rgdal paket kurulumu

Buradaki sorun zaten çok güzel bir örnek bulduk olarak, Ar yoluyla harita çizmek nasıl tam olarak bu değildi burada , daha ziyade o iş yapmak nasıl. Aslında, kitaplığı yükleyemiyorum rgdal:

library(rgdal)
Error in library(rgdal) : there is no package called ‘rgdal’

Ancak yukarıdaki paketi manuel olarak kurmaya çalıştığımda şu hatayı alıyorum:

....
configure: error: proj_api.h not found in standard or given locations.
ERROR: configuration failed for package ‘rgdal’
* removing ‘/home/eualin/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/rgdal’
Warning in install.packages : installation of package ‘/home/eualin/Downloads/rgdal_0.8-5.tar.gz’ had non-zero exit status

Herhangi bir giriş hoş geldiniz!

CRAN'daki paket sayfasına bakarsanız , şunları göreceksiniz:

Sistem Gereksinimleri: kaynaktan derlemek için: GDAL> = 1.7.1 kitaplık Sistem Gereksinimleri : kaynaktan derlemek için: http://trac.osgeo.org/gdal/wiki/DownloadSource'tan ve http: //trac.osgeo'dan PROJ.4 (proj> = 4.4.9) .org / proj / ; William Kyngesburye tarafından inşa GDAL OSX çerçeveler http://www.kyngchaos.com/ OSX üzerinde kaynak kurulumları için kullanılabilir.

Linux altında göründüğünüz gibi, her zaman kaynaktan paket oluşturursunuz, bu nedenle ilgili kitaplıkları sisteminize yüklemeniz gerekir. Mint, Ubuntu veya başka bir Debian türevi altındaysanız şunları yapabilirsiniz:

$ sudo apt-get install libgdal1-dev libproj-dev

Hala Debian tabanlı bir sistemde faydalı olabilecek bir ipucu, apt-filepaketi kurmak ve çalıştırmaktır:

$ sudo apt-file update

Ardından, aşağıdaki gibi bir hata aldığınızda:

configure: error: proj_api.h not found in standard or given locations.

Eksik dosyayı almak için hangi paketi yüklemeniz gerektiğini bulmak için aşağıdaki komutu kullanabilirsiniz:

$ apt-file search proj_api.h
libproj-dev: /usr/include/proj_api.h

OS X'i Homebrew paket yöneticisiyle kullanıyorsanız ve homebrew-science tap aracılığıyla R yüklediyseniz , önce gdal'ı kurarak rgdal'ı kurabilirsiniz.

brew install gdal

Postgresql desteği gibi süslü bir şey istiyorsanız, bunu çalıştırmadan önce mevcut seçenekleri listelemek isteyebilirsiniz . Mevcut seçenek türünü görmek için

brew options gdal

o zaman süslü olmak için yazabilirsin

brew install --with-postgresql gdal

Bir süre sonra bağımlılıklarla devam edebilirsiniz, çünkü ihtiyaç duyduğunuz proj_api.h dosyasını içeren proj , bağımlılıklardır! Maalesef rgdal, / usr / local / include içine bakmadığı için pro_api.h dosyasını şu anda bulamayacak. Bunu ve diğer olası sorunları rgdal kurulumunuzla düzeltmek için, rgdal'ı yüklemek için aşağıdaki R komutunu kullanın:

  > install.packages('rgdal', type = "source", configure.args=c('--with-proj-include=/usr/local/include','--with-proj-lib=/usr/local/lib'))

Bu , demleme adımları haricinde MacPorts için ihtiyacınız olana benzer olmalıdır ve kitaplıklarınız / başlıklarınız büyük olasılıkla sırasıyla "/ opt / local / lib" ve "/ opt / local / include" altındadır.

Not: gdal ile bir seçenek olarak "--with-armadillo" kullanıyorsanız ve armadillo'yu 6'dan 7'ye yükselttiyseniz, yükselticileri bir araya getirmek için. Rgdal'ı yükseltmeden / yeniden yüklemeden önce gdal'ı yeniden derlemeniz gerekecektir.

