Moleküler dinamik (MD) simülasyonlarında yeniyim. Moleküler dinamik simülasyonunun simülasyon süresi açısından karmaşıklığı nedir? Başka bir deyişle, simüle edilen süreyi 10 nanosaniyeden 20 nanosaniyeye çıkarmak istersem, çalışma süresindeki artış açısından ne bekleyebilirim?
Yanıtlar:
Moleküler dinamik simülasyonları, O(n)simüle edilen süre boyunca doğrusaldır ( ) (tek zaman aralıklarının ( ) değişmediği varsayılarak ). Her bir zaman çizelgesi yalnızca önceki yapılandırmaya bağlı olduğundan (ve ondan önce olmayanlardan herhangi birine değil), zaman çizelgesi sayısının artırılması zaman içinde doğrusal bir artışla sonuçlanır.
O(n^2)O(t)burada nboyutunu (parçacıkların sayısı) ve tzaman basamak (zamanı uzunluğunun her adımda boyutuna bölünmesiyle simüle) sayısıdır.