Bash betiğinde BSUB sözdizimini denetle

Bu bash betiği başlığını launchparse.sh kullanarak bsub linux programı üzerinden bir iş göndermeye çalışıyorum:

#!/bin/bash

#BSUB -W 80:0
#BSUB -R rusage[mem=4000]
#BSUB -J "myarray[101-150]"
filenumber=$(($LSB_JOBINDEX*100000))
java -cp ./ejml-0.19-nogui.jar:./ejml-0.19-src.zip:./stanford-parser-3.2.0-javadoc.jar:./stanford-parser-3.2.0-models.jar:./stanford-parser-3.2.0-sources.jar:./stanford-parser.jar:. Pubmedparse $filenumber.txt done$filenumber

Ancak, işlerin gönderilip gönderilmediğini kontrol ettiğimde bjobs -a İşlerimden çıkıldığını anladım. Birisi, sözdiziminde neyin yanlış olduğunu görebilir mi?

bash script

— kolonel
kaynak

Bence senaryonun durumu iyi. Java komut satırını değiştirirsem

echo XXX > /tmp/done$filenumber

o zaman çalışır. Muhtemelen sıfır olmayan bir çıkış koduyla çıkmakta olan java işlemidir. Java işleminin stdout / stderr ve exit kodunu bir dosyaya yönlendirmeyi deneyin veya bsub seçenekleri -o / -oo / -e / -eo.

Daha önce gönderdiğiniz işler için bjobs -l <jobid> tam çıkış kodunu gösterecektir. Örneğin,

Mon Feb  3 15:00:02: Exited with exit code 1. The CPU time used is 0.0 seconds.

— Michael Closson
kaynak

Yazınız büyük olasılıkla kaldırılacak: bu bir cevap değil. Başa çıkmak için gereksiz çalışmalar yaratır.

— suspectus

Selam @suspectus. Gönderimin bir cevap olmadığı konusunda hemfikirim, ancak faydası var. Stdout / err komutunun yönlendirilmesi kolonel'e işinin neden statüden çıkacağını belirleme konusunda yardımcı olacaktır. Bu bilgiyi nasıl vermem gerektiğini önerebilir misiniz?

— Michael Closson

Sanırım bunun kalmasına izin verebiliriz. Michael, eğer cevabınıza olumlu bakıyorsanız ve OP'nin sorunlarını çözmesine yardım ederse, o zaman elbette bu bir cevaptır. Sadece "Yorum gönderirdim" ya da onun gibi bir şey eklemeyin.

— slhck