R-3.2.0 kullanan bir Fedora 21 sisteminde aşağıdakiler çalıştı:

yum install gdal.x86_64 gdal-devel.x86_64 gdal-libs.x86_64
yum install proj.x86_64 proj-devel.x86_64
yum install proj-epsg.x86_64 proj-nad.x86_64

Açıkçası bu, tekrarlanan denemelerin sonucuydu:

install.packages("rgdal")

çalışmak. Muhtemelen hepsini tek bir kurulumda yapabilirsiniz.

Ubuntustudio 14.04'te (tüm debian dağıtımları için aynı):

sudo apt-get install libproj-dev libgdal-dev

Sonra rgdal paketini kurabilirim

R info:
R version 3.0.2 (2013-09-25) -- "Frisbee Sailing"

Linux info:
Linux francois-K53SV 3.13.0-34-lowlatency #60-Ubuntu SMP PREEMPT Wed Aug 13 16:15:18 UTC 2014 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

İşte Centos7'de yaptığım şey:

yum install gdal gdal-devel
yum install proj-devel
yum install proj-nad
yum install proj-epsg

Sonra basitçe

install.packages("rgdal")

İyi çalıştı ama hiç net değildi.

OSX'te http://www.kyngchaos.com/software/frameworks adresinden projeyi indiriyorum ve aşağıdaki komutu R'de çalıştırıyorum.

install.packages('rgdal', type = "source", configure.args=c('--with-proj-include=/Library/Frameworks/PROJ.framework/Headers', '--with-proj-lib=/Library/Frameworks/PROJ.framework/unix/lib'))

Bu benim için çalıştı:

install.packages('rgdal',repos="http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin")

Ubuntu 16.04 ve R 3.5.1 için bu oldukça hızlı çalışır:

sudo add-apt-repository -y ppa:ubuntugis/ubuntugis-unstable
sudo apt update
sudo apt install gdal-bin python-gdal python3-gdal libgdal1-dev

Sonra;

sudo apt-get install libudunits2-dev libgdal-dev libgeos-dev libproj-dev

Son olarak CRAN'da;

install.packages("rgdal")

Benim için (Ubuntu 16.04, R 3.4.2), yukarıdaki çözümlerin bir karışımı işe yaradı:

sudo apt-get install libudunits2-dev libgdal-dev libgeos-dev libproj-dev

Daha sonra rgdalCRAN'dan kolayca kurulur .

Sistemimde çalışan tek şey, PROJ4'ü burada açıklandığı gibi kaynaktan derlemek ve ardından rgdal paketini şu şekilde kurmaktı:

 install.packages("rgdal")

Birden çok projelendirme sürümünün kurulu olduğu (kaynaktan) çok kullanıcılı ortamlardaki kişiler için kullandığım yöntem şuydu:

install.packages('rgdal',configure.args="--with-proj-include=/sw/proj/4.9.2/include --with-proj-lib=/sw/proj/4.9.2/lib")

Mac (OS.X Version10.12.6) kullanıcıları için, Bu benim için çalıştı. İlk olarak, komut satırına gidin ve yüklemek GDAL >> kullanarak brew install gdal Rstuduio (R konsol) lazım İkinci ve kullanma paketini yüklemekinstall.packages("rgdal")

Bunu düzeltmek için yapmanız gerekenler install libgdal-dev:

$ sudo apt install libgdal-dev

Yukarıdaki cevapların hiçbiri benim için işe yaramadı (Linux Mint 17.1'de R 3.5.1 çalıştırılıyor). Ubuntu depolarındaki GDAL sürümü 1.11.3'tür, bu rGDAL kurulumunun başarısız olmasına neden olur. İşte benim için işe yarayan çözüm ( bu web sitesinden):

sudo apt-get install libexpat1-dev

GDAL'ı indirin ve yükleyin

wget http://download.osgeo.org/gdal/2.1.1/gdal-2.1.1.tar.gz
tar xvf gdal-2.1.1.tar.gz
cd gdal-2.1.1
./configure
sudo make
sudo make install

Sürümü doğrula

gdal-config --version

Sonra şu hatayı aldım:

** testing if installed package can be loaded
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) :
unable to load shared object '/usr/local/lib/R/site-library/rgdal/libs/rgdal.so':
libgdal.so.20: cannot open shared object file: No such file or directory
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed

Bu, bağlamaların güncellenmesiyle düzeltildi:

sudo ldconfig

Sonra install.packages("rgdal")R'de koşmak iyi çalıştı.

