B3LYP Gaussin 0 *, GAMESS-US, Molpro,… vs'de nasıl uygulanır?

Özellikle Gaussian 03 ile başlayan ama GAMESS-US ile devam eden B3LYP ile ilgili çalışmaları genişletmek istiyorum. Varsayılan B3LYP yöntemleri tarafından sağlanan enerjiler aynı değildir. Bu konuda GAMESS-US kılavuzunda bir tartışma var (Daha Fazla Bilgi bölümü):

GAMESS içindeki B3LYP'nin kısmen VWN5 elektron gazı korelasyon işlevselliğine dayandığını unutmayın. VWN belgesinde yerel korelasyon hakkında belirtilen iki olası parametreleştirmeye sahip beş formül bulunduğundan, diğer programlar diğer seçenekleri kullanabilir ve bu nedenle farklı B3LYP enerjileri üretebilir. Örneğin, NWChem'in kılavuzu varsayılan olarak "Monte Carlo parametrelerinin aksine RPA parametreleriyle VWN 1 işlevini" kullandığını söylüyor. Bu VWN1 formülünü bir B3LYP hibridinde kullanmak isterseniz, "DFTTYP = B3LYP1" i seçmeniz yeterlidir.

Varsayılan değerlerin GAMESS ve NWCHEM arasında farklı olduğunu ve GAMESS'in NWCHEM'in varsayılan olarak yaptığı hesaplamayı yapması için bir seçenek olduğunu söylüyor.

Bir G03 ve bir GAMESS B3LYP hesaplamasını nasıl kabul edebilirim?

Çeşitli yazılım paketlerinin varsayılan B3LYP uygulaması ile özellikleri arasındaki farklar nelerdir, yani B3LYP tanımları / uygulamaları ayarlanabilir mi?

Aesin sorunuzun bir kısmını zaten yanıtladı. Size GAMESS (ABD) hakkında biraz daha bilgi verebilirim.

GAMESS (ABD) 'nin Gaussian 03 ile aynı' B3LYP 'türünü kullanması mümkündür. Bunun için sorunuzda daha önce bahsettiğiniz gibi "DFT = B3LYP1" belirtmeniz gerekir. Bu, B3LYP'yi VWN formül 1 ile seçer. Bildiğim kadarıyla, bazı diğer programlarda (Gaussian 03 gibi) VWN formül III olarak adlandırdıkları ile aynıdır.

Tabii ki, her iki programda da aynı işlevselliği seçmek, aynı sonuçları elde etmek için tek gereklilik değildir. Dikkate alınması gereken diğer bazı şeyler:

• Dayanak seti. Her iki program da aynı temel seti kullanmalıdır. Gauss dilinde ayarlanmış dahili olarak saklanan bir temel kullanıyorsanız (örneğin, 6-31G (d, p) gibi), rota bölümüne GFINPUT anahtar kelimesini ekleyerek Gaussian'ın temel ayar ayrıntılarını yazdırmasını sağlayabilirsiniz. GAMESS (ABD) ana çıkışında temel set ayrıntılarını yazdırır.

• Izgara boyutu. Gaussian 03 varsayılan olarak (75.302) bir ızgara kullanırken GAMESS (ABD) (96.302) bir ızgara kullanır. Gauss dilinde, ızgara boyutu INT anahtar sözcüğü ile kontrol edilebilir. GAMESS'te (ABD), $ DFT grubundaki NRAD ve NLEB anahtar kelimelerine göz atmalısınız. Izgara türü de bir fark yaratacaktır, ancak bilgim dahilinde, GAMESS (ABD) ve Gaussian benzer ızgaraları kullanıyor.

• İntegral kesme. Her iki program da çok küçük integralleri ihmal eder, çünkü bu doğruluk üzerinde önemli bir etkisi olmadan hesaplamayı hızlandıracaktır. Bununla birlikte, iki program arasındaki kesme faktörleri farklı olabilir ve bu da biraz farklı sonuçlara yol açabilir. Gauss 03'te, kesme faktörünü IOP (3/27) ile kontrol edebilirsiniz. GAMESS'te (ABD), $ CONTRL içindeki ICUT anahtar sözcüğünü kullanabilirsiniz.

• SCF yakınsaması. Gaussian normalde SCF prosedürü için EDIIS ve CDIIS kullanırken GAMESS (ABD) DIIS veya SOSCF kullanır. Durumunuzun DFT için çok karmaşık olmaması koşuluyla, her iki yöntem de aynı çözüme yaklaşmalıdır. Ancak, her iki programla elde edilen enerjileri karşılaştırmak istiyorsanız, çok sıkı yakınsama kriterleri belirtmelisiniz.

• Geometri optimizasyonları ile ilgili olarak: Gauss ve GAMESS (ABD) çok farklı koordinat sistemleri, geometri optimizatörleri ve yakınsama kriterleri kullanır. Her iki programı da aynı geometriye göre optimize etmek zordur, hatta imkansızdır.

Dikkate almanız gereken başka küçük farklılıklar da olabilir. Belki de bir Hartree-Fock hesaplamasıyla başlamak ve iki programın aynı SCF enerjisini sağlayıp sağlamadığını görmek en iyisidir - bu, fonksiyonel ve DFT ızgaralarındaki farklılıkları denklemden çıkarır.

Bu yardımcı olur umarım.

B3LYP Gauss uygulanması göre, fonksiyonel VWN3 kullanır manuel .

Gaussian'ın VWN5'i işlevsel olarak kullanmasını sağlamak biraz zor, ancak görünüşe göre tüm aşağıdakileri rota hattına ekleyerek yapılabilir:

• bv5lyp - hangi fonksiyonel bileşenlerin belirtilmesi - Becke değişimi ve VWN5 lokal, LYP lokal olmayan korelasyon.
• iop(3/76=1000002000) -% 20 HF değişimi, artı
• iop(3/77=0720008000) -% 72 Becke yerel olmayan değişim, artı% 80 Slater yerel değişim, artı
• iop(3/78=0810010000) -% 81 LYP lokal olmayan korelasyon, artı V5LYP VWN5 lokal korelasyonunun% 100'ü.

(İnsanların neden IOP anahtar kelimesini kullanmaktan kaçınmaya çalıştığını görebilirsiniz.) Bunların kullanımı hakkında daha fazla bilgi Gauss el kitabının yukarıda belirtilen DFT anahtar kelimeleri sayfasında 'Kullanıcı Tanımlı Modeller' başlığı altında yer almaktadır.

GAMESS'e aşina değilim, ancak B3LYP'nin VWN3 sürümünü kullanma seçeneğine sahip görünmüyor, bu yüzden başka yöne gidebilirsiniz gibi görünmüyor.

Bunlara ve diğer paketlerde uyarlanabilirliğe gelince, Turbomole'un hem B3LYP'yi (VWN5 kullanarak) hem de B3LYP_Gaussian'ı (VWN3 kullanarak) listelediğini biliyorum ve ADF kılavuzu , sadece B3LYP için VWN5 kullanabileceğinizi gösteriyor, ancak HF miktarını değiştirebilirsiniz. Eğer yapmak istediğiniz bir şey varsa değiştirin.

NWChem'in yerleşik B3LYP'sinin, Gaussian'ın, Thom'un cevabında belirtilen ızgara ve tolerans konularının modülasına katılması bekleniyor. Bileşenlerin desteklendiği herhangi bir işlevsel formu açık XC arabirimini kullanarak reçete edebilirsiniz: http://www.nwchem-sw.org/index.php/Density_Functional_Theory_for_Molecules#XC_and_DECOMP_--_Exchange-Correlation_Potentials .

Sorunun zaten cevaplandığını biliyorum ama soru GAMESS = NWChem = Gaussian yapma isteğini gösterdiğinden, NWChem ayrıntılarını tamlık için eklemek istedim.

Bir yan not olarak Dalton, B3LYP ve B3LYP-G'yi destekler. İkincisi Gaussian'a katılırken, birincisi GAMESS ile anlaşabilecek daha kanonik versiyon.