Jenkins tek başına çalışmazsa, birkaç kişi sunucu uygulaması kapsayıcısını yeniden başlatma gereğinden bahsetmiştir. Ancak Tomcat'in (veya kullanılanın) yeniden başlatılması gerekmez. Jenkins yeniden başlatmanız asılırsa Tomcat, Jenkins bağlamını yeniden başlatmaya zorlayabilir.
Ancak başka bir yoruma hitap etmek için Jenkins'i "kapatılıyor" moduna koyduğunuzda aslında kapanmayacaktır. Yeni işlerin yürütülmesini durdurur ve sistem sayfalarına dev bir kırmızı bayrak yerleştirir, böylece herkes yöneticinin sonunda ertelemek istediğini bilir. Tüm derlemeler tamamlandıktan sonra bu bağlam için bir sunucu uygulaması kapsayıcısının yeniden başlatılmasını tetikleyen eklentiler vardır.
Alternatif, son çalışan işin tamamlanmasını beklemek, ardından Jenkins'i konteynırdan manuel olarak tekmelemek (veya diğerlerinin bağımsız Jenkins yüklemesi için bahsettiği komut satırı seçenekleri aracılığıyla).