Rgdal'ın düzgün bir şekilde yüklenmesini sağlayamıyorum, burada belirtilen tüm önerileri denedim ve burada R paket kurulumundan sonra bile paketi bulamıyorum

library(rgdal)
rgdal: version: 1.4-3, (SVN revision 828)
Geospatial Data Abstraction Library extensions to R successfully loaded
Loaded GDAL runtime: GDAL 2.2.3, released 2017/11/20
Path to GDAL shared files: C:/Users/xxx/Documents/R/win-library/3.4/rgdal/gdal
GDAL binary built with GEOS: TRUE 
Loaded PROJ.4 runtime: Rel. 4.9.3, 15 August 2016, [PJ_VERSION: 493]
Path to PROJ.4 shared files: C:/Users/xxx/Documents/R/win-library/3.4/rgdal/proj
Linking to sp version: 1.3-1 
Warning message:
package ‘rgdal’ was built under R version 3.4.4

R'mi 3.6.1'e yükselttim

Tekrar deneyin:

batch_gdal_translate(x, desc, outsuffix = "4.img", of = "HFA", co="TILED=YES")
NULL
Warning messages:
1: In gdal_setInstallation() :
No GDAL installation found. Please install 'gdal' before continuing:
    - www.gdal.org (no HDF4 support!)
    - www.trac.osgeo.org/osgeo4w/ (with HDF4 support RECOMMENDED)
    - www.fwtools.maptools.org (with HDF4 support)

2: In gdal_setInstallation() : If you think GDAL is installed, please run:
gdal_setInstallation(ignore.full_scan=FALSE)

bunu Rstudio & komut satırı R 3.6.1 GUI'den çalıştırmayı denedim.

bunu her zaman denedim, yüklenen kütüphaneler için olumlu sonuçlar alıyorum.

library(raster)
Loading required package: sp
library(rgdal)
rgdal: version: 1.4-4, (SVN revision 833)
Geospatial Data Abstraction Library extensions to R successfully loaded
Loaded GDAL runtime: GDAL 2.2.3, released 2017/11/20
Path to GDAL shared files: C:/Users/xxx/Documents/R/R-3.6.1/library/rgdal/gdal
GDAL binary built with GEOS: TRUE 
Loaded PROJ.4 runtime: Rel. 4.9.3, 15 August 2016, [PJ_VERSION: 493]
Path to PROJ.4 shared files: C:/Users/xxx/Documents/R/R-3.6.1/library/rgdal/proj
Linking to sp version: 1.3-1 
library(gdalUtils)
Registered S3 method overwritten by 'R.oo':
method        from       
throw.default R.methodsS3

Okumaya çalıştığım dosyalar dted dosyaları mı?

x <- list.files(path = src, pattern = ".dt", full.names = TRUE)
length(x)

batch_gdal_translate(x, desc, outsuffix = "4.img", of = "HFA", co="TILED=YES")

Yukarıdakileri GTIFF .tif formatında da denedim ve aynı hatayı alıyorum. Ama .hdf dosyalarını okumaya çalışmıyorum, sadece .dt0, .dt1, .dt2

bu, R'nin kurulu olduğu başka bir makinede çalışacak, ancak "bu" makinedeki kurulumda neyin yanlış olduğunu anlamaya çalışıyorum.

Dahil etme yolunu CFLAGS'ye açıkça eklemek benim için çalıştı

install.packages('rgdal', type = "source", configure.args=c('CFLAGS=-I/apps/proj4/5.2.0/include'))

Eğer kullanıyorsanız MacPortsbu çalışmalıdır:

1. Yükle gdal( proj6bağımlılık olarak yüklenecek)

   sudo port install gdal

2. Yüklemek pkg-config

   sudo port install pkgconfig

3. PKG_CONIFG_PATHDeğişkeni proj.pcdosya içeren bir dizini gösterecek şekilde ayarlayın . Benim durumumda bu şuydu:

   export PKG_CONFIG_PATH=/opt/local/lib/proj6/lib/pkgconfig