Büyük raster R veya Python kullanarak çoklu çizgiye dönüştürmenin en hızlı yolu?

Küresel su kütleleri (1 bit değerleri 0 ve 1) ile büyük bir raster dosyası (129600 x 64800 piksel) var ve okyanus ve iç su kıyıları çıkarmaya çalışın.

Rasterden çoklu çizgiye dönüştürmek için ArcGIS ve QGIS ile denedim, ancak zaman alır.

Bu görev için daha iyi / daha hızlı bir yol (Python veya R) veya daha iyi bir araç bilen var mı?

Güncelleme

• R: rasterToContour hızlı ve hassas olabilir, ancak benimki gibi çok büyük bir veri kümeniz (8.398.080.000 piksel) varsa, çok büyük miktarda RAM'e (16GB'dan fazla) ihtiyacınız vardır veya R'yi sabit sürücüde daha fazla işlem yapmaya zorlarsınız ve yaş da alacaktır.
• Python / GDAL: gdal_poligonize, çoklu çizgiler yerine çokgenler oluşturur

Güncelleme 2

• R rasterToContour: rasterToContour istenen sonuçları sağlamaz. ArcGIS (raster-poligon ve ardından özellik-çizgi) ile karşılaştırıldığında, aşağıdaki örneklerde gösterildiği gibi tam piksel anahattını çıkarmaz.

rasterToContour sonucu

ArcGIS sonucu

GÜNCELLEME 3

Python / GDAL: Test veri kümesinde ArcGIS'e karşı komut satırından gdal_polygonize çalıştırdım ve sonuçlar son derece açıktı:

• gdal: 49 saniye
• ArcGIS: 1.84 saniye

Ben R ile çalışan ve alışkınım rasterToPolygonsdan rastergeçmişte paketin ama şimdi tercih gdal_polygonizeRJohn Baumgartner tarafından. Buna dayanır gdal_polygonize.pyve çok daha hızlıdır. John Baumgartner kodu yayınladı ve blogunda kullanım için bir örnek verdi .

Python'a aşina iseniz, gdal_polygonize.pydoğrudan elbette kullanabilirsiniz .

Gelecek nesiller için, bu tür işlemleri hızlı bir şekilde yapmak için stars::paketle başarılı oldum R.

library(raster)
library(stars)
library(sf)
library(magrittr)

f <- system.file("external/test.grd", package="raster")
r <- raster(f)
r[r[] < 750] <- 0
r[r[] >= 750] <- 1

x <- st_as_stars(r) %>% 
  st_as_sf() %>% # this is the raster to polygons part
  st_cast("MULTILINESTRING") # cast the polygons to polylines

plot(x)

plot(r)
plot(x, add = TRUE)

Deneyin rasterToContourgelen raster paketinin.

f <- system.file("external/test.grd", package="raster")
r <- raster(f)
r[r[] < 750] <- 0
r[r[] >= 750] <- 1

x <- rasterToContour(r)
class(x)
> [1] "SpatialLinesDataFrame"
> attr(,"package")
> [1] "sp"

plot(r)
plot(x, add=TRUE)

Daha sonra, aşağıdaki kodu kullanarak dosyaları yerel bir klasöre, örneğin 'ESRI Şekil Dosyası' (.shp) gibi kolayca yazabilirsiniz. Göz at ogrDriversgelen rgdal sistem ile uyumlu olan sürücüler öğrenmek için.

library(rgdal)
writeOGR(x, dsn = getwd(), layer = "coastlines", driver = "ESRI Shapefile")

GDAL'ın büyük bir hayranıyım, ancak çokgenleştirme aracı uygulamalarım için de çok yavaştı.

Hızlı bir alternatiftir gdal_trace_outlinedan Dans GDAL komut da daha fazla seçenek ilişkin toleransı vardır, çörek, vb

Bunun gibi gdal_polygonize, daha sonra dönüştürmeniz gereken çokgenler de üretir ogr2ogr -nlt MULTILINESTRING.

Bunun bir dezavantajı, bir Linux veya Mac OsX Sisteminde değilseniz, kendiniz derlemeniz gerekir.