R 3.3.1'i kendi dizinime nasıl kurarım


12

Bu biraz yinelenen bir soru ( dizinime yüklü R için PATH nasıl ayarlanır? )

Kendi dizinime R (R 3.3.1) 'in yeni bir sürümünü kurmaya çalışıyordum. Önceki kurulum akışımı takip ettim

Ama daha önce sahip olmadığım bir sorunla karşılaştım.

./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 
.......
checking for zlib.h... yes
checking if zlib version >= 1.2.5... no
checking whether zlib support suffices... configure: error: zlib library and headers are required

zlib sürümü çok düşük görünüyor, bu yüzden zlib'in mevcut sürümünü yükledim

tar xvf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11
 ./configure --prefix=$HOME/Programme/zlib-1.2.11
make && make install

sonra yeniden yapılandırmak için çalıştı tekrar gibi:

./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib" CPPFLAGS="-I/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include"

hala aynı hatayla karşılaştım:

checking if zlib version >= 1.2.5... no
checking whether zlib support suffices... configure: error: zlib library and headers are required

Sonra birisinin R yapılandırma dosyasını değiştirerek sorunu atlattığını fark ettim.
Bu örneği takip ettim, zlib hatasını çözdüm. ancak diğer hatalar ortaya çıktı. Uzun lafın kısası, diğer bağımlı kütüphaneleri kurdum

tar xvf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11
./configure --prefix=$HOME$Programme/zlib-1.2.11
make && make install

tar zxvf bzip2-1.0.6.tar.gz
cd bzip2-1.0.6
make -f Makefile-libbz2_so
make clean
# modify the Makefile (original: CC=gcc after modification: CC=gcc -fPIC) as suggested [here][2]
make 
make install PREFIX=/opt/bzip2-1.0.6

tar zxvf xz-5.2.3.tar.gz
cd /root/xz-5.2.3
./configure --prefix=$HOME/Programme/xz-5.2.3
make -j3
make install

tar zxvf pcre-8.40.tar.gz
cd /root/pcre-8.40
./configure  --prefix=$HOME/Programme/pcre-8.40  --enable-utf8
make -j3 && make install

tar zxvf curl-7.52.1.tar.gz
cd /root/curl-7.52.1
./configure  --prefix=$HOME/Programme/curl-7.52.1
make && make install

./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib -L/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib -L/$HOME/Programme/xz-5.2.3/lib -L/$HOME/Programme/pcre-8.40/lib -L/$HOME/Programme/curl-7.52.1/lib" CPPFLAGS="-I/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include -I/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/include -I/$HOME/Programme/xz-5.2.3/include -I/$HOME/Programme/pcre-8.40/include -I/$HOME/Programme/curl-7.52.1/include"

Konfigürasyon çalışıyormuş gibi görünüyordu:

R is now configured for x86_64-pc-linux-gnu

  Source directory:          .
  Installation directory:    $HOME/Programme/R-3.3.1

  C compiler:                gcc -std=gnu99  -g -O2
  Fortran 77 compiler:       gfortran  -g -O2

  C++ compiler:              g++  -g -O2
  C++11 compiler:            g++  -std=c++0x -g -O2
  Fortran 90/95 compiler:    gfortran -g -O2
  Obj-C compiler:         

  Interfaces supported:      X11, tcltk
  External libraries:        readline, curl
  Additional capabilities:   PNG, JPEG, NLS, cairo, ICU
  Options enabled:           shared R library, shared BLAS, R profiling

  Capabilities skipped:      TIFF
  Options not enabled:       memory profiling
  Recommended packages:      yes

ama aradığımda

make && make install

hala "yapmak" sonuna kadar yapamadı:

