Grafiği bir milyon köşeyle görselleştirme

1000000 köşeli bir grafiği görselleştirmek (köşeleri ve kenarları çizmek) için en iyi araç hangisidir? Grafikte yaklaşık 50000 kenar vardır. Ve tek tek köşelerin ve kenarların yerini hesaplayabilirim.

Bir svg oluşturmak için bir program yazmayı düşünüyorum. Başka öneriniz var mı?

Ayrıca oldukça güçlü görünen Gephiyazılım ( https://gephi.github.io ) öneririm . Kullanmayla ilgili bazı ek bilgiler Gephiile geniş ağlar bulunabilir burada daha genel ve burada . Cytoscape( http://www.cytoscape.org ), Gephikarmaşık ağ analizi ve görselleştirme için başka bir popüler platform olma alternatifidir .

Ağlarla R, Python veya C / C ++ 'da programlı olarak (görselleştirme dahil) çalışmak isterseniz igraph, kitaplık koleksiyonunu kontrol edebilirsiniz . Tarih: R bahsetmişken, aşağıdaki blog postaları ilginç bulabilirler Cytoscape ile R kullanarak ( http://www.vesnam.com/Rblog/viznets1 ) ve üzerinde Gephi ile R kullanarak ( http://www.vesnam.com/ Rblog / viznets2 ).

İçin kapsamlı listeleri arasında ağ analizi ve görselleştirme yazılımları bazı karşılaştırma ve değerlendirme de dahil olmak üzere, aşağıdaki sayfaları kontrol etmek isteyebilirsiniz: 1) http://wiki.cytoscape.org/Network_analysis_links ; 2) http://www.kdnuggets.com/software/social-network-analysis.html ; 3) http://www.activatenetworks.net/social-network-analysis-sna-software-review .

https://gephi.github.io/ bir milyon kenarı kaldırabileceğini söylüyor. Grafiğinizde 1000000 köşe ve yalnızca 50000 kenar varsa, köşe noktalarınızın çoğunda yine de kenar bulunmaz.

Aslında Gephi spesifikasyonu örneğinizin ikisidir: "50.000 düğüme ve 1.000.000 kenara kadar ağlar"

Sanırım, Gephibellek yetersizliği sorunları ile karşı karşıya kalabilir, en az 8Gb RAM'e ihtiyacınız olacak. Rağmen kenar sayısı çok büyük değil.

Muhtemelen, bu durumda daha uygun bir araç GraphViz . Ağ görselleştirmeleri için bir komut satırı aracıdır ve muhtemelen grafik boyutuna daha toleranslı olacaktır. Dahası, hatırladığım gibi, GraphVizhesaplamaları kolaylaştırmak için önceden hesaplanmış koordinatları kullanmak mümkündür.

GraphVizDevasa grafiklerle kullanmanın gerçek dünyadaki örneklerini bulmaya çalıştım , ancak başarılı olamadım. Her ne kadar Hesaplamalı Bilim üzerine benzer bir tartışma buldum .

Raporlama: Grafml kodlama ve görselleştirme için yEd kullanıyorum (sadece bu kombinasyona aşina olduğum için. Gephi veya graphviz iyi çalışır ve hatta daha iyi olabilir). Tüm düğümlerin yerini hesapladığım için bellek o kadar büyük bir sorun değildi. Graphml kodlama, svg kodlamasına kıyasla biraz daha kolaydır, çünkü kenarların yerleşimini açıkça belirtmek zorunda değilim.

PajekXXL muazzam ağları yönetmek için tasarlanmıştır. Ama Pajek de sezgisel olmayan bir arayüze sahip tuhaf bir program.

Graphexp kullanmanızı tavsiye ederim. Gephi son derece sınırlı olan bilgisayarınızın RAM bağlıdır. Diğer yandan Graphexp, diğer düğümlere gidebileceğiniz sadece sınırlı sayıda Düğümdür. Graphexp'i bir kullanıcı arabirimi olarak kullanan 700 Milyon köşeli bir grafik ve arka uç depolama alanı olarak HBase'li Janusgraph'ı görselleştirdim. https://github.com/bricaud/graphexp

Graphistry'e bir bakın, 1Mil düğümlerini ve kenarlarını işleyebilirler.