Yazılımı vurgulayan makaleler yayınlamak için yerler

Yazılım, hesaplama biliminin temel bir parçasıdır ve giderek daha fazla bilimsel kaydın önemli bir parçası olarak kabul edilmektedir. Mevcut ve iyi test edilmiş kod kullanmanın değeri göz önüne alındığında, faydalı kodların varlığının mümkün olduğunca yaygın bir şekilde iletilmesi ve yaratıcılarına kredi verilmesi faydalı görünmektedir. Akademik bir ortamda, bu öncelikle yazılıma odaklanan bazı makalelerin yayınlanması anlamına gelir.

Temel odak noktası bilgisayar yazılımı olan bilimsel çalışmaları nerede yayınlayabilir? Tamamen açık olmak gerekirse, yeni matematik, algoritmalar vb. İçermeyen işlere atıfta bulunuyorum - bunlar gerçekten de yazılıma odaklanmıştır.

Bu dergilere bu makaleleri gönderenler, deneyimin nasıl bir yer olduğunu ve hangi mekanları önerdiklerini dinlemekten de hoşlanırdım.

Verilen cevapların özeti:

• Matematiksel Yazılım İşlemleri
• Bilimsel Programlama
• SIAM Bilimsel Hesaplama (SISC) Yazılımları Dergisi
• Sayısal Yazılım Arşivi
• Açık Araştırma Hesaplama
• Bilgisayar Fiziği İletişimi
• Mühendislik Yazılımındaki Gelişmeler
• İstatistiksel Yazılım Dergisi
• Kimyasal Teori ve Hesaplama Dergisi
• Biyoloji ve Tıp için Kaynak Kodu
• BİRİNCİ
• Uluslararası Kuantum Kimyası Dergisi
• epidemioloji
• Bilim ve Mühendislikte Hesaplama
• Hesaplamalı Kimya Dergisi
• Yerbilimsel Model Geliştirme
• Makine Öğrenimi Araştırma Dergisi
• Matematiksel Programlama Hesabı
• Açık Kaynak Kodlu Yazılım Dergisi

Listelenecek başka uygulamaya özel dergiler de var: Örneğin , Hesaplamalı Fizik Dergisi veya Bilgisayar Fiziği İletişimi , hem algoritmalar hem de bunları uygulamak için kullanılan yazılımlarla ilgili makaleler kabul eden. Kimya alanındaysanız, Kimyasal Teori ve Hesaplama Dergisi, göz önünde bulundurulması gereken başka bir dergi olabilir. Bunların hepsi paketlerin yayınlanmasına izin veriyor - Onlarda tartıştığım kodları gördüm. Bilgisayarlar ve Kimya Mühendisliği , yazılım uygulama belgelerine izin veriyor, ancak orijinal bir şey yapmaları gerekiyor - “artan bir ilerleme” kâğıdı olamaz.

Mühendislik Yazılımındaki Gelişmeler iyidir ve uygulamalar oldukça geniş bir yelpazede değişir.

İstatistiksel Yazılım Dergisi yazılımı odaklanan başka biridir, ancak uygulama özeldir. Bunda bir sürü R var.

Bunlardan ikisinde de hiç yayınlamadığımı eklemeliyim, bu nedenle bu deneyimle konuşamam, ancak onları izlerim ve makaleleri iyi kalitede bulurum.

Birkaç tane yazılım makalesi yayımladım. Bunlardan biri Biyoloji ve Tıpta BMC Kaynak Kodundaydı - Çok Ölçekli Sistemler İmmünoloji projesi: Genom Geniş Ortaklığı Çalışmalarından SNP Verileri için hücre tabanlı immünolojik simülasyon yazılımı ve PLoS ONE - SNPpy - Veri Tabanı Yönetimi .

Bunlar çok farklı iki proje. İlki, immünoloji sistemlerini modellemek için yazılmış bir simülasyon ajanı tabanlı bir sistemdir, bu nedenle hesaplamalı biyoloji içerisindedir. İkincisi, SNP verilerini bir GWAS bağlamında yönetmek için veritabanı tabanlı bir sistemdir, bu nedenle biyoinformatik içerisindedir.

Yayıncılık deneyimi gittiği sürece, bekleme süresi matematiksel makalelere kıyasla düşüktü ve bu da iyi bir şeydi. Yorumcular bana da iyi olan zor bir zaman vermedi. Eksileri tarafında, bir yazılım kağıdı yayınlamak delice zaman alır. Kullanıcının dokümantasyonundan bahsetmek yerine bir kağıdın artı uğraşacak bir kodun var.

Rahatsız edici bulduğum bir şey, gözden geçirenlerin yazılımı çalıştırmak için gerçekten çaba harcadıklarına dair çok az kanıt gördüğümü ve kod tasarımını anladığına ya da koduna baktıklarına dair sıfır kanıtı gördüğüm oldu. Her iki dergide de iki inceleme raporu vardı. Eski (BMC) davasında bir gözden geçiren, yazılımı kurmaya / çalıştırmaya çalıştığını ve başarısız olduğunu (ele aldığımız bir konu), ancak dört gözden geçirmeden, asıl yazılım hakkında özel olarak bahseden tek şey olduğunu belirtti. Yorumların çoğu, bilimsel konular ve makalede yazdığım noktalar hakkında daha geneldi. Genel olarak, yorumcular çoğunlukla sadece kağıdı okuduklarını hissettim. İdeal bir dünyada, bir gözden geçirici, performans, bağımlılıklar, taşınabilirlik gibi konular da dahil olmak üzere yazılım tasarımına ve kod ayrıntılarına biraz ilgi duyacaktır. genişletilebilirlik ve test. SNPpy yorumcular taşınabilirlik ve genişletilebilirlik hakkında sordu. Makalede, yazılımın hem taşınabilir hem de genişletilebilir olduğunu iddia ettiğimden, ancak aslında koda baktıklarını sanmıyorum. Adalet konusunda, önemsiz olmayan bir kod tabanının ne hakkında olduğu hakkında bir fikir edinmek zor bir iştir ve belki de ücretsiz bir gözden geçiriciden makul bir şekilde beklenebilecek olandan daha fazlasıdır.