...
  gcc -std=gnu99 -Wl,--export-dynamic -fopenmp  -L../../lib -L//HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib -L//HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib -L//HOME/Programme/xz-5.2.3/lib -L//HOME/Programme/pcre-8.40/lib -L//HOME/Programme/curl-7.52.1/lib -o R.bin Rmain.o  -lR -lRblas
/usr/bin/ld: warning: libpcre.so.1, needed by ../../lib/libR.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)
/usr/bin/ld: warning: liblzma.so.5, needed by ../../lib/libR.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_fullinfo'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_lzma_preset@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_alone_decoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_crc64@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_raw_encoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_config'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_code@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_stream_decoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_free'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_raw_decoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_exec'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_version_string@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_maketables'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_stream_encoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_compile'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_study'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_version'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_end@XZ_5.0'
collect2: error: ld returned 1 exit status

...
make: *** [R] Error 1 

Takip: Thrig'in önerisine dayanarak, aşağıdaki satırları .cshrc dosyama ekledim

setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/pcre-8.40/lib
setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/xz-5.2.3/lib

ve

source .cshrc 

sorun çözüldü!


--prefix=$HOME/Programmeve -L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/libiki farklı şeye benziyor, aslında zlib nerede? (Ve *.pckullanabileceğiniz bir dosya ile pkg-configmi geliyor?)
thrig

@ thrig, üzgünüm, yapılandırma bilgilerimi doğru bir şekilde koymadım, yaptığım gibi tam olarak yapmak için düzenledim.
Haz

2
"Bulunamadı" paylaşılan kütüphaneler LD_LIBRARY_PATHiçin gerekli libdizinleri içerecek şekilde hızlı bir saldırı yapılacaktır .
17'de

Ben olsaydım, bağımlılıkları --prefix=/opt(ayrı alt dizinler yerine) gibi ortak bir önekle yüklemeyi --prefix=/opt/zlib-1.2.11ve sonra pkg-configörneğin export PKG_CONFIG_PATH=/opt/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATHyapılandırmadan önce için uygun bir arama yolu ayarlamayı R
denerdim

@thrig. TKS! işe yaradı!
Haziran

Yanıtlar:


5

Yukarıda bahsedilen sorunun çözümü budur

R'nin yapılandırma dosyasını değiştirmek için örneği takip edin :

tar xvf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11
./configure --prefix=$HOME/Programme/zlib-1.2.11
make && make install

tar zxvf bzip2-1.0.6.tar.gz
cd bzip2-1.0.6
make -f Makefile-libbz2_so
make clean

Makefile'yi (orijinal: CC = gcc değişiklikten sonra değiştirin: CC = gcc -fPIC) burada önerildiği gibi

make 
make install PREFIX=$HOME/Programme/bzip2-1.0.6

tar zxvf xz-5.2.3.tar.gz
cd xz-5.2.3
./configure --prefix=$HOME/Programme/xz-5.2.3
make -j3
make install

tar zxvf pcre-8.40.tar.gz
cd pcre-8.40
./configure  --prefix=$HOME/Programme/pcre-8.40  --enable-utf8
make -j3 && make install

tar zxvf curl-7.52.1.tar.gz
cd curl-7.52.1
./configure  --prefix=$HOME/Programme/curl-7.52.1 --with-ssl
make && make install

./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib -L/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib -L/$HOME/Programme/xz-5.2.3/lib -L/$HOME/Programme/pcre-8.40/lib -L/$HOME/Programme/curl-7.52.1/lib" CPPFLAGS="-I/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include -I/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/include -I/$HOME/Programme/xz-5.2.3/include -I/$HOME/Programme/pcre-8.40/include -I/$HOME/Programme/curl-7.52.1/include"

Aşağıdaki satırları .cshrc dosyama ekle

setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/pcre-8.40/lib
setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/xz-5.2.3/lib

ve

source .cshrc 

Şimdi R-3.3.1 dizinine gidin:

make && make install 

İşe yaramalı.

Sitemizi kullandığınızda şunları okuyup anladığınızı kabul etmiş olursunuz: Çerez Politikası ve Gizlilik Politikası.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.