R paketlerini Ubuntu'da kurmak için tercih edilen yol nedir?

Ben ubuntu içinde R kuruyorum, ancak paketleri yüklemek için birçok seçenek ile biraz kafam karıştı.

Geleneksel yol, bunları R'nin içine yaparak yerleştirmektir install.package(). Ubuntu, ancak yükleme imkanı sunar apt-get. İşletim sistemi paketleri güncel tutacağından bu ilginçtir. Sadece birkaç pakete sahip olduklarından er ya da geç problem yaratacaktır. Sonunda paketleri geleneksel yollardan kuracağım, farklı yollardan kurduklarını ve belki de (?) Bu da sürüm problemlerini yaratacaktır.

R paketlerini Ubuntu'da kurmanın ve saklamanın tercih edilen yolu nedir?

Ubuntu repoları aracılığıyla kullanılabilen tek R paketi, R geliştirme çekirdek ekibi tarafından tutulan paketler. Çoğu pakette olduğu gibi, aracılığıyla aptveya synaptic'te bulunanlar her zaman en yeni sürümler değildir. Neyse /etc/apt/sources.list.d/CRAN.listki, tek bir metin satırı içeren yeni bir dosya oluşturarak, CRAN tarafından korunan bir yazılım kaynağı ekleme seçeneğiniz var :

deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu trusty/

( trusty/dağıtımınızın kod adıyla değiştirin ; lsb_release -cbir terminale girdiğini bilmiyorsanız ). (Ve bir sonra apt update) paket yöneticisi her zaman CRAN bakımlı sürümlerini yüklemek (veya güncellemek) olacak r-base, r-base-coreonlar debian kaynaklarda olanlara göre daha yüksek sürüm numaralarına sahip olacağından dolayı, vb. Repo imzasız olduğundan şikayet ederse buraya bakınız apt.

Diğer tüm paketler için (AKA "katkıda bulunan paketler"), install.packages(c("name_of_package", "name_of_other_package"))CRAN'daki sürümün eski olduğunu ve yeni bir sürümün ihtiyaç duyduğum işlevselliğe sahip olduğunu bilmediğim sürece, mümkün olduğunda R içine yüklemeyi tercih ederim . Bu gibi durumlarda GitHub'dan devtools::install_github('AccountName/RepositoryName')bir arşiv kurabilir ya da indirebilir ya da bir terminal penceresinden R CMD INSTALL name_of_package.tar.gzya da R yoluyla kurabilirsiniz install.packages("/path/to/downloaded/package.tar.gz", repos=NULL, type="source").

Tamamlanması için, burada CRAN'ın resmi kılavuzudur .

apt-get r-cranBağımlılık ve güncellemeleri daha temiz bir şekilde ele aldığından genellikle mümkün olan her şeyi kullanarak kurardım. Sadece mevcut değilse, R içinden yüklemeyi kullanacağım.

R Debian paketleri için iki havuz bulunduğunu unutmayın:

1. Resmi R: birkaç paket sunar. Bunu eklemek için, source.list dosyanızı güncelleyen repoya bağlantıyı eklemeniz gerekir . Bu CRAN-ubuntu sayfasında belgelenmiştir , daha sonra çalıştırınız apt-get update, daha sonra yükseltiniz

2. PPA: Michael rutter , daha birçok paket içeren bir ppa , cran2deb4ubuntu sağlar. Bazı belgeler için bu blogun sonuna bakın . Çalıştırmanız gerekir (güncelleme / yükseltme işleminden sonra):

    sudo add-apt-repository ppa:marutter/c2d4u
   

Lütfen R 3.5.0 için repo adının değiştiğini ve Michael Rutter tarafından önceden derlenmiş olan Görev Görünümleri kütüphanelerinin cran2deb4ubuntu_3.5 adresinden temin edilebileceğini unutmayın.