İşlemsel biyoloji alanındaki bazı problemler yapay olmayan pratik uygulamalar için uygun görünmektedir - ya da en azından Jukka Suomela tarafından belirtilen problemler kadar yapay değildir.
Örneğin, insanlar sık sık F. Abu-Khzam, R. Collins, M. Fellows, M. Langston, W. Suters C. Symons, Vertex Cover Problemi için Çekirdek Algılamaları: 6. Teori ve Deneyler Algoritma Mühendisliği ve Deneyleri Çalıştayı (ALENEX), ACM / SIAM, Proc. Uygulamalı Matematik 115, 2004.
Yazarların belirttiği gibi, "Yöntemlerimizi uyguladığımız uygulamalardan biri protein alanı bilgisine dayanan filogenetik ağaçlar bulmayı içerir ..." (yukarıdaki yazının 8. bölümü).
Yazarların bir alt kümesi, bu konuda benzer makalelere sahiptir, bkz. Örneğin, Faysal N. Abu-Khzam, Michael A. Langston, Pushkar Shanbhag ve Christopher T. Symons, FPT Problemleri için Ölçeklendirilebilir Paralel Algoritmalar , Algoritma, Cilt 45, Sayı 3 269-284.
Deneylerde kullanılan örneklerin gerçek dünya örnekleri mi yoksa yapay mı olduğundan emin değilim, ancak umarım iki referans size iyi bir başlangıç noktası verir.