemin ölçeklenebileceğini düşündüler. Adleman, yaklaşımını büyüleyici bulduğum bu kısa videoda anlatıyor . Karşılaştıkları problem, mütevazı boyutta bir TSP problemini çözmek için, Dünya'nın boyutundan daha fazla DNA'ya ihtiyaç duymalarıydı. Paralel olarak yapılan iş miktarını artırarak zamandan tasarruf etmenin bir yolunu bulmuşlardı, ancak bu TSP'nin çözülmesi gereken üstel kaynaklardan daha azına ihtiyaç duyduğu anlamına gelmiyordu. Üstel maliyeti yalnızca zamanın miktarından fiziksel maddenin miktarına kaydırmıştı.
(Ek bir soru var: bir sorunu çözmek için üssel bir miktarda makineye ihtiyaç duyuyorsanız, makineyi ilk etapta oluşturmak için otomatik olarak üssel miktarda bir zamana veya en azından ön işleme tabi tutulmasına ihtiyacınız var mı? bir tarafı olsa da.)
Bu genel sorun - bir hesaplamanın başka bir kaynağın pahasına yapması gereken süreyi azaltmak - biyolojik olarak esinlenen bilgisayar modellerinde birçok kez ortaya çıkmıştır. Membüt hesaplama hakkındaki Wikipedia sayfası (biyolojik bir hücrenin soyutlanması), belirli bir tür membran sisteminin, polinom zamanında NP-komple problemleri çözebileceğini söylüyor. Bu işe yarıyor çünkü bu sistem polinom sürede genel bir membran içinde üssel olarak çok sayıda alt obje oluşturulmasına izin veriyor. Peki ... Üstel bir miktarda hammadde dış dünyadan sabit yüzey alanına sahip bir zardan nasıl giriyor? Cevap: dikkate alınmadı. Hesaplamanın başka şekilde gerektireceği bir kaynak için para ödemiyorlar.
Son olarak, AHNEP'leri gösteren bir bildiriye bağlanan Anthony Labarre'a yanıt vermek, polinom zamanında NP-komple sorunları çözebilir. AHNEP'lerin 3SAT'ı lineer olarak çözebileceklerini gösteren bir makale bile varsaati. AHNEP = Evrimsel İşlemcilerin Hibrit Ağını Kabul Etme. Evrimsel bir işlemci, her adımında ikame, silme veya (önemli olarak) yerleştirme ile değiştirilebilen bir çekirdeği olan DNA'dan ilham alan bir modeldir. Ayrıca, her düğümde isteğe bağlı olarak çok sayıda dizi bulunur ve her iletişim aşamasında, tüm düğümler tüm doğru dizgilerini tüm bağlı düğümlere gönderir. Bu nedenle, zaman maliyeti olmadan, üstel miktarda bilgiyi aktarmak mümkündür ve ekleme kuralı nedeniyle, bireysel dizeler hesaplama boyunca daha da büyüyebilir, bu yüzden çift çarpıktır.
Biyobilişimle ilgili son çalışmalarla ilgileniyorsanız, gerçek dünyada pratik olan hesaplamalara odaklanan araştırmacılar tarafından , kısa süre önce birden fazla alana değinen SIGACT News için yazdığım bu kitap incelemesini sunabilirim .