Kod yayınlara nasıl bağlanır

Bilimsel hesaplama alanındaki bilimsel yazılar (ve günümüzde birçok başka alan) tipik olarak, bu kağıt için özel olarak yazılmış veya kağıtta sonuç elde etmek için kullanılmış bir miktar kod veya hatta tüm yazılım paketlerini içerir. Gazetenin okuyucularının koda erişmelerine yardımcı olmanın en iyi yolu nedir? Mevcut yaklaşımım, bir Github deposuna (belirli bir sürüm etiketi ile birlikte) gazeteye ya da alıntıya bir bağlantı koymaktır.

Bence birkaç seçeneğin var.

1. Kararlı bir sayfanız varsa - örneğin bir üniversite ya da herhangi bir zamanda kaybolacak başka bir kar amacı gütmeyen kuruluş tarafından sponsor olunursa - orada yayınlayabilirsiniz.
2. Kodu dağıtmak için Github veya Bitbucket veya SourceForge gibi bir servis kullanabilirsiniz.
3. Kod marjinal genel değere sahipse (belirli bir koşul kümesi için bir analiz kodu vb.), Kodu kullandığınız kağıtla birlikte "ek bilgi" indirmesi olarak sunabilirsiniz.
4. Yukarıdakilerin bir kombinasyonunu kullanabilirsiniz.

Bununla birlikte, bu davaların herhangi birinde veya hepsinde, makaleyi kaynaklarda açıkça belirtmeli ve IP ile ilgili hiçbir sorun bulunmaması için ne tür bir lisanslama olduğunu belirtmelisiniz (GPL, Creative Commons, vb.).

Müthiş soru ve müthiş cevaplar, ancak bence, yayının kendisine verilen aynı standarda ulaşmaksa, hiç kimse ısrar meselesine yeterince cevap vermez. ( Kodun hala çalıştığı ihtimali aptalca verilebilir , ancak yine de en az aynı şekilde yayın için faydalı olabilir).

Üniversite web siteleri dergi takviyeleri kalıcı değildir

Üniversite web sitelerinin barındırılan içeriği korumak için istikrar veya fazlalık sağlama olasılığı yoktur. İçeriğin alıntılanması daha zordur ve genellikle makinede okunabilen meta veriler yoktur.

Maalesef dergilerin tamamlayıcı materyallerini muhafaza etmede çok daha iyi bir performans göstermediği anlaşılıyor (bkz. Anderson ve ark. 2006 ) ve gerekli formatları kabul etmeyebilir veya hatta tamamlayıcı materyalleri kabul edebilir (bkz . Dikkate değer bir örnek ).

Bu nedenlerden dolayı, uzun süreli veri arşivlemesi ile ilgilenen kişiler oybirliğiyle web siteleri veya tamamlayıcı malzemeler yerine adanmış havuzların kullanılmasını savunmaya yöneldiler ve şimdi birçok dergi bu uygulamayı zorunlu kılıyor . Kodun bu standarda uygun olması adil gözüküyor.

Birçok kopyanın çözümü?

Github ve ilgili siteler henüz üniversite kütüphaneleri ve yerleşik yayıncılar tarafından elde edilen 100'lü yıllar boyunca uzun ömürlü olduğunu kanıtlamamıştır. Yaygın dağıtımın kolaylaştırılmasıyla, diğerlerinin de, yığın değişimi hakkında yorum yapamayan biri de dahil olmak üzere, yorumlardaki yankılanan bir çözüm sağlayabilir,

... geriye kalanları kurtarmamıza izin verin: onları halkın gözünden çeken tonozlar ve kilitler ile değil, zaman kaybına teslim etmek için kullandıkları, ancak bu tür kopyaların kazayla ulaşamayacağı şekilde çoğaltılmasıyla.

- Thomas Jefferson, 18 Şubat 1791

Figshare ve CLOCKSS standardı

Bildiğim tek arşivleme standardı tam kod havuzlarını kabul edebilen figshare'dir (şu an için "filesets" olarak, ancak yakında "code" olarak listelenme seçeneğinin olacağına inanıyorum). Figshare için anahtar parça, yalnızca programatik meta veri içeren güvenilir DOI değil, aynı zamanda tüm içeriğinin kopyalarını dünyadaki coğrafi ve coğrafi olarak dağıtılmış düğümlerde saklayan CLOCKSS arşiv hizmetinin desteğidir . Figshare işsiz kalırsa veya kesilirse, bu, tüm içeriğinin CLOCKSS'ta serbestçe erişilebilir olmasını tetikler.

Sonuç olarak, Github'un kod dağıtımı için kullanılmasını öneririm, fakat aynı zamanda yayın sırasında figshare'e bir arşiv kopyası sağladım.

Kodu basitçe pdf'e eklemek için bazı süslü pdf-teknikleri kullanabilirsiniz (yani, kod dosyaları pdf içine gömülüdür ve pdf'deki bir düğmeye tıklayarak "indirilebilir"). Bu, örneğin attachfile paketi ile gerçekleştirilebilir . Tabii ki, bu önceden baskılarla çalışıyor (zaten arxiv ile çalışıp çalışmadığını bilmiyor olsam da) ama muhtemelen günlük dosyalarında sorunla karşılaşıyorsun ...

Belirli bir araştırma projesine özgü küçük senaryolar için, yayınlanacak en iyi yer derginin Web sitesidir, bu makaleye "ek bilgi" olarak verilir. Makaleyi okuyan birini bulmanın en kolay olduğu yer burasıdır.

Diğer projeler için de ilgi çeken daha önemli paketler ayrı ayrı yayınlanmalıdır. Maalesef şu anda gerçekten iyi bir çözüm yok. İdeal olarak, bir kod yayınına, aynı kağıt gibi, bir DOI aracılığıyla kalıcı olarak erişilebilir olacaktır, ancak DOI'leri dağıtan ve kalıcılığını garanti eden herhangi bir barındırma sitesinin farkında değilim. Github veya Bitbucket gibi halka açık depolar belki de şu an için en iyi bahis.

En iyi çözüm, kodla birlikte verilen kağıdı ve onunla birlikte gelen verileri yayınlamak olacaktır, ancak bu henüz teknik olarak mümkün değildir. Bu fikri inceleyen bir araştırma prototipi üzerinde çalışıyorum, ayrıntılar için bu siteye bakın.

Yakında değişen kurumları beklediğim gerçeğinden doğan iki taktik kullandım, bu yüzden üniversite URL’m en az kararlı değil.

Kod nispeten kısa olduğunda, kağıdı ve kodu kabaca aynı yerde tutmak için muhtemelen düzgün bir iş yapacaklarını farzederek derginin kendisine ek bir ek olarak dahil etmeye çalıştım. Bu, özellikle çok fazla sayıda genel çıkarın olmadığı kodlar için yararlıdır - bağlam sağlamak için söz konusu makale olmadan biraz yararsız olan kod.

Ancak kaynak kodu, gerçek yazılım ve daha karmaşık projeler ya da genel ilgi alanları için, en azından makalelerimin ortalama üretken ömrü boyunca kararlı olması gereken bir GitHub deposuyla bağlantı kurma taktiğinizi takip ediyorum.

Http://www.runmycode.org adresine bir göz atın . Araştırma makaleleriyle ilgili kod için eşlik eden siteleri barındırıyorlar. Kod R, Matlab veya diğer birkaçıysa, kodu sizin için çalıştıracaktır. Henüz denemedim, ama niyetindeyim. Bence David Donoho ve ortakları onu kullanıyor.

Üniversite kütüphaneleri bunun veya üniversitenin barındırma merkezinin yeri olabilir.

Bir okuyucu olarak, makalede yazarın doğrudan temasa geçerek kodun elde edilebileceği sonucuna varılması etkili olacaktır. Bir yazar olarak, bu işbirliğinin geliştirilmesine yardımcı olabilir ve kodları çalışmalarında kullanırlarsa insanlara makalemi aktarmalarını hatırlatmama fırsat verebilir.