Aynı başlık ve altındaki farklı vektörler ile birden fazla dosya var. Hepsini birleştirmem gerekiyor, ancak yalnızca ilk dosyanın başlığının birleştirilmesini istiyorum ve diğer başlıkların hepsinin aynı olduğundan birleştirilmesini istemiyorum.

örneğin: dosya1.txt

<header>INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer>
<header>INFO=<ID=DP4,Number=4,Type=Integer>
A
B 
C

file2.txt

<header>INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer>
<header>INFO=<ID=DP4,Number=4,Type=Integer>
D
E 
F

Çıktı olması gerekiyor

<header>INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer>
<header>INFO=<ID=DP4,Number=4,Type=Integer>
A
B
C
D
E 
F

R'de bir script yazabilirim ama kabuğuna ihtiyacım var?

R'de nasıl yapılacağını biliyorsanız, elbette R'de yapın. Klasik unix araçlarıyla, bu en doğal olarak awk olarak yapılır.

awk '
    FNR==1 && NR!=1 { while (/^<header>/) getline; }
    1 {print}
' file*.txt >all.txt

Awk betiğinin ilk satırı, FNR==1aynı zamanda tüm dosyalardaki ( NR==1) ilk satır olması dışında , bir dosyanın ilk satırıyla ( ) eşleşir . Bu koşullar yerine getirildiğinde, ifade while (/^<header>/) getline;yürütülür; bu, şu anki ifade regexp ile eşleştiği sürece awk'ın başka bir satırı okumaya devam etmesine (geçerli olanı atlayarak) devam etmesine neden olur ^<header>. Awk betiğinin ikinci satırı, daha önce atlanmış satırlar dışındaki her şeyi yazdırır.

cat+grepYukarıdan " " e benzer, başka bir çözüm kullanarak tailve head:

1. İlk dosyanın başlığını çıktıya yazın:

   head -2 file1.txt > all.txt

   - head -2Dosyanın 2 ilk satırını alır.

2. Tüm dosyaların içeriğini ekle:

   tail -n +3 -q file*.txt >> all.txt

   - 3. satırdan sonuna kadar yazdırma satırları -n +3yapar , başlığın dosya adıyla (okunmamış ) yazdırılmamasını söyler , üzerine yazmaz, dosyaya eklenir .tail-qman>>>

Ve her iki komutu da tek bir satıra yerleştirebileceğinizden emin olun:

head -2 file1.txt > all.txt; tail -n +3 -q file*.txt >> all.txt

veya başarı kontrolü için aralarında ;koymak yerine &&.

Bunu yapmayı deneyin:

$ cat file1.txt; grep -v "^<header" file2.txt
<header>INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer>
<header>INFO=<ID=DP4,Number=4,Type=Integer>
A
B 
C
D
E 
F

NOT

• -vbayrak aracının maçı ters çevirmek için grep
• ^içinde REGEX , araçlar dize başlayan
• eğer bir sürü dosyanız varsa,

:

array=( files*.txt )
{ cat ${array[@]:0:1}; grep -v "^<header" ${array[@]:1}; } > new_file.txt

Bir bash dizi dilimleme tekniğidir.

tail(GNU'da, en azından üzerine) komut ilk çizgiler belirli bir sayıda atlamak için bir seçenek vardır. İkinci satırdan itibaren yazdırmak, yani bir satırlık başlığı atlamak için:tail -n+2 myfile

Yani, ilk dosyanın iki satırlı başlığını ikinci sırada tutmak değil, Bash’de:

cat file1.txt <(tail -n+3 file2.txt) > combined.txt

Veya birçok dosya için:

head -n1 file1.txt > combined.txt
for fname in *.txt
do
    tail -n+3 $fname >> combined.txt
done

Belli bir dizginin tüm başlık satırlarında bulunduğu, ancak hiçbir zaman giriş dosyalarının geri kalanında bulunmadığı biliniyorsa grep -v, sputnik'in gösterdiği gibi basit bir yaklaşımdır.

Daha kısa olan (mutlaka daha hızlı değil) sed:

sed -e '3,${/^<header>/d' -e '}' file*.txt > all.txt

Bu, <header>...3. satırdan başlayarak başlayan tüm satırları siler , böylece ilk başlık korunur ve diğer başlıklar kaldırılır. Başlıkta farklı sayıda satır varsa komutu buna göre ayarlayın (örneğin, 7yerine 6 satırlık başlık kullanımı için 3).
Başlıktaki satır sayısı bilinmiyorsa, aşağıdakileri deneyebilirsiniz:

sed '1{
: again
n
/^<header>/b again
}
/^<header>/d
' file*.txt > all.txt

array = (* .txt); head -1 $ {array [0]}> all.txt; kuyruk -n +2 -q $ {array [@]: 0} >> all.txt

Birleştirilmesi / birleştirilmesi gereken aynı başlığa sahip .txt dosyaları içeren bir klasör kullandığınızı varsayarsak, bu kod tüm txt dosyalarını all.txt içinde tek bir başlıkla birleştirir. ilk satır (noktalı virgüllerle ayrılmış satırlar) tüm metin dosyalarını birleştirilecek şekilde toplar, ikinci satırlar başlığı ilk txt dosyasından all.txt dosyasına çıkarır ve son satır, başlık olmadan toplanan tüm metin dosyalarını birleştirir (başlayarak satır 2'den itibaren bitiştirme) ve all.txt dosyasına ekler .