Her ikisini de nispeten az sorunla kullanabilirsiniz. Twitter Bootstrap jQuery 1.7.1'i (bu yazıdan itibaren) kullanır ve ek Jquery UI bileşenlerini HTML şablonlarınıza entegre edememenizin nedenlerini düşünemiyorum.
Initializr.com'da oluşturulan HTML5 Boilerplate ve Twitter Bootstrap kombinasyonunu kullanıyorum. Bu, iki harika başlangıç şablonunu harika bir başlangıç projesinde birleştirir. Http://html5boilerplate.com/ ve http://www.initializr.com/ adresindeki ayrıntıları inceleyin. Hemen başlamak için http://www.initializr.com/ adresine gidin, "Bootstrap 2" yi tıklayın. düğmesini tıklayın ve "İndir" i tıklayın. Bu size başlamak için gereken tüm js ve css verecektir.
HTML5 ve CSS3'ten korkmayın. Initializr ve HTML5 Boilerplate, tüm özelliklerin IE 6, 7 8 ve 9'da çalışmasına izin verecek çoklu dolgular ve IE'ye özel kod içerir.
Twitter Bootstrap'ta LESS kullanımı da isteğe bağlıdır. Bootstrap tarafından kullanılan tüm CSS'leri derlemek için LESS kullanırlar, ancak sadece kendi stillerinizi geçersiz kılmak veya eklemek isterseniz, bu amaç için boş bir css dosyası sağlarlar.
Özel kod eklemeniz için de boş bir js dosyası (script.js) vardır. Bu, ek jQueryUI bileşenleri için işleyicilerinizi veya seçicilerinizi ekleyeceğiniz yerdir.