Yanıtlar:
Perl'i biyoinformatik için bu kadar yararlı kılan şey, 1) öğrenmesi kolay bir dil olması, 2) bioPerl ve 3 dahil olmak üzere önceden kullanılabilen birçok komut dosyası bulunmasıdır. , zaten Perl ile yazılmış.
Programcı seviyesinin dil seçimi ile daha az ilgisi, daha sonra ona sorulan görevler. Gelişmiş veya hesaplamalı olarak pahalı olan işler genellikle Java veya C ile yazılır ve bir kümede çalıştırılır.
Biyoinformatik hakkında anlaşılması gereken bir şey, farklı bir alan olması ve onu uygulayanlara çeşitli görevlerin sorulmasıdır. Bir günde Perl, R ve Java kullanmak benim için nadir değil. Komut dosyası oluşturma, dosyaları taşıma, şeyleri indirme, bazı temel veri analizi vb. İçin Perl, veri görselleştirme için R ve algoritmik hesaplama / uygulamalarla çalışma ve değiştirme için Java. Olduğu söyleniyor, yaptığım işlerin çoğu Perl kullanımını gerektiriyor, ancak daha özlü koda yol açabilecek ve tamamen nesne yönelimli olan daha gelişmiş fonksiyonlara, lambdaslara ve proc'lara sahip olduğu için Ruby'ye geçmek istiyorum.
Perl'in doğasında var olan erdemlerin yanı sıra, bunun bir kısmı sadece tarih. İnsan Genom Projesi nedeniyle yüzyılın başında biyoinformatikte büyük bir genişleme oldu. O zamanlar Perl genel kullanımda açık ara en popüler betik diliydi . Ruby ve Python kesinlikle ortadaydı ama bugün yaptıkları destek / zihin payına sahip değillerdi. Bu Perl'e çok fazla ivme kazandırdı.
Bence Perl'in biyoinformatikte kullanımı azalıyor ve R popülaritesinde hızla artıyor. Ancak, adlandırmayı düşündüğünüz herhangi bir dil için, muhtemelen onu kullanarak bir biyoinformatik laboratuvarı bulabilirsiniz.
Buraya bir cevap ekleyeceğim, çünkü birçoğunun önemli bir noktayı kaçırdığını düşünüyorum ...
Perl, biyo-bilişimde popülerdir, çünkü aslında bir metin işleme dilidir .
Perl aşağıdakileri kolaylaştırır:
Ayrıca aşağıdakilere sahip olmanın faydaları vardır:
C eşdeğeri kadar hızlı çalışan işleme programları oluşturmaya izin vermese de, geliştirme süresi çok daha düşüktür ve metin işleme ( güçlü düzenli ifadeler , herhangi biri?) Söz konusu olduğunda pillerle birlikte gelir , böylece kolaylaşır bu görevleri çözmek için laboratuvar ortamında almak ve kullanmak.
Ayrıca, açıkça:
Ancak Perl için bu kadar çok biyoinformatik (ve genel olarak bilimsel) uzantıların ve modüllerin bulunmasının nedeni, yukarıda verilen nedenlerden kaynaklanıyor. Pek çok durumda, dilin tasarımı ve yetenekleri onu iş için neredeyse mükemmel bir uyum sağlar (birisinin ona karşı tutabileceği olası pek çok şeye rağmen).
Bütün bunlar Perl'i, özellikle işlenecek verilerin çoğunlukla metin biçiminde olduğu alanlarda bilimsel araştırmalar için iyi bir rakip yapar.
Tabii ki, diğer diller ortaya çıktı ve farklı nedenlerden ötürü bir pazar payı talep etti (artırılmış ifade gücü, daha iyi okunabilirlik, açık bir şekilde hack'lerden kaçının ve guru-ish one-liner ...), ancak yine de belirli yönlerde Perl ile rekabet ediyorlar (Ruby is örneğin, verileri işlemenin yavaş olması gibi hızlı öğrenir). Dolayısıyla, metin formatları, hızlı araştırma döngüleri ve gittikçe daha fazla büyük veriyi (teşekkür, genomik ve NGS) ele aldığınız biyoinformatik (veya NLP) alanında, Perl hala çok alakalı.
Aslında, maple_shaft , Charles ve geoffjentry'nin düzenli ifadelerin de öneminden bahseden yorumlarını fark ettim , bu yüzden herkes bunu göz ardı etmedi. :)
Perl'in biyoinformatikteki popülaritesinin arkasındaki büyük nedenlerden biri, ilgili verilerle çalışmak için kapsamlı bir modül seti olan BioPerl'dir .
Bu gibi görünüyor modüllerin çoğu aslında diğer programlar tarafından oluşturulan veri ile çalışması için tasarlanmıştır. Sonuçta Perl mükemmel raporlama koli bandı sağlar.
Araçlar, operatörlerin beceri seviyesi ve benimseme kolaylığı ile seçilir - derlenmiş bir programın veya IDE'nin basit bir yorumlanmış dili alması biraz zaman alır.
Perl'in bazı ciddi kesimleri, ciddi belgeleri, ciddi kütüphaneleri ve geniş ücretsiz kullanılabilirliği vardır. Bunlardan hiç hoşlanmayan ne?
Perl, diğer dillerin tüm aynı yeteneklerine, veri yapılarına ve yöntemlerine sahiptir ve daha sonra öğrenmesi daha kolaydır. Programlama konusunda çok deneyimli olmayan araştırmacılar ve bilim adamları için iyidir, çünkü Perl'i kolayca alabilir ve istedikleri görevleri gerçekleştirebilirler
Bunlara ek olarak:
Açıkça avantajlı olan birçok çevrimiçi destek ve ücretsiz komut dosyası mevcuttur! =)
Özetle, çoğu bilim adamı ve araştırmacı işi mümkün olduğunca çabuk yapmak istiyor ve Perl bunun için mükemmel bir seçim