Bu yazıların her ikisi için de LaTeX kullandım. PLoS davasında bu, yazının istediği gibi görünmesini sağlamak için çemberin içinden atlamak için oldukça fazla çaba harcadı, çünkü aslında LaTeX'i kullanmıyorlar ve bir dönüşüm programı yürütüyorlardı. PLoS, TikZ kullanılarak yapılan ve çok hoş olan rakamlarımı dönüştürmek için bir karmaşa yaptı, ama onların versiyonuna bakarak bunu bilemezsiniz. PLoS'un el yazması kanıtlar sağlamadığını da belirtmek gerekir.

Hesaplamalı Kimya Dergisi (Özel Makaleler Bölümü) ve Kuantum Kimya International Journal of yazılım ve algoritmalar raporu.

Bu listede henüz görmedim, birileri de benim yanımda birinin ilgisini çekebilecek olan Amerikan Epidemiyoloji ve Epidemiyoloji Dergisi .

Epidemiolog'ların ilgilendiği bir şeyi başarmak için akıllı bir yazılım yazdıysanız, çok iyi yayınlayabilirler. Biraz daha karmaşık istatistiksel analizler, birleşme noktası regresyonu yapan bir program ve yönlendirilmiş asiklik grafiklerle bazı sahaya özgü şeyler yapan bir program yapmak için SAS Makroları üzerine en az kısa makaleler gördüm.

Söz konusu yayınlardan birinin Epidemiyoloji bölümünde olduğu anlaşıldı : http://journals.lww.com/epidem/Fulltext/2011/09000/DAGitty__A_Graphical_Tool_for_Analyzing_Causal.22.aspx

Şüphelendiğim ya da çıkmadığım hiçbir dergi, yazılım hakkında makaleler aradıklarını söylemedi - ne disiplinde, alana özgü dergilerde, yazılım olmayan, ancak yazılım dahil olmak üzere, analizler nadir değildir ve bağlantı bir örnektir. tamamen bir yazılım ürününe odaklanan makale.

AJE:

Uygulamalı epidemiyolojik veya istatistiksel yöntemlerin (istatistik tekniklerin uygulanması veya görüşme stratejilerinin değerlendirilmesi gibi) ele alınmasıyla ilgili bildiriler, Epidemiyoloji Uygulaması başlıklı bir bölümde yayınlanmaktadır.

Epidemiyoloji: Yukarıdaki makale bir mektup olarak yayınlandı. Ayrıca arkadaşça bir iş arkadaşınız veya bu alanda ilgilenebilecek biri varsa, yazılım incelemeleri de kabul eder.

Kodla elektronik takviyeleri teşvik ettikleri gerçeğini biliyorum ve en azından orada bir Github deposuna bağlantı içeren bir şey gördüm.

Yerbilimleri Model Geliştirme bu amaç için açık erişim bir dergidir. Avrupa Jeofizik Birliği'nin diğer dergileri gibi, açık bir inceleme süreci de vardır .

Makine Öğrenimi Araştırmaları Dergisi (JMLR) 'Makine Öğrenimi Açık Kaynak Kodlu Yazılım' parçasına sahiptir. Oldukça seçici (ki bence iyi bir şey). Dergi tamamen ücretsizdir (yazarlar ve okuyucular için) ve gönüllüler tarafından yönetildi.

Matematiksel Optimizasyon Derneği kısa süre önce Dergiyi başlattı

Matematiksel Programlama Hesabı

"Amaçları ve Kapsamı" ndan:

Matematiksel Programlama Hesaplama (MPC) matematiksel optimizasyonda hesaplamalı sorunları kapsayan özgün araştırma makaleleri yayınlar. Makaleler, yenilikçi yazılım, karşılaştırmalı testler, modelleme ortamları, veri kitaplıkları ve / veya uygulamalar hakkında rapor sunar. Derginin ana özelliği, eşlik eden yazılıma ve gönderilen yazılara verilere dahil edilmesidir.

Konularla ilgili olarak şunları yazarlar:

MPC'de ele alınan konular arasında doğrusal programlama, dışbükey optimizasyon, doğrusal olmayan optimizasyon, stokastik optimizasyon, sağlam optimizasyon, tamsayılı programlama, kombinasyonel optimizasyon, global optimizasyon, ağ algoritmaları ve modelleme dilleri bulunmaktadır.

Bilim ve Mühendislikte Hesaplama başka bir seçenektir. Bilimsel bir derginin (hakemli özellikli makalelerin yer aldığı) ve bir derginin (düzenli olmayan sütunlara sahip) bir melezidir. Okurlarının ilginç bulması muhtemel makaleler yayınlamaktadır. Bu nedenle, yazılım hakkındaki bir makale, örneğin, kullanılan tekniklerden, yazılımın kendisinden daha geniş bir kitleye faydalı olan bazı ilginç materyaller içermelidir.

Belki de bu derginin yayın kuruluna üye olduğumu eklemeliyim.

Bilimsel Programlama , bilimsel yazılım yazarken kullanılan programlama tekniklerine odaklanmayı sağlayan bir seçenektir. (Açıklama: Editörler Danışma Kurulundayım.)

Uygulamaya özel bazı dergiler var

Bilgisayarlar ve Yerbilimleri, Bilgisayarlar ve Sıvılar, Bilgisayarlar ve Yapılar,

vb.