En Kısa Ortak Süper Dize: verilen tüm dize parçalarını içeren en kısa dizeyi bulun

Bazı dize parçaları göz önüne alındığında, tüm parçaları içeren mümkün olan en kısa tek dize ("çıkış dizesi") bulmak istiyorum. Parçalar çıktı dizesinde birbiriyle çakışabilir.

Misal:

Dize parçaları için:

BCDA
AGF
ABC

Aşağıdaki çıktı dizesi tüm parçaları içerir ve naif eklenerek yapılmıştır:

BCDAAGFABC

Bununla birlikte, bu çıkış dizesi çakışma kullandığından daha iyidir (daha kısa):

ABCDAGF
^
ABC
 ^
 BCDA
    ^ 
    AGF

Bu sorun için algoritmalar arıyorum. Kesinlikle en kısa çıktı dizesini bulmak kesinlikle önemli değildir, ancak daha kısa olan daha iyidir. Ben giriş fragmanlarının tüm permütasyonları ekleme ve (ki NP-Complete gibi görünecektir) çakışma kaldırarak açık naif bir daha iyi bir algoritma arıyorum.

Bir çözüm üzerinde çalışmaya başladım ve bu oldukça ilginç; Başkalarının neler yapabileceğini görmek istiyorum. Bir süredir bu soruya devam eden çalışmamı ekleyeceğim.

Sorduğunuz şey, tüm durumlar için çalışan bir algoritmanın olmadığı En Kısa Ortak Süper Serseri problemidir. Ancak bu yaygın bir sorundur (sıkıştırma ve DNA dizilemesinde) ve çeşitli yaklaşım algoritmaları iyi bilinmektedir.

"Açgözlü" algoritmalar genellikle en etkili olarak kabul edilirler (en az kötü durumları en az olduğu gibi).

Çok daha fazla bilgi için Jonathan Turner'ın En Kısa Yaygın Süper Basma Sorunu için Yaklaşım Algoritmaları makalesini okuyun .