Cython: "ölümcül hata: numpy / arrayobject.h: Böyle bir dosya veya dizin yok"

Buradaki cevabı Cython kullanarak hızlandırmaya çalışıyorum . Kodu derlemeye çalışıyorum ( buradacygwinccompiler.py açıklanan hack işlemini yaptıktan sonra ), ancak bir hata alıyorum. Biri bana kodumla ilgili bir sorun mu yoksa Cython ile ilgili bazı ezoterik incelikler mi söyleyebilir?fatal error: numpy/arrayobject.h: No such file or directory...compilation terminated

Kodum aşağıdadır.

import numpy as np
import scipy as sp
cimport numpy as np
cimport cython

cdef inline np.ndarray[np.int, ndim=1] fbincount(np.ndarray[np.int_t, ndim=1] x):
    cdef int m = np.amax(x)+1
    cdef int n = x.size
    cdef unsigned int i
    cdef np.ndarray[np.int_t, ndim=1] c = np.zeros(m, dtype=np.int)

    for i in xrange(n):
        c[<unsigned int>x[i]] += 1

    return c

cdef packed struct Point:
    np.float64_t f0, f1

@cython.boundscheck(False)
def sparsemaker(np.ndarray[np.float_t, ndim=2] X not None,
                np.ndarray[np.float_t, ndim=2] Y not None,
                np.ndarray[np.float_t, ndim=2] Z not None):

    cdef np.ndarray[np.float64_t, ndim=1] counts, factor
    cdef np.ndarray[np.int_t, ndim=1] row, col, repeats
    cdef np.ndarray[Point] indices

    cdef int x_, y_

    _, row = np.unique(X, return_inverse=True); x_ = _.size
    _, col = np.unique(Y, return_inverse=True); y_ = _.size
    indices = np.rec.fromarrays([row,col])
    _, repeats = np.unique(indices, return_inverse=True)
    counts = 1. / fbincount(repeats)
    Z.flat *= counts.take(repeats)

    return sp.sparse.csr_matrix((Z.flat,(row,col)), shape=(x_, y_)).toarray()

Gözlerinde farklı setup.py, Extensionargüman olmalıdır include_dirs=[numpy.get_include()].

Ayrıca, np.import_array()kodunuzda eksiksiniz.

-

Örnek setup.py:

from distutils.core import setup, Extension
from Cython.Build import cythonize
import numpy

setup(
    ext_modules=[
        Extension("my_module", ["my_module.c"],
                  include_dirs=[numpy.get_include()]),
    ],
)

# Or, if you use cythonize() to make the ext_modules list,
# include_dirs can be passed to setup()

setup(
    ext_modules=cythonize("my_module.pyx"),
    include_dirs=[numpy.get_include()]
)    

Sizinki gibi tek dosyalık bir proje için başka bir alternatif kullanmaktır pyximport. Bir oluşturmak gerekmez setup.pyIPython kullanırsanız bile bir komut satırı açmak üzere hepsi çok uygun ... ihtiyacım yok .... Sizin durumunuzda, bu komutları IPython'da veya normal bir Python betiğinde çalıştırmayı deneyin:

import numpy
import pyximport
pyximport.install(setup_args={"script_args":["--compiler=mingw32"],
                              "include_dirs":numpy.get_include()},
                  reload_support=True)

import my_pyx_module

print my_pyx_module.some_function(...)
...

Elbette derleyiciyi düzenlemeniz gerekebilir. Bu, .pyxdosyalar için çalışırken içeri aktarma ve yeniden yüklemenin de aynı şekilde çalışmasını .pysağlar.

Kaynak: http://wiki.cython.org/InstallingOnWindows

Hata, derleme sırasında bir numpy başlık dosyasının bulunmadığı anlamına gelir.

export CFLAGS=-I/usr/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include/Yapmayı ve sonra derlemeyi deneyin . Bu, birkaç farklı paketle ilgili bir sorundur. ArchLinux'da aynı sorun için dosyalanmış bir hata var: https://bugs.archlinux.org/task/22326

Basit cevap

Daha basit bir yol, dosyanızın yolunu eklemektir distutils.cfg. Varsayılan olarak Windows 7'nin yoludur C:\Python27\Lib\distutils\. Sadece aşağıdaki içeriği ileri sürüyorsunuz ve işe yaramalı:

[build_ext]
include_dirs= C:\Python27\Lib\site-packages\numpy\core\include

Tüm yapılandırma dosyası

Yapılandırma dosyasının nasıl görünebileceğine dair bir örnek vermek gerekirse, dosyamın tamamı şunları okur:

[build]
compiler = mingw32

[build_ext]
include_dirs= C:\Python27\Lib\site-packages\numpy\core\include
compiler = mingw32

İçinde bunu yapmak mümkün olmalıdır cythonize()belirtildiği gibi işlevi burada , ama bir orada beacuse çalışmıyor bilinen sorun

Kurulum dosyalarını yazamayacak kadar tembelseniz ve dizinleri içerme yolunu bulamayacak kadar tembelseniz , cyper'ı deneyin . Cython kodunuzu derleyebilir ve include_dirsotomatik olarak Numpy için ayarlayabilir.

Kodunuzu bir dizeye yükleyin, ardından çalıştırın cymodule = cyper.inline(code_string), ardından işleviniz cymodule.sparsemakeranında kullanılabilir hale gelir . Bunun gibi bir şey

code = open(your_pyx_file).read()
cymodule = cyper.inline(code)

cymodule.sparsemaker(...)
# do what you want with your function

Cyper'ı üzerinden yükleyebilirsiniz pip install cyper.