KnitR ile R'de programlı olarak Markdown tabloları oluşturma

KnitR ve Markdown'un R belgeleri ve raporları oluştururken kullanımı hakkında yeni bilgi edinmeye başlıyorum. Bu, işimle yapmam gereken birçok günlük rapor için mükemmel görünüyor. Bununla birlikte, görmediğim bir şey, veri çerçevelerini ve tablolarını Markdown biçimlendirmesini kullanarak yazdırmanın kolay bir yolu (bir çeşit benzer xtable, ancak LaTeX veya HTML yerine Markdown ile). HTML çıktısını xtable'dan gömebileceğimi biliyorum, ancak Markdown tabanlı çözümler olup olmadığını merak ediyordum.

Şimdi knitr(sürüm 1.3'ten beri) paket, kableoluşturma tablolarının işlevini içerir :

> library(knitr)
> kable(head(iris[,1:3]), format = "markdown")
|  Sepal.Length|  Sepal.Width|  Petal.Length|
|-------------:|------------:|-------------:|
|           5,1|          3,5|           1,4|
|           4,9|          3,0|           1,4|
|           4,7|          3,2|           1,3|
|           4,6|          3,1|           1,5|
|           5,0|          3,6|           1,4|
|           5,4|          3,9|           1,7|

GÜNCELLENDİ : Bir belgede ham fiyat indirimi alırsanız kurulum results = "asis"öbek seçeneğini deneyin .

Bunu yapacak iki paket pandadır

library(devtools)
install_github('pander', 'Rapporter')

Veya ascii

pander yapıyı bildirmek için biraz farklı bir yaklaşımdır (ancak bu özellik için yararlı olabilir).

asciisizi sağlayacak printolan type = 'pandoc(ya da diğer çeşitli markdown tatlar)

library(ascii)
print(ascii(head(iris[,1:3])), type = 'pandoc')



    **Sepal.Length**   **Sepal.Width**   **Petal.Length**  
--- ------------------ ----------------- ------------------
1   5.10               3.50              1.40              
2   4.90               3.00              1.40              
3   4.70               3.20              1.30              
4   4.60               3.10              1.50              
5   5.00               3.60              1.40              
6   5.40               3.90              1.70              
--- ------------------ ----------------- ------------------

Her iki durumda da, pandocmarkdown'dan istediğiniz belge türüne dönüştürmek için kullanmaya yönelik olduğunu unutmayın, ancak kullanım style='rmarkdown', bu markdownpaket ve içinde yerleşik dönüştürme ile uyumlu tablolar oluşturacaktır rstudio.

Bunu yapmaya karar verdiğim şeyle güncellemek istedim. Ben kullanıyorum hwritertabloları yazdırmak için şu anda paketini ve kullanma row.*ve col.*farklı unsurlara CSS sınıfları koymak özellikleri. Ardından, ekranımı istediğim gibi yapmak için özel CSS yazdım. İşte başka birinin benzer bir şeyle uğraşması durumunda bir örnek.

İlk olarak, knittingMarkdown'ı yapacak ve HTML'ye dönüştürecek bir dosya oluşturun :

FILE: file_knit.r
#!/usr/bin/env Rscript

library(knitr)
library(markdown)

knit("file.Rmd")
markdownToHTML("file.md","file.html",stylesheet="~/custom.css")

Ardından, gerçek Markdown dosyasını oluşturun:

FILE: file.Rmd
Report of Fruit vs. Animal Choices
==================================

This is a report of fruit vs. animal choices.

```{r echo=FALSE,results='asis'}
library(hwriter)
set.seed(9850104)
my.df <- data.frame(Var1=sample(x=c("Apple","Orange","Banana"),size=40,replace=TRUE),
                    Var2=sample(x=c("Dog","Cat","Bunny"),size=40,replace=TRUE))

tbl1 <- table(my.df$Var1,my.df$Var2)

tbl1 <- cbind(tbl1,rowSums(tbl1))
tbl1 <- rbind(tbl1,colSums(tbl1))

colnames(tbl1)[4] <- "TOTAL"
rownames(tbl1)[4] <- "TOTAL"

# Because I used results='asis' for this chunk, I can just use cat() and hwrite() to 
# write out the table in HTML. Using hwrite()'s row.* function, I can assign classes
# to the various table elements.
cat(hwrite(tbl1,
           border=NA,
           table.class="t1",
           row.class=list(c("header col_first","header col","header col","header col", "header col_last"),
                          c("col_first","col","col","col","col_last"),
                          c("col_first","col","col","col","col_last"),
                          c("col_first","col","col","col","col_last"),
                          c("footer col_first","footer col","footer col","footer col","footer col_last"))))
```

Son olarak, özel bir CSS dosyası oluşturun.

