DNA dizileyici ile ilgili problem

11

Kısa bir süre önce, hayal kırıklığına göre Ubuntu'da düzgün çalışmıyor gibi görünen MinION USB genom (DNA) sıralayıcısını aldım.

Ubuntu'nun 12.04 sürümünü kullanıyorum. Sıralayıcı, birlikte gelen komut dosyası / sürücü tarafından düzgün bir şekilde algılanır, ancak örneği algılayamıyor gibi görünür.

Sürecin ekran görüntüsünü ekliyorum. Herhangi bir yardım büyük mutluluk duyacağız!

resim açıklamasını buraya girin

drivers usb

— Richard Rodriguez
kaynak

1

Senaryo / örnek toplama programını root olarak çalıştırmayı deneyingksu

— nanofarad

Cihaz / var / log / syslog ya da başka bir şeye yararlı mesajlar atıyor mu?

— Christian

2

Cihaz komut dosyası tarafından düzgün bir şekilde algılandığını görünce, probleminizin bir Ubuntu sorunu olmaktan ziyade şeylerin gen sıralayıcı tarafında olması daha olası görünüyor. Sıralayıcı ile başka bir özellik için, belki de bir kalibrasyon rutini için iletişim kurmanızı sağlayacak başka yardımcı programlar var mı? Ubuntu makine ile iletişim kurabilir ve başka şeyler yapmasını sağlayabilirse, sorunun bilgisayardan ziyade gen sıralayıcıda olmasını beklerdim. Başka bir olası test, mevcut yazılım varsa başka bir işletim sistemi kullanmayı denemektir. Son olarak, sequencer'ın en son ürün yazılımına sahip olduğunuzdan ve bağlanmak için kullandığınız yazılımın güncel olduğundan emin olun.

— Danbsmith
kaynak

Spekülasyon yapacağım başka bir şey daha var, yani onu kabuktan çalıştırmak önceliği en iyi şekilde vermeyebilir. Bu, ızgaralarında izin verilmeden önce tam kimlik doğrulaması gerektiren Oxford nanopore sıralayıcıdır. Örneği çalıştırmak ve erişmek için yeterli bilgiye sahip değil - bence bu.

— all4naija

Bu, bağımsız bir DNA sıralayıcıdır. Arayüzü büyük olasılıkla, sağlanan komut dosyasının konuştuğu normal bir USB seri bağlantı noktası adaptörüdür - düzgün çalışıyor gibi görünüyor. Sorun muhtemelen bilgisayar ile arayüzü değil, şeylerin sequencer sonu ile katılıyorum. GridION bir "bulut bilişim" platformu değildir, daha büyük işler için paralel bir dizi gen sıralayıcıdır.

— Adrian

Daha fazla bilgi için: nanoporetech.com/technology/the-gridion-system/…

— all4naija

1

Vahşi bir tahmin: Bir izin sorunu olabilir mi? Bazı cihazlar, sıradan bir kullanıcı olarak çalıştırıldığında bazı işlemler için sorunsuz çalışır, ancak rootdiğer işlemleri gerçekleştirmek için ayrıcalıklar gerektirir . Böylece, bunun işe yarayıp yaramadığını sudo ./gseqgörebilirsiniz. Bu yardımcı olur, ancak roother zaman olduğu gibi çalıştırmak istemezseniz , cihaz dosyalarınızı izleyebilir ve normal hesabınızı kullanarak cihaza erişim izni vermek için izinlerini değiştirebilirsiniz. Bu muhtemelen udev kuralları oluşturmayı içerir. Bu konuya girmeyeceğim, çünkü bu çözüm biraz uzun bir atış.

— Rod Smith
kaynak

0

Cihazın 6 saatlik ömrünün aşılması mümkün mü? Görünüşe göre daha çok bir cihaz hatası veya bir işlem sorunu. Minion teknik desteği, programın cihazla iletişim kurduğu anlaşıldığı için bu sorunu çözmek için ana irtibat kişiniz olmalıdır.

Chris

— fabricator4
kaynak