R'deki Sankey Diyagramları?

Veri akışımı R'de bir Sankey Diyagramı ile görselleştirmeye çalışıyorum.

Bu blog gönderisini Sankey Diyagramı üreten bir R betiğine bağlanırken buldum , maalesef oldukça ham ve biraz sınırlı (örnek kod ve veriler için aşağıya bakın).

Daha gelişmiş başka komut dosyaları - veya belki bir paket - bilen var mı? Nihai hedefim, Sankey Diyagramlarının bu örneklerinde olduğu gibi, hem veri akışını hem de yüzdeleri diyagram bileşenlerinin göreceli boyutuna göre görselleştirmek .

R-yardım listesine biraz benzer bir soru gönderdim , ancak iki hafta sonra herhangi bir yanıt alamayınca burada stackoverflow'da şansımı deniyorum.

Teşekkürler Eric

PS. Paralel Kümeler Grafiğinin farkındayım ama aradığım bu değil.

# thanks to, https://tonybreyal.wordpress.com/2011/11/24/source_https-sourcing-an-r-script-from-github/
  sourc.https     <- function(url, ...) {
# install and load the RCurl package 
if (match('RCurl', nomatch=0, installed.packages()[,1])==0) {
  install.packages(c("RCurl"), dependencies = TRUE)
  require(RCurl)  
} else require(RCurl)    

# parse and evaluate each .R script
  sapply(c(url, ...), function(u) {
    eval(parse(text = getURL(u, followlocation = TRUE, 
    cainfo  = system.file("CurlSSL", "cacert.pem", 
    package = "RCurl"))), envir = .GlobalEnv)
 } )
 }

# from https://gist.github.com/1423501
sourc.https("https://raw.github.com/gist/1423501/55b3c6f11e4918cb6264492528b1ad01c429e581/Sankey.R")

# My example (there is another example inside Sankey.R):
inputs = c(6, 144)
losses = c(6,47,14,7, 7, 35, 34)
unit = "n ="

labels = c("Transfers",
           "Referrals\n",
           "Unable to Engage",
           "Consultation only",
           "Did not complete the intake",
           "Did not engage in Treatment",
           "Discontinued Mid-Treatment",
           "Completed Treatment",
           "Active in \nTreatment")

SankeyR(inputs,losses,unit,labels)

# Clean up my mess
rm("inputs", "labels", "losses", "SankeyR", "sourc.https", "unit")

Yukarıdaki kod ile oluşturulmuş Sankey Diyagramı,

Bu çizim, networkD3paket aracılığıyla oluşturulabilir . Etkileşimli sankey diyagramları oluşturmanıza olanak sağlar. Burada bir örnek bulabilirsiniz . Neye benzediğine dair bir fikriniz olması için bir ekran görüntüsü de ekledim.

# Load package
library(networkD3)

# Load energy projection data
# Load energy projection data
URL <- paste0(
        "https://cdn.rawgit.com/christophergandrud/networkD3/",
        "master/JSONdata/energy.json")
Energy <- jsonlite::fromJSON(URL)
# Plot
sankeyNetwork(Links = Energy$links, Nodes = Energy$nodes, Source = "source",
             Target = "target", Value = "value", NodeID = "name",
             units = "TWh", fontSize = 12, nodeWidth = 30)

Sankey işlevine kıyasla biraz farklı, ancak örtüşen işlevselliğe sahip bir paket ( nehir planı ) oluşturdum ve bunun gibi grafikler üretebilirim:

Bunu R ile yapmak istiyorsanız, en iyi teklifiniz @Roman önerisi gibi görünüyor - SankeyR işlevini hackleyin . Örneğin - aşağıda çok hızlı bir düzeltme var - etiketleri dikey olarak yönlendirin, hafifçe kaydırın ve biraz daha iyi görünmesi için giriş referansları için yazı tipini azaltın. Bu değişiklik yalnızca SankeyR işlevinde satır 171 ve 223'ü değiştirir :

    #line171 - change oversized font size of input label
    fontsize = max(0.5,frInputs[j]*1.5)#1.5 instead of 2.5 

    #line223 - srt changes from 35 to 90 to orient labels vertically, 
    #and offset adjusts them to get better alignment with arrows
    text(txtX, txtY, fullLabel, cex=fontsize, pos=4, srt=90, offset=0.1)

Trigonometride as değilim, ama okların yönünü değiştirmek için gerçekten ihtiyacınız olan şey bu. Benim görüşüme göre bu ideal olurdu - eğer gevşek okları dikey yerine yatay olarak yönlendirebilseydiniz. Aksi takdirde, çözümüm neden etiket yönelimiyle ilgili sorunu çözüyor, diyagramı çok daha okunaklı hale getirmiyor ...