FILE: custom.css
body {
  font-family: sans-serif;
  background-color: white;
  font-size: 12px;
  margin: 20px;
}

h1 {font-size:1.5em;}

table {
  border: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
  border-collapse: collapse;
  margin-bottom: 20px;
  text-align: center;
  padding: 0px;
}

.t1 .header {
  color: white;
  background-color: black;
  border-bottom: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
  font-weight: bold;
}

.t1 .footer {
  border-top: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
}

.t1 .col_first {
  border-right: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
  text-align: left;
  font-weight: bold;
  width: 75px;
}

.t1 .col {
  width: 50px;
}

.t1 .col_last {
  width: 50px;
  border-left: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
}

Yürütme ./file_knit.rbana file.html veriyor, bu da şuna benziyor:

Yani, umarım bu, Markdown çıktısında biraz daha biçimlendirme isteyenlere yardımcı olabilir!

panderPakette işlevler var :

> library(pander)
> pandoc.table(head(iris)[, 1:3])

-------------------------------------------
 Sepal.Length   Sepal.Width   Petal.Length 
-------------- ------------- --------------
     5.1            3.5           1.4      

     4.9             3            1.4      

     4.7            3.2           1.3      

     4.6            3.1           1.5      

      5             3.6           1.4      

     5.4            3.9           1.7      
-------------------------------------------

Kendi özel işlevinizi yapmak çok zor değil. Aşağıda, a'nın geri sayım tablosunu oluşturmak için çok basit bir kavram kanıtı verilmiştir data.frame:

   rmarkdownTable <- function(df){
      cat(paste(names(df), collapse = "|"))
      cat("\n")
      cat(paste(rep("-", ncol(df)), collapse = "|"))
      cat("\n")

      for(i in 1:nrow(df)){
        cat(paste(df[i,], collapse = "|"))
        cat("\n")
        }
    invisible(NULL)
    }

.Rmd belgesinde daha sonra işlevi şu şekilde kullanırsınız results = 'asis':

```{r, results = 'asis'}
rmarkdownTable <- function(df){
  cat(paste(names(df), collapse = "|"))
  cat("\n")
  cat(paste(rep("-", ncol(df)), collapse = "|"))
  cat("\n")

  for(i in 1:nrow(df)){
    cat(paste(df[i,], collapse = "|"))
    cat("\n")
    }
invisible(NULL)
}

rmarkdownTable(head(iris))
```

Yukarıdaki kod size aşağıdaki şekli verecektir (örnekte bu pdf çıktısıdır, ancak tablo markdwon'da olduğu için html veya kelimeyi de örebilirsiniz).

Buradan - ve diğer kişilerin kodunu okuyarak - istediğiniz tabloyu ve daha kişiselleştirilmiş işlevler oluşturmak için metni nasıl değiştireceğinizi öğrenebilirsiniz.

markdown belgenizde knitr :: kable ve xtable kombinasyonunu kullanın.

library("knitr","xtable")

basit bir data.frame için -

kable(head(mtcars[,1:4]),format="markdown")
kable(head(mtcars[,1:4]),format="pandoc",caption="Title of the table")

format="pandoc" resim yazısı gibi daha fazla seçeneğe izin verir.

Şimdi model özeti kombinasyonu .

data(tli)
fm1 <- aov(tlimth ~ sex + ethnicty + grade + disadvg, data=tli)
kable(xtable(fm1), caption = "Annova table")

daha fazla seçenek için stargazeryerine pakete bakın xtable.

kişisel kullanım için örnek

R'de Markdown tabloları yazmak / oluşturmak için MarkdownReports ' MarkDown_Table_writer_DF_RowColNames() veya MarkDown_Table_writer_NamedVector()işlevlerini de kullanabilirsiniz . Sadece boyut adları olan bir veri çerçevesi / matrisi veya isimleri olan bir vektör aktarırsınız ve tabloyu Markdown formatında ayrıştırır ve yazar.

Gitlab için işlevim:

to_markdown<-function(df) {
    wrap<-function(x,sep=" ") paste0("|", sep, paste(x, collapse=paste0(sep,"|",sep)), sep, "|", sep=sep)
    paste0(wrap(colnames(df)),
    "\n",
    wrap(rep("------", ncol(df)),sep=""),
    "\n",
    paste(apply(df, 1, wrap), collapse="\n"))
}

cat(to_markdown(head(iris[,1:3])))

| Sepal.Length | Sepal.Width | Petal.Length | 
|------|------|------|
| 5.1 | 3.5 | 1.4 | 
| 4.9 | 3 | 1.4 | 
| 4.7 | 3.2 | 1.3 | 
| 4.6 | 3.1 | 1.5 | 
| 5 | 3.6 | 1.4 | 
| 5.4 | 3.9 | 1.7 |