«computational-chemistry» etiketlenmiş sorular

Son zamanlarda meta fenomenin bir formülasyonuyla karşılaştım : " iki kolay, üç zor " (bu şekilde Federico Poloni tarafından yazılmıştır): Belirli bir problem iki varlık için formüle edildiğinde, çözülmesi nispeten kolaydır; bununla birlikte, üç varlıklı bir formülasyon için bir algoritma, zorlukta büyük ölçüde artar, hatta çözümün elverişsiz veya ulaşılamaz olmasına …

29 linear-algebra  computational-physics  computational-geometry  computational-chemistry 

Sonunda yeni keşfedilen moleküler varlığınızda atomların mekansal olarak nasıl düzenlendiğini bulmayı başardınız. Örneğin, spektroskopik yollarla, bir grup atom koordinatlarına, atom tiplerine, bağ uzunluklarına, bağ tiplerine ve molekülünüz için bir şeye sahip olursunuz. Artık molekülünüzün nokta grubunu (simetri grubu) belirlemekle ilgileniyorsunuz. Metan (gibi basit moleküller için TdTdT_d ) ya da benzen …

18 computational-chemistry 

Hesaplama bilimini Wikipedia'da okudum, ancak anlayışım çok net değil. Hesaplamalı bilim programlamayı içerir mi? Hesaplama biliminin , işlenmemiş parçanın herhangi bir disiplin (malzeme bilimi, mühendislik, kimya, biyoloji, vb.) Olabileceği hesaplamalı _ ____ ' dan ne kadar farklıdır ? (Hesaplamalı malzeme bilimi yapacağım.)

16 computational-chemistry  education 

Özellikle Gaussian 03 ile başlayan ama GAMESS-US ile devam eden B3LYP ile ilgili çalışmaları genişletmek istiyorum. Varsayılan B3LYP yöntemleri tarafından sağlanan enerjiler aynı değildir. Bu konuda GAMESS-US kılavuzunda bir tartışma var (Daha Fazla Bilgi bölümü): GAMESS içindeki B3LYP'nin kısmen VWN5 elektron gazı korelasyon işlevselliğine dayandığını unutmayın. VWN belgesinde yerel korelasyon …

15 computational-chemistry  density-functional-theory 

Counterpoise düzeltmesi tam olarak nedir? Ne zaman ve neden gerekli olduğunu açıklayabilir misiniz?

15 computational-chemistry  basis-set 

Molekül bağlanmayan bir durumda olduğunda Hartree-Fock'un denge geometrisini hesaplamak için iyi bir yaklaşım olmadığı durumlar var mı?

14 computational-chemistry  hartree-fock 

Proteinler tipik olarak bir karikatür formunda, hel yaprak ok ve a helis bobin olarak gösterilir: Merak ediyorum, bu temsilin yapısını tanımlayan bir referans var mı? Yani, bu grafikleri oluşturmak için hangi matematiksel nesneler kullanılır ve hangi atomlar / yönler üzerine inşa edilirler?

12 computational-chemistry  visualization 

Bazı Delaunay noktalarının 3D olarak mozaiklenmesine karşılık gelen grafikleri numaralandıran bir algoritma var mı? Eğer öyleyse, herhangi bir "Delaunay grafiğine" karşılık gelen geometrilerin etkin bir parametrelenmesi var mı? Önceden bir bağlanma bilgisi olmadan belirli bir kompozisyondaki moleküllerin tüm kararlı geometrilerini sistematik olarak numaralandırmak istiyorum. EDIT: , N köