OS X'te bağımsız bir R


2

Bilgisayarınıza ve sahip olduğum tüm paketlere R yüklemekle uğraşmak istemediğim meslektaşlarım ile bir USB koyabilir veya arşivleyebilir ve paylaşabileceğim bağımsız bir R yüklemesi oluşturmaya çalışıyorum.

Biraz araştırma yaptım ve şu mesajları buldum:

Ubuntu kutumun 2. ve 3. postalarındaki çözümleri, make installözel bir yere ve sonra da A) 'ya koydum . İkinci postadaki gibi yüklü bin / R'yi düzenlemek için sed'i kullanın veya B). Kurulan kutu / R'nin başlangıcını üçüncü postadaki öneriye göre değiştirmek. Ubuntu ya da diğer Linux'larda, bu bana USB içeren ve farklı bir Ubuntu kutusuna yerleştirilebilecek ve taşınması gereken R'nin bin, lib ve paylaşım klasörlerini içeren ve yükleyen bir klasör veriyor.

Benzer bir sonuç elde etmek istiyorum ancak Macbook Pro ve OS X'im için. OS X'te make installözel bir konuma --prefixgeldiğinizde üç bin yerine, lib yerine, Linux'ta gördüğünüz klasörleri paylaşırken lib adlı bir klasör var. ve R.framework adlı bir şey. Lib klasörü, libr.pc adlı dosyayı içeren pkgconfig adlı bir klasörü içerir. R.framework bazı sembolik linkler ve bir Versions dizini içerir. Bu Sürümler dizini, Current adlı bir sembolik bağlantıyı ve ardından R'nin çeşitli sürümlerini içeren bir dizi klasör içerir. Bu sürüm klasörlerinin her biri, Başlıklar, bir tanesi PrivateHeaders (bir başlık dosyaları yükü içeren) ve bir de Kaynaklar adlı bir sembolik bağlantı içerir. Son olarak bu Kaynaklar klasörü, R kaynak klasörü gibi bin, etc, share, vb. Gibi klasörleri içerir.

Bu OS X yapısına yabancıyım. Öyleyse bilmek istiyorum, ne yapmam gerekiyor, şimdi make installOS X üzerindeki yerel bir klasöre dosya yaptım. Prensip olarak Linux için düzeltme gibi olmalı - bin / R betiğindeki yolları düzenleyerek R_ROOT_DIR. Ancak, bu .framework şeyleri bilmiyorum, Linux'ta üç dizinli yerel bir klasöre sahipsiniz ve yolları anlamak ve düzenlemek oldukça kolaydır.

Herhangi bir tavsiye / çözüm büyük beğeni topluyor!

Sağol Ben.


1
Belki onun yerine Docker'a bakmak istersin?
Dirk Eddelbuettel

Docker'ı düşündüm, bu konuda fazla bir şey bilmiyorum - OS X için çalışıyor mu? Bir Linux Çekirdek teknolojisi kullandığını düşündüm. Meslektaşlarımın istediği şey, projemi tek bir tıklamayla çözüm çalıştırmak için eklemem ve bu da ek yazılım kullanmamalarını gerektiriyor (R'nin yüklenmesi vb.). Bir liman işçisi konteyneri çalıştırmak için kuruluma ihtiyaçları olduğunu sanıyorum?

Evet, Docker, boot2docker sayesinde OS X ve Windows'ta çalışır . Docker için R görüntüleri Hub üzerindeki Rocker / Rocker tarafından sağlanmaktadır .
Dirk Eddelbuettel


1
Aynı ama benzer değil ... Cactuslab, ImageMagick için basit bir yükleyici yapar (OSX'e kurulması zor olabilir) ... bir bakmaya değer olabilir cactuslab.com/imagemagick
Mark Setchell 09:15

Yanıtlar:


3

En azından buna başlamak mümkün gibi görünüyor. R 3.2.1 kaynaklarını kapıp açtıktan sonra aşağıdakileri yaptım:

mkdir localinstall
./configure --prefix=`pwd`/localinstall \
            --without-tcltk \
            --with-cairo \
            --without-aqua \
            --without-x \
            --enable-R-shlib \
            --disable-R-framework

Bir vanilyalı OS X sisteminde (VMware Fusion aracılığıyla). Sistemde başka bir R kurulum yoktu.

Bir .appyapılandırma ile çalışmasını sağlamak için , bin/Rkomut dosyasında değiştirmeniz gereken ortam değişkenleri vardır .

R_HOME_DIR
R_SHARE_DIR
R_INCLUDE_DIR
R_DOC_DIR

Rscript biraz dikkat etmeniz gerekecek (dir bu ikili kodda kodlanmış hale gelir), ancak uygulamanızın yüklü w / o kullanacağınız diğer tüm destek paketlerini almanız koşuluyla, bir uygulamada çalışacak şekilde ince ayar yapabilirsiniz.


1
Buna benzer şeyler yaptım - Derleme yapan ve çalışan ikili dosyaları yapan aklıma geldi ve kurulum sadece sisteme bir şeyler koyar. Bu yüzden bu sefer derledim, makefakat yapmadım make install, ve sonra bin/Rçevresel değişkenlerle belirtilen kodlanmış yolları kaldırmak için sed kullandım . Çalıştırmadan önce ortam değişkenini ayarladıysanız, makinemde iyi çalıştığını düşünüyorum. Diğer OS X makinelerinde yarına kadar test edemiyorum.

1
Neyse ki, eğer çevresel değişkenler ayarlanmışsa, Rscript'in aslında dizini değiştirdiğine inanıyorum. Bir yerde bunu okuduğumun belgelenmiş olmadığını okudum, ama kaynak kodunu okudular ve böyle buldular.
Sitemizi kullandığınızda şunları okuyup anladığınızı kabul etmiş olursunuz: Çerez Politikası ve Gizlilik Politikası.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.