R komut dosyasını komut satırından çalıştırma

755 adında a.rbir chmoddosyam var,

sayHello <- function(){
   print('hello')
}

sayHello()

Bunu komut satırı üzerinden nasıl çalıştırabilirim?

Çıktının terminale yazdırılmasını istiyorsanız, Rscript kullanmak en iyisidir

Rscript a.R

Not kullanırken o R CMD BATCH a.Ryerine standart dışı çıkış yönlendirme ve a.Rout denilen terminali yeni bir dosya üzerinde görüntüleme oluşturulmuş olacağını.

R CMD BATCH a.R
# Check the output
cat a.Rout

Rscript kullanımı hakkında dikkat edilmesi gereken bir diğer şey, methodspaketi varsayılan olarak yüklememesi ve karışıklığa neden olabilmesidir. Bu nedenle, yöntemlerin sağladığı herhangi bir şeye güveniyorsanız, bunu komut dosyanızda açıkça yüklemek isteyeceksiniz.

./a.RSenaryoyu çağırmanın yolunu gerçekten kullanmak istiyorsanız senaryonun #!üstüne uygun bir şey ekleyebilirsiniz .

#!/usr/bin/env Rscript
sayHello <- function(){
   print('hello')
}

sayHello()

Ayrıca, bir * unix sistemi üzerinde çalışıyorsanız, R'ye kolay komut satırı borulaması sağlayan kullanışlı littler paketi olduğunu da not edeceğim. Daha fazla ayrıntı bu soruda bulunabilir .

Bu soruya doğrudan cevap vermez. Ama birisi buraya gelebilir, çünkü terminalden bir R oneliner çalıştırmak istiyorlar. Örneğin, sadece bazı eksik paketleri yüklemek ve çıkmak istiyorsanız, bu oneliner çok uygun olabilir. Aniden bazı paketleri kaçırdığımı öğrendiğimde çok kullanıyorum ve bunları istediğim yere kurmak istiyorum.

• Varsayılan konuma yüklemek için:

  R -e 'install.packages(c("package1", "package2"))'

• rootAyrıcalıklar gerektiren bir konuma yüklemek için :

  R -e 'install.packages(c("package1", "package2"), lib="/usr/local/lib/R/site-library")' 

Komut satırından bir R komut dosyası çalıştırmanın başka bir yolu:

R < scriptName.R --no-save  

veya ile --save.

Ayrıca bkz . Komut satırında (terminal) R komut dosyalarını kullanmanın en iyi yolu nedir? .

İhtiyacın var ?RscriptTerminalden bir R komut dosyası çalıştırmak komuta .

Check out http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/utils/html/Rscript.html

Misal

## example #! script for a Unix-alike

#! /path/to/Rscript --vanilla --default-packages=utils
args <- commandArgs(TRUE)
res <- try(install.packages(args))
if(inherits(res, "try-error")) q(status=1) else q()

Rmd komutunda knitr ve rmarkdown komutunu birden çok komutla çalıştırma ve ardından RPub'lara HTML dosyası yükleme

İşte bir örnek: iki kitaplık yükleyin ve bir R komutu çalıştırın

R -e 'library("rmarkdown");library("knitr");rmarkdown::render("NormalDevconJuly.Rmd")'

R -e 'library("markdown");rpubsUpload("normalDev","NormalDevconJuly.html")'

* Unix sistemleri için Rscript'i kullanmanın başka bir yolu da İşlem Değiştirme'dir .

Rscript <(zcat a.r)
# [1] "hello"

Açıkçası kabul edilen cevapla aynı şeyi yapar, ancak bu, dosyanızı komut satırının gücünü kaydetmeden değiştirmenize ve çalıştırmanıza olanak tanır, örn:

Rscript <(sed s/hello/bye/ a.r)
# [1] "bye"

Buna benzer olarak Rscript -e "Rcode", bir dosyaya kaydetmeden çalışmasına izin verir. Bu nedenle, R kodu üreten komut dosyalarıyla birlikte kullanılabilir, örneğin:

Rscript <(echo "head(iris,2)")
# Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
# 1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
# 2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa

Sadece dokümantasyon için, bazen komut dosyasını şu şekilde çalıştırmanız gerekir sudo:

sudo Rscript path/to/your/file.R