Ubuntu kepler çalıştırıyorum ve tomcat7 sunucusunu tanımak için tutulma alma aynı sorun vardı. Dizin yükleme yolum iyiydi ve dosyaları silmek / yeniden adlandırmak da düzeltmedi.
Benim için işe yarayan buydu:
terminalde aşağıdakileri çalıştırın:
cd ~/workspace/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.runtime/.settings/
rm org.eclipse.jst.server.tomcat.core.prefs
rm org.eclipse.wst.server.core.prefs
cd /usr/share/tomcat7
sudo service tomcat7 stop
sudo update-rc.d tomcat7 disable
sudo ln -s /var/lib/tomcat7/conf conf
sudo ln -s /etc/tomcat7/policy.d/03catalina.policy conf/catalina.policy
sudo ln -s /var/log/tomcat7 log
sudo chmod -R 777 /usr/share/tomcat7/conf
sudo ln -s /var/lib/tomcat7/common common
sudo ln -s /var/lib/tomcat7/server server
sudo ln -s /var/lib/tomcat7/shared shared
tutulmayı yeniden başlatın, tomcat7 sunucusunu silin. Sunucuyu yeniden ekleyin ve her şey işe yaradı.
İşte kullandığım bağlantı.
http://linux.mjnet.eu/post/1319/tomcat-7-ubuntu-13-04-and-eclipse-kepler-problem-to-run/