Ben birçok dosya (xyz1, xyz2, tüm yol xyz5025 kadar) ile bir klasör var ve ben çıkışları olarak xyz1.faa, xyz2.faa, vb almak her birinde bir komut dosyası çalıştırmak gerekir.
Tek bir dosya için komut:
./transeq xyz1 xyz1.faa -table 11Bunu otomatik olarak yapmanın bir yolu var mı? Belki bir yapılacaklar kombo?
Yanıtlar:
for file in xyz*
do
./transeq "$file" "${file}.faa" -table 11
doneBu, geçerli dizinde başlayan ve ilk argüman olarak dosya adına sahip programı, ikinci argüman olarak dosya adını ".faa" ve ardından "-table 11" ile çağıran forher dosyayı yineleyecek basit bir döngüdür. .xyz./transeq
"$file".faaetkileşimli bir astarın parçası olarak yazmak biraz daha kolaydır ve .faaalıntılanması gereken herhangi bir kabuk metakarakter içermediği için güvenlidir .
xyz*glob da .faa dosyalarını alır. Bash için, shopt -s extglob( reference ) for file in xyz!(*.faa) ...komutunu ve sonra .faa dosyalarını döngüden gönderilmesini engellemek için kullanın .
GNU Parallel yüklerseniz bunu paralel olarak yapabilirsiniz:
parallel ./transeq {} {}.faa -table 11 ::: xyz*CPU yoğun programlıysanız, biraz hızlanmalıdır.
bashKomut satırında böyle bir şey yapabilirsiniz :
printf '%s\n' {1..5025} | xargs -l -I {} -t ./transeq xyz{} xyz{}.faa -table 111 ila 5025 arasında bir / satır tamsayıları üretiyoruz, sonra bunları teker teker xargs'a besliyoruz. {} xargs'a besliyoruz.
Eğer küme ayracı genişleme imkanınız {n..m}yoksa,seq bu rakamları üretmek yardımcı programı .
Veya, sayısal nesli her zaman şu yollarla taklit edebilirsiniz:
yes | sed -n =\;5025q | xargs ...for i in {1..5025}; do ./transeq "xyz$i" "xyz$i".faa -table 11; donedüşünmesi ve yazması çok daha kolaydır. Komutları çalıştırmadan önce yazdırmasını istiyorsanız, tuşunu kullanın set -x.
for i in {1..5025}elde etmek için kullanır . Ayrıca bash yazabilirsiniz , ancak genellikle aralık sözdizimini kullanırım çünkü yazmak daha hızlıdır. for ((i=1 ; i<=5025 ; i++)); do ./transeq "xyz$i" "xyz$i".faa -table 11; done{a..b}
Birden fazla çekirdeğe sahip olduğunuzu ve her çağrının geri kalanından bağımsız olarak çalışabileceğini varsayarsak, paralel çalışmalarda oldukça hız kazanırsınız.
Bunu yapmak için nispeten basit bir yolu üzerinden gerçekleştirilir -Pait parametre xargs- örneğin, 4 çekirdek varsa:
echo xyz{1..5025} | \
xargs -n 1 -P 4 -I{} /path/to/transeq xyz{} xyz{}.faa -table 11-n 1Söyler xargsher çağrı için listenin dışında sadece bir argüman almaya (varsayılan olarak bol geçerdi) ve-P 4 aynı anda 4 süreçlerini yumurtlamaya söyler - Bir ölür, yenisi kökenli.
IMHO, bu basit durum için GNU paralel kurmanıza gerek yok - xargsyeterlidir.
for file in xyz*; do ./transeq "$file" "${file}.faa" -table 11; done. Bu tür şeyleri her zaman yazıyorum. Dosya adlarının vb. İstediğiniz şekilde genişletildiğini doğrulamak istiyorsanız, ilk seferdenechohemen sonra bir sağa koyundove ardından kabuk geçmişinize geri dönün ve ikinci kez silin.