python'da networkx kullanarak yönlendirilmiş grafikler nasıl çizilir?

Bir grafiğe eşlemek istediğim bir komut dosyasından gelen bazı düğümlerim var. Aşağıda, A'dan D'ye gitmek için Arrow'u kullanmak ve muhtemelen kenarın çok renkli olmasını (kırmızı veya başka bir şey) istiyorum.

Bu temelde, diğer tüm düğümler mevcut olduğunda A'dan D'ye bir yol gibidir. her bir noktayı şehirler olarak hayal edebilirsiniz ve A'dan D'ye seyahat etmek yön (ok başlarıyla) gerektirir.

Aşağıdaki kod, grafiği oluşturur

import networkx as nx
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

G = nx.Graph()
G.add_edges_from(
    [('A', 'B'), ('A', 'C'), ('D', 'B'), ('E', 'C'), ('E', 'F'),
     ('B', 'H'), ('B', 'G'), ('B', 'F'), ('C', 'G')])

val_map = {'A': 1.0,
           'D': 0.5714285714285714,
           'H': 0.0}

values = [val_map.get(node, 0.25) for node in G.nodes()]

nx.draw(G, cmap = plt.get_cmap('jet'), node_color = values)
plt.show()

ama resimde gösterildiği gibi bir şey istiyorum.

İlk resmin ok uçları ve kırmızı renkli kenarlar ikinci resmin üzerine.

Yalnızca kırmızı kenarlar için oklarla tamamen açıklanmış örnek:

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt

G = nx.DiGraph()
G.add_edges_from(
    [('A', 'B'), ('A', 'C'), ('D', 'B'), ('E', 'C'), ('E', 'F'),
     ('B', 'H'), ('B', 'G'), ('B', 'F'), ('C', 'G')])

val_map = {'A': 1.0,
           'D': 0.5714285714285714,
           'H': 0.0}

values = [val_map.get(node, 0.25) for node in G.nodes()]

# Specify the edges you want here
red_edges = [('A', 'C'), ('E', 'C')]
edge_colours = ['black' if not edge in red_edges else 'red'
                for edge in G.edges()]
black_edges = [edge for edge in G.edges() if edge not in red_edges]

# Need to create a layout when doing
# separate calls to draw nodes and edges
pos = nx.spring_layout(G)
nx.draw_networkx_nodes(G, pos, cmap=plt.get_cmap('jet'), 
                       node_color = values, node_size = 500)
nx.draw_networkx_labels(G, pos)
nx.draw_networkx_edges(G, pos, edgelist=red_edges, edge_color='r', arrows=True)
nx.draw_networkx_edges(G, pos, edgelist=black_edges, arrows=False)
plt.show()

Bunu sadece eksiksizlik için koydum. Marius ve mdml'den çok şey öğrendim. İşte kenar ağırlıkları. Oklar için üzgünüm. Görünüşe göre yardım edilemez diyen tek kişi ben değilim. Bunu ipython not defteri ile işleyemedim, doğrudan python'dan gitmek zorunda kaldım, bu da kenar ağırlıklarımı daha erken almamdaki problemdi.

import networkx as nx
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import pylab

G = nx.DiGraph()

G.add_edges_from([('A', 'B'),('C','D'),('G','D')], weight=1)
G.add_edges_from([('D','A'),('D','E'),('B','D'),('D','E')], weight=2)
G.add_edges_from([('B','C'),('E','F')], weight=3)
G.add_edges_from([('C','F')], weight=4)


val_map = {'A': 1.0,
                   'D': 0.5714285714285714,
                              'H': 0.0}

values = [val_map.get(node, 0.45) for node in G.nodes()]
edge_labels=dict([((u,v,),d['weight'])
                 for u,v,d in G.edges(data=True)])
red_edges = [('C','D'),('D','A')]
edge_colors = ['black' if not edge in red_edges else 'red' for edge in G.edges()]

pos=nx.spring_layout(G)
nx.draw_networkx_edge_labels(G,pos,edge_labels=edge_labels)
nx.draw(G,pos, node_color = values, node_size=1500,edge_color=edge_colors,edge_cmap=plt.cm.Reds)
pylab.show()

Normal nx.draw yerine kullanmak isteyebilirsiniz:

nx.draw_networkx(G[, pos, arrows, with_labels])

Örneğin:

nx.draw_networkx(G, arrows=True, **options)

Bu ** değişkeni şu şekilde başlatarak seçenekler ekleyebilirsiniz:

options = {
    'node_color': 'blue',
    'node_size': 100,
    'width': 3,
    'arrowstyle': '-|>',
    'arrowsize': 12,
}

Ayrıca bazı işlevler directed=True parameter şunları destekler: Bu durumda bu durum varsayılan durumdur:

G = nx.DiGraph(directed=True)

Networkx referansı burada bulunur .

Grafik yerine yönlendirilmiş bir grafik kullanmanız gerekir , yani

G = nx.DiGraph()

Ardından, kullanmak istediğiniz kenar renklerinin bir listesini oluşturun ve bunları nx.drawiletin (@Marius tarafından gösterildiği gibi).

Tüm bunları bir araya getirerek aşağıdaki resmi elde ediyorum. Yine de gösterdiğiniz diğer resim değil (kenar ağırlıklarınızın nereden geldiğini bilmiyorum), ama çok daha yakın! Çıktı grafiğinizin nasıl göründüğüne dair daha fazla kontrol istiyorsanız (örneğin oklara benzeyen ok başları elde edin), Graphviz ile NetworkX'e bakarım .

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt

g = nx.DiGraph()
g.add_nodes_from([1,2,3,4,5])
g.add_edge(1,2)
g.add_edge(4,2)
g.add_edge(3,5)
g.add_edge(2,3)
g.add_edge(5,4)

nx.draw(g,with_labels=True)
plt.draw()
plt.show()

Networkx kullanarak python 3.x kullanarak yönlendirilmiş grafiğin nasıl çizileceği bu kadar basittir. sadece basit gösterimdir ve değiştirilebilir ve renklendirilebilir vb. Oluşturulan grafiğe buradan bakın .

Not: Bu sadece basit bir temsildir. Ağırlıklı Kenarlar gibi eklenebilir

g.add_edges_from([(1,2),(2,5)], weight=2)

ve dolayısıyla yeniden çizildi.

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt

G = nx.DiGraph()
G.add_node("A")
G.add_node("B")
G.add_node("C")
G.add_node("D")
G.add_node("E")
G.add_node("F")
G.add_node("G")
G.add_edge("A","B")
G.add_edge("B","C")
G.add_edge("C","E")
G.add_edge("C","F")
G.add_edge("D","E")
G.add_edge("F","G")

print(G.nodes())
print(G.edges())

pos = nx.spring_layout(G)

nx.draw_networkx_nodes(G, pos)
nx.draw_networkx_labels(G, pos)
nx.draw_networkx_edges(G, pos, edge_color='r', arrows = True)

plt.show()