R cinsinden fonksiyon yürütme süresini ölçme

R'de işlevin yürütme süresini ölçmenin standart bir yolu var mı?

Açıkçası, system.timeçalıştırmadan önce ve sonra alabilir ve daha sonra bunların farkını alabilirim, ancak standart bir yol veya işlev olup olmadığını bilmek istiyorum (tekerleği icat etmek istemiyorum).

Bir zamanlar aşağıdaki gibi bir şey kullandığımı hatırlıyorum:

somesysfunction("myfunction(with,arguments)")
> Start time : 2001-01-01 00:00:00  # output of somesysfunction
> "Result" "of" "myfunction"        # output of myfunction
> End time : 2001-01-01 00:00:10    # output of somesysfunction
> Total Execution time : 10 seconds # output of somesysfunction

Bunu yapmanın bir başka olası yolu Sys.time () kullanmak olacaktır:

start.time <- Sys.time()
...Relevent codes...
end.time <- Sys.time()
time.taken <- end.time - start.time
time.taken

Yukarıdaki yanıta kıyasla bunu yapmanın en zarif yolu değil, ama kesinlikle yapmanın bir yolu.

Yerleşik işlev system.time()bunu yapacaktır.

Gibi kullanın: system.time(result <- myfunction(with, arguments))

Andrie'nin dediği gibi, iyi system.time()çalışıyor. Kısa işlev için içine koymayı tercih ederim replicate():

system.time( replicate(10000, myfunction(with,arguments) ) )

Yürütme süresini ölçmenin biraz daha güzel bir yolu, rbenchmark paketini kullanmaktır . Bu paket (kolayca), testinizi kaç kez çoğaltacağınızı belirtmenize olanak tanır ve göreceli karşılaştırmalı değerlendirme olması gerekir.

Ayrıca, stats.stackexchange adresindeki ilgili bir soruya bakın

microbenchmark hafif (~ 50kB) bir pakettir ve birden fazla ifadeyi ve işlevi karşılaştırmak için R'de az çok standart bir yoldur:

microbenchmark(myfunction(with,arguments))

Örneğin:

> microbenchmark::microbenchmark(log10(5), log(5)/log(10), times = 10000)
Unit: nanoseconds
           expr min lq    mean median uq   max neval cld
       log10(5)   0  0 25.5738      0  1 10265 10000   a
 log(5)/log(10)   0  0 28.1838      0  1 10265 10000

Burada her iki ifade 10000 kez değerlendirilmiş, ortalama uygulama süresi 25-30 ns civarındadır.

Ayrıca birde şu var proc.time()

Aynı şekilde kullanabilirsiniz, Sys.timeancak size benzer bir sonuç verir system.time.

ptm <- proc.time()
#your function here
proc.time() - ptm

kullanma arasındaki temel fark

system.time({ #your function here })

yani proc.time()yöntem hala işlevini yürütmek gelmez yerine sadece zaman ölçme ... ve bu arada, ben kullanmak ister system.timebirlikte {}şeylerin grubu koymak, böylece iç ...

"Tictoc" paketi, yürütme süresini ölçmenin çok basit bir yolunu sunar. Dokümantasyon: https://cran.fhcrc.org/web/packages/tictoc/tictoc.pdf .

install.packages("tictoc")
require(tictoc)
tic()
rnorm(1000,0,1)
toc()

Geçen süreyi bir değişkene kaydetmek için şunları yapabilirsiniz:

install.packages("tictoc")
require(tictoc)
tic()
rnorm(1000,0,1)
exectime <- toc()
exectime <- exectime$toc - exectime$tic

Diğer çözümler tek bir işlev için yararlı olsa da, daha genel ve etkili olan aşağıdaki kod parçasını öneririm:

Rprof(tf <- "log.log", memory.profiling = TRUE)
# the code you want to profile must be in between
Rprof (NULL) ; print(summaryRprof(tf))

Bunu yapmanın bir başka basit ama çok güçlü yolu paketi kullanmaktır profvis. Sadece kodunuzun yürütme süresini ölçmekle kalmaz, aynı zamanda yürüttüğünüz her fonksiyon için bir detaya inmenizi sağlar. Shiny için de kullanılabilir.

library(profvis)

profvis({
  #your code here
})

Bazı örnekler için burayı tıklayın .

MATLAB stilini kullanabilirsiniz tic-toc fonksiyonlarını da isterseniz. Diğer SO sorusuna bakın

R'de kronometre işlevi