RCharts'a ek olarak , Sankey diyagramları artık googleVis ile R'de de oluşturulabilir (sürüm> = 0.5.0). Örneğin, bu gönderi googleVis kullanılarak aşağıdaki diyagramın oluşturulmasını açıklamaktadır:

R'ler alüvyonpaketi de bunu (kimden ?alluvial) yapacak .

# install.packages(c("alluvial"), dependencies = TRUE)
require(alluvial)

# Titanic data
tit <- as.data.frame(Titanic)

# 4d
alluvial( tit[,1:4], freq=tit$Freq, border=NA,
     hide = tit$Freq < quantile(tit$Freq, .50),
     col=ifelse( tit$Class == "3rd" & tit$Sex == "Male", "red", "gray") )

plotly paketle aynı güce sahiptir networkD3( örnek bağlantı ).

Bakılırsa Bu tanımlardan Paralel Setleri Plot gibi, bu fonksiyon, (birden fazla geçiş yoluyla yani) bölünmüş ve akışlarını birleştirmek kapasitesinden yoksundur.

Yana Sankey diyagramları ağırlıklı grafikler yönlendirilir , böyle bir paket qgraph yararlı olabilir.

SankeyRSıralama metin olarak azalan düzende kayıplar üzerine gelmeden yakın ok başları için yerleştirilirse işlevi daha net etiket sağlar.

Zaman içinde verilerinizi ve oynatma varyasyonlarınızı yükleyebileceğiniz kullanıma hazır bir çözüm sunduğu için //sankeybuilder.com adresine bir göz atın . Geçiş iyi çalışıyor (sorunuzdaki youtube demosuna benzer). SankeyTrend demosunu yüklerseniz, birçok zaman aralığı içerir (Yıl verileri). Yüklendikten sonra (sankey'leri otomatik olarak oluşturur), zaman aralıklarının oynatılması için sayfanın sağ üst köşesindeki oynat düğmesine tıklayın, hatta zamanı duraklatabilir ve devam ettirebilirsiniz. Demo url burada: SankeyTrend Umarım bu, mükemmel Sankey diyagramı arayışınıza yardımcı olur.

Tamlık için, aynı zamanda bir ggalluvialpaket varggplot2 extensionTamlık için, alüvyon / Sankey diyagramları için .

İşte paketin belgelerinden alınan bir örnek

# devtools::install_github("corybrunson/ggalluvial", ref = "optimization")
library(ggalluvial)

titanic_wide <- data.frame(Titanic)
ggplot(data = titanic_wide,
       aes(axis1 = Class, axis2 = Sex, axis3 = Age,
           y = Freq)) +
  scale_x_discrete(limits = c("Class", "Sex", "Age"), expand = c(.1, .05)) +
  xlab("Demographic") +
  geom_alluvium(aes(fill = Survived)) +
  geom_stratum() + geom_text(stat = "stratum", label.strata = TRUE) +
  theme_minimal() +
  ggtitle("passengers on the maiden voyage of the Titanic",
          "stratified by demographics and survival") +
  theme(legend.position = 'bottom')

ggplot(titanic_wide,
       aes(y = Freq,
           axis1 = Survived, axis2 = Sex, axis3 = Class)) +
  geom_alluvium(aes(fill = Class),
                width = 0, knot.pos = 0, reverse = FALSE) +
  guides(fill = FALSE) +
  geom_stratum(width = 1/8, reverse = FALSE) +
  geom_text(stat = "stratum", label.strata = TRUE, reverse = FALSE) +
  scale_x_continuous(expand = c(0, 0), 
                     breaks = 1:3, labels = c("Survived", "Sex", "Class")) +
  scale_y_discrete(expand = c(0, 0)) +
  coord_flip() +
  ggtitle("Titanic survival by class and sex")

^{2018-11-13'te reprex paketi tarafından oluşturuldu (v0.2.1.9000)}

İş akışı aşamalarını görselleştirmek için alüvyon diyagramı kullanan bir paketi açın. Alüvyon formu kullanıldığında tarih tutulduğu için kenarlarda kesişme yoktur.

https://github.com/claytontstanley/shiny.alluvial