Borulama terimi (dosya adı değil) grep

Bir dosyadan belirli bir sayı içeren belirli satırları seçmek istiyorum. Aramak istediğim dosya denir os_clusters/piRNA_clusters.bed.

awk '{if (a[$0]++ == 0) {split($0,b,"."); ;split(b[1],c,"r"); print c[3]}};' test_non_enriched | xargs grep {} os_clusters/piRNA_clusters.bed

İlk parça, borudan önce çalışır, 8707, 8824 vs. gibi aranacak terimleri üretir. Ancak, ikinci kısım yoktur.

awk '' ... | xargs grep {} os_clusters/piRNA_clusters.bed

Boru tarafından üretilen terimler için hedef dosyayı aramak yerine, arama terimlerini girdi dosyası olarak kabul eder. Dolayısıyla, şöyle hata mesajları alıyorum:

grep: 8707: No such file or directory
grep: 8824: No such file or directory

os_clusters/piRNA_clusters.bedBoru tarafından üretilen terimleri aramak için dosyayı değiştirmek için neye ihtiyacım var ?

Sanırım sen istiyorsun

... | grep -f - os_clusters/piRNA_clusters.bed

-fsöyler grepbir dosyadan kendi arama deseni elde etmek ve -bu dosyanın (sizin durumda borunun çıkış) stdin'nin aslında olduğunu söyler.

GNU dışı grepkullanım için @ rici'nin yorumu sayesinde

... | grep -f /dev/stdin os_clusters/piRNA_clusters.bed