Tüm konsol çıktısını R'deki dosyaya nasıl kaydedebilirim?

Tüm konsol metnini bir dosyaya yeniden yönlendirmek istiyorum . İşte denediğim şey:

> sink("test.log", type=c("output", "message"))
> a <- "a"
> a
> How come I do not see this in log
Error: unexpected symbol in "How come"

İşte test.log'da bulduklarım:

[1] "a"

İşte test.log'da istediğim şey:

> a <- "a"
> a
[1] "a"
> How come I do not see this in log
Error: unexpected symbol in "How come"

Neyi yanlış yapıyorum? Teşekkürler!

"Çıktı" ve "mesajı" ayrı ayrı almalısınız ( sinkişlev yalnızca öğesinin ilk öğesine bakar type)

Şimdi, girdinin de günlüğe kaydedilmesini istiyorsanız, onu bir komut dosyasına koyun:

script.R

1:5 + 1:3   # prints and gives a warning
stop("foo") # an error

Ve istendiğinde:

con <- file("test.log")
sink(con, append=TRUE)
sink(con, append=TRUE, type="message")

# This will echo all input and not truncate 150+ character lines...
source("script.R", echo=TRUE, max.deparse.length=10000)

# Restore output to console
sink() 
sink(type="message")

# And look at the log...
cat(readLines("test.log"), sep="\n")

Bir komut satırına erişiminiz varsa, komut dosyanızı R CMD BATCH ile komut satırından çalıştırmayı tercih edebilirsiniz.

== script içeriğine başlayın.R ==

a <- "a"
a
How come I do not see this in log

== komut dosyasının içeriğini sonlandır.R ==

Komut isteminde (birçok un * x varyantında "$", pencerelerde "C:>"), şunu çalıştırın:

$ R CMD BATCH script.R &

Sondaki "&" isteğe bağlıdır ve komutu arka planda çalıştırır. Günlük dosyasının varsayılan adı uzantıya "out" eklenmiştir, yani script.Rout

== script içeriğine başlayın.Rout ==

R version 3.1.0 (2014-04-10) -- "Spring Dance"
Copyright (C) 2014 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: i686-pc-linux-gnu (32-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

  Natural language support but running in an English locale

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

[Previously saved workspace restored]

> a <- "a"
> a
[1] "a"
> How come I do not see this in log
Error: unexpected symbol in "How come"
Execution halted

== script.Rout == içeriğini sonlandır

Yapamazsın. En fazla ile çıktıyı sinkve girişi savehistoryayrı ayrı kaydedebilirsiniz . Veya script, screenveya gibi harici bir araç kullanın tmux.

ESS (Emacs Speaks Statistics) r modu ile emac'lerde R çalıştırın. Komut dosyam ve R kodumla açık bir pencerem var. Bir başkasında R çalışıyor. Kod sözdizimi penceresinden gönderilir ve değerlendirilir. Komutlar, çıktılar, hatalar ve uyarıların tümü çalışan R penceresi oturumunda görünür. Bir çalışma süresinin sonunda tüm çıktıyı bir dosyaya kaydederim. Kendi adlandırma sistemim komut dosyaları için * .R ve çıktı dosyalarını kaydetmek için * .Rout şeklindedir. İşte örnek içeren bir ekran görüntüsü.

Bash kabuğunu kullanabiliyorsanız, basitçe R kodunu bir bash betiğinden çalıştırmayı ve stdout ve stderr akışlarını bir dosyaya aktarmayı düşünebilirsiniz. İşte yorumlu metin kullanan bir örnek:

Dosya: test.sh

#!/bin/bash
# this is a bash script
echo "Hello World, this is bash"

test1=$(echo "This is a test")

echo "Here is some R code:"

Rscript --slave --no-save --no-restore - "$test1" <<EOF
  ## R code
  cat("\nHello World, this is R\n")
  args <- commandArgs(TRUE)
  bash_message<-args[1]
  cat("\nThis is a message from bash:\n")
  cat("\n",paste0(bash_message),"\n")
EOF

# end of script 

Ardından, betiği hem stderr hem de stdout bir günlük dosyasına borulu olarak çalıştırdığınızda:

$ chmod +x test.sh
$ ./test.sh
$ ./test.sh &>test.log
$ cat test.log
Hello World, this is bash
Here is some R code:

Hello World, this is R

This is a message from bash:

 This is a test

Bunun için bakılması gereken diğer şeyler, stdout ve stderr'i doğrudan R heredoc'tan bir günlük dosyasına aktarmayı denemek olacaktır; Bunu henüz denemedim ama muhtemelen işe yarayacak.

Konsoldan metin kaydetmek için: analizi çalıştırın ve ardından (Windows) "Dosya> Dosyaya Kaydet" i seçin.

Rgui tercihlerinizi çok sayıda satır için ayarlayın, ardından zaman damgası alın ve uygun aralıklarla dosya olarak kaydedin.

Dosyaya yazdırabilir ve aynı zamanda ilerlemeyi (veya göstermeyen) görebilirsiniz. screenBir R betiğini çalıştırırken .

Ekranı kullanmadığınızda, R CMD BATCH yourscript.R &ve 4. adımı kullanın .

1. Ekranı kullanırken, bir terminalde, başlangıç ​​ekranı

    screen
   

2. R betiğinizi çalıştırın

    R CMD BATCH yourscript.R
   

3. Tuşuna basarak başka bir ekrana gidin CtrlA, ardındanc

4. çıktınıza bakın (gerçek zamanlı):

    tail -f yourscript.Rout
   

5. CtrlAArdından ekranlar arasında geçiş yapın n

1. Bir dosyaya kaydedilmiş hata mesajlarını almak istiyorsanız

   zz <- file("Errors.txt", open="wt")
   sink(zz, type="message")
   

   çıktı:

   Error in print(errr) : object 'errr' not found
   Execution halted
   

   Bu çıktı, Errors.txt adlı bir dosyaya kaydedilecektir.

2. Durumda, istediğiniz bir dosyaya konsolun değerlerini baskılı sen 'bölünmüş' argümanını kullanabilirsiniz:

   zz <- file("console.txt", open="wt")
   sink(zz,  split=TRUE)
   print("cool")
   print(errr)
   

   çıktı:

   [1] "cool"
   

   console.txt dosyasında. Böylece tüm konsol çıktınız console.txt adlı bir dosyada yazdırılacaktır.