R'de hangi paket sürümünün yüklü olduğunu nasıl öğrenebilirim?

Üniversite kümemi nasıl kullanacağımı çözme sürecindeyim. Yüklü 2 R sürümü vardır. Standart olmayan bir yerde sistem çapında R 2.11 (Debian 6.0) ve R 2.14.2.

MPI'yı karla birlikte kullanmaya çalışıyorum. Çalışmaya çalıştığım kod aşağıdaki

library(snow)
library(Rmpi)
cl <- makeMPIcluster(mpi.universe.size()-1)
stopCluster(cl)
mpi.quit()

R 2.11'de sorunsuz çalışır. (Senaryoyu ile başlatırım mpirun -H localhost,n1,n2,n3,n4 -n 1 R --slave -f code.R). Şimdi R 2.14.2 ile yapmaya çalıştığımda, aşağıdaki mesajı alıyorum:

Error: This is R 2.11.1, package 'snow' needs >= 2.12.1
In addition: Warning message:

Yani R, R 2.11 için derlenen paket kar versiyonunu yüklüyor. Ana klasöre R 2.14 altında kar yükledim ve koduma aşağıdaki satırları ekledim:

.libPaths("/soft/R/lib/R/library")
.libPaths("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.11")
print(.libPaths())
print(sessionInfo())
print(version)

Ve hatadan önceki çıktı gerçekten R 2.14.2 çalıştırdığımı ve R paketleri klasörünün ilk arama yolunda olduğunu doğrular. Ama yine de hatayı alıyorum.

Benim sorum R hangi paketin yüklü sürümünü nasıl belirlerim? installed.packagesYüklü tüm paketler ile görebilirsiniz , bu yüzden belki de yüklü paketler için benzer bilgileri listeleyen bazı işlevi var?

Bunu sessionInfo()başarmak için kullanabilirsiniz .

> sessionInfo()
R version 2.15.0 (2012-03-30)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8    LC_PAPER=C                 LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] graphics  grDevices utils     datasets  stats     grid      methods   base     

other attached packages:
[1] ggplot2_0.9.0  reshape2_1.2.1 plyr_1.7.1    

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] colorspace_1.1-1   dichromat_1.2-4    digest_0.5.2       MASS_7.3-18        memoise_0.1        munsell_0.3       
 [7] proto_0.3-9.2      RColorBrewer_1.0-5 scales_0.2.0       stringr_0.6       
> 

Ancak, yorumlara ve aşağıdaki cevaba göre, daha iyi seçenekler var

> packageVersion("snow")

[1] '0.3.9'

Veya:

"Rmpi" %in% loadedNamespaces()

packageVersionBir paketin hangi sürümünün yüklü olduğunu görmek için kullanabilirsiniz

> packageVersion("snow")
[1] ‘0.3.9’

Hangi R sürümünü kullandığınızı görmek istediğiniz gibi görünse de, bu durumda @ Justin'in sessionInfoönerisi gitmenin yolu

R yürütme sürümünü kontrol etmek için: R --version

Ya da R kabuğuna girdikten sonra version$version.string

DÜZENLE

Kurulu paketlerin sürümünü kontrol etmek için aşağıdakileri yapın.

Kütüphaneyi yükledikten sonra, sessionInfo ()

Ancak kurulu tüm paketlerin listesini bilmek için:

packinfo <- installed.packages(fields = c("Package", "Version"))
packinfo[,c("Package", "Version")]

VEYA, belirli bir kitaplık sürümünü ayıklamak için, installed.packageyukarıdaki işlevi kullanarak bilgileri çıkardıktan sonra, yalnızca matrisin ilk boyutunda paketin adını kullanın.

packinfo["RANN",c("Package", "Version")]
packinfo["graphics",c("Package", "Version")]

Yukarıdakiler RANN kütüphanesinin ve grafik kütüphanesinin versiyonlarını basacaktır.

Teknik olarak, şu anda tüm cevaplar yanlış. packageVersionyüklenen paketin sürümünü döndürmez. Diske gider ve paket sürümünü oradan alır.

Bu çoğu durumda bir fark yaratmaz, ancak bazen yapar. Anlayabildiğim kadarıyla, yüklü bir paketin sürümünü almanın tek yolu oldukça hileli:

asNamespace(pkg)$`.__NAMESPACE__.`$spec[["version"]]

pkgpaket adı nerede .

EDIT: Bu işlevin ne zaman eklendiğinden emin değilim, ancak kullanabilirsiniz getNamespaceVersion, bu daha temiz:

getNamespaceVersion(pkg)

Böyle bir şey deneyebilirsiniz:

1. package_version(R.version)

2. getRversion()

GUI çözümü:

RStudio kullanıyorsanız, Packagesbölmedeki paket sürümünü kontrol edebilirsiniz .

packageDescriptionYüklü paket açıklamasını almak için R yöntemini kullanın ve sürüm için şu şekilde kullanın $Version:

packageDescription("AppliedPredictiveModeling")$Version
[1] "1.1-6"

Önceki cevaplara dayanarak, R-sürümünü yazdırmanın basit bir alternatif yolu, ardından ad alanına yüklenen her paketin adı ve sürümü. Jupyter not defterinde çalışıyor sessionInfo()ve burada sorun yaşıyorum ve R --version.

print(paste("R", getRversion()))
print("-------------")
for (package_name in sort(loadedNamespaces())) {
    print(paste(package_name, packageVersion(package_name)))
}

Dışarı:

[1] "R 3.2.2"
[1] "-------------"
[1] "AnnotationDbi 1.32.2"
[1] "Biobase 2.30.0"
[1] "BiocGenerics 0.16.1"
[1] "BiocParallel 1.4.3"
[1] "DBI 0.3.1"
[1] "DESeq2 1.10.0"
[1] "Formula 1.2.1"
[1] "GenomeInfoDb 1.6.1"
[1] "GenomicRanges 1.22.3"
[1] "Hmisc 3.17.0"
[1] "IRanges 2.4.6"
[1] "IRdisplay 0.3"
[1] "IRkernel 0.5"

Eski soru, ancak cevaplar arasında değil, yüklü tüm paketlere hızlı ve kısa bir genel bakış elde etmek için en sevdiğim komut:

(.packages())

Yüklü tüm paketlerin hangi sürümünün yüklü olduğunu görmek için, alt kümesi ayarlamak için yukarıdaki komutu kullanın installed.packages().

installed.packages()[(.packages()),3]

Sütun numarasını değiştirerek (paket sürümü için 3), installed.packages()okunması kolay bir matriste saklanan diğer bilgileri alabilirsiniz . Sürüm numarası ve bağımlılık için bir örnek:

installed.packages()[(.packages()),c(3,5)]

Sistemde yüklü R paketlerinin sürümünü edinmek için aşağıdaki kodu kullanın:

installed.packages(fields = c ("Package", "Version"))

Sadece help(package="my_package")gösterilen sürümü kullanın ve bakın.

Bu, aynı paketin başka sürümünün olmadığını varsayar .libPaths.

Search (), bir oturumdaki ekli paketlerin daha basitleştirilmiş bir listesini verebilir (yani, sessionInfo () tarafından verilen ayrıntılı bilgi olmadan)

search {base} - R Belgeler
Açıklama: Ekli paketlerin bir listesini verir. Arama()

search()
#[1] ".GlobalEnv"        "package:Rfacebook" "package:httpuv"   
#"package:rjson"    
#[5] "package:httr"      "package:bindrcpp"  "package:forcats"   # 
#"package:stringr"  
#[9] "package:dplyr"     "package:purrr"     "package:readr"     
#"package:tidyr"    
#[13] "package:tibble"    "package:ggplot2"   "package:tidyverse" 
#"tools:rstudio"    
#[17] "package:stats"     "package:graphics"  "package:grDevices" 
#"package:utils"    
#[21] "package:datasets"  "package:methods"   "Autoloads"         
#"package:base"