Bir gizli Markov Modelinin bir gen bulmak gibi genomik dizilerde nasıl kullanıldığını anlıyorum. Ama belirli bir Markov modelini nasıl bulacağımı anlamıyorum. Yani, modelin kaç eyaleti olmalı? Kaç olası geçiş? Modelin bir döngüsü olmalı mı?
Modellerinin en uygun olduğunu nasıl bilebilirler?
10 farklı model düşünüyorlar, bu 10 modeli karşılaştırıyor ve en iyisini yayınlıyorlar mı?
Yanıtlar:
Üç ana yaklaşıma aşinayım:
Önsel. Aralarından seçim yapabileceğiniz dört temel çift olduğunu biliyor olabilirsiniz ve bu nedenle HMM'nin dört durumuna sahip olmasına izin verin. Veya İngilizce'nin 44 fonem olduğunu ve bir ses tanıma modelindeki gizli fonem katmanı için 44 durumun olduğunu biliyor olabilirsiniz.
Tahmini. Durumların sayısı önceden, belki de HMM'nin gözlenen özellikleri üzerinde basit bir kümelenme ile önceden tahmin edilebilir. HMM geçiş matrisi üçgense (bu genellikle hata tahmininde durumdur), durum sayısı, toplam zamanın başlangıç durumundan bitiş durumuna dağılım şeklini belirler.
Optimizasyon. Önerdiğiniz gibi, ya birçok model oluşturulur ve uygun ve en iyi model seçilir. Modelin gerektiği gibi durum eklemesine veya atmasına izin vermek için HMM'yi öğrenen metodoloji de uyarlanabilir.
Diğer bir yaklaşım, sayıca sonsuz sayıda duruma sahip modellerden örneklemektir. Daha sonra 'kaç kişinin' cevabı örnekleyicilerin ortalamasını alarak ortaya çıkacaktır.