Bir dosya nasıl bölünür ve doğrudan sıkıştırılır?

13

100 GB'lık bir dosyam var ve her biri 1 GB'lık 100 dosyaya bölmek istiyorum (satır sonu ile)

Örneğin

split --bytes=1024M /path/to/input /path/to/output

Oluşturulan 100 dosya için, bu dosyaların her birine gzip / zip uygulamak istiyorum.

Tek bir komut kullanmak mümkün müdür?

— Ryan
kaynak

2

Dosya başına 1 GB'a kadar (bir sonraki satır bunu geçerse daha az) kullanın --line-bytes=1024M.

— Brian

31

"--Filter" kullanın:

split --bytes=1024M --filter='gzip > $FILE.gz' /path/to/input /path/to/output

— Peter
kaynak

bu benim için twork değil, $ FILE tanımlanmamış olarak aynı dosyanın üzerine yazmaya devam eder ve hatta des klasörüne yazmaz.

— splaisan

benim hatam, $ FILE yerine almak için tek tırnak ihtiyacı, benim büyük hata, özür ve yardım için teşekkürler: bu son komut benim için 4 satır blok halinde gelen fastq verileri kaydetmek için çalıştı: 'zcat ERR3152365.fastq.gz | split -a 3 -d -l 1200000 - sayısal-sonekler --filter = 'pigz -p 8> $ FILE.fq.gz' - splitout / part_ '

— splaisan 16:19

0

Koşullu kullanan bir astar, gelebildiğiniz kadar yakındır.

cd /path/to/output && split --bytes=1024M /path/to/input/filename && gzip x*

gzipyalnızca çalışacak splitçünkü koşullu başarılı &&arasında da öyle cdve splityapım emin cdolduğunu başarılı, çok .. Not olduğunu splitve gzipçıkış yerine çıkış dizin yeteneğine sahip mevcut dizine. Gerekirse dizini oluşturabilirsiniz:

mkdir -p /path/to/output && cd /path/to/output && split --bytes=1024M /path/to/input/filename && gzip x*

Hepsini bir araya getirmek için:

gunzip /path/to/files/x* && cat /path/to/files/x* > /path/to/dest/filename

— Bir sonraki duyuruya kadar duraklatıldı.
kaynak

0

Bu komutu -dseçeneğiyle kullanmak sayısal düzeltmeler oluşturmanıza olanak tanır.

split -d -b 2048m "myDump.dmp" "myDump.dmp.part-" && gzip myDump.dmp.part*

Oluşturulan dosyalar:

    myDump.dmp.part-00
    myDump.dmp.part-01
    myDump.dmp.part-02
    ...

— Iván
kaynak

0

Pigz ile anında sıkıştırmak için bir bash işlevi

function splitreads(){

# add this function to your .bashrc or alike
# split large compressed read files into chunks of fixed size
# suffix is a three digit counter starting with 000
# take compressed input and compress output with pigz
# keeps the read-in-pair suffix in outputs
# requires pigz installed or modification to use gzip

usage="# splitreads <reads.fastq.gz> <reads per chunk; default 10000000>\n";
    if [ $# -lt 1 ]; then
        echo;
        echo ${usage};
        return;
    fi;

# threads for pigz (adapt to your needs)
thr=8

input=$1

# extract prefix and read number in pair
# this code is adapted to paired reads
base=$(basename ${input%.f*.gz})
pref=$(basename ${input%_?.f*.gz})
readn="${base#"${base%%_*}"}"

# 10M reads (4 lines each)
binsize=$((${2:-10000000}*4))

# split in bins of ${binsize}
echo "# splitting ${input} in chuncks of $((${binsize}/4)) reads"

cmd="zcat ${input} \
  | split \
    -a 3 \
    -d \
    -l ${binsize} \
    --numeric-suffixes \
    --additional-suffix ${readn} \
    --filter='pigz -p ${thr} > \$FILE.fq.gz' \
    - ${pref}_"

echo "# ${cmd}"
eval ${cmd}
}

— splaisan
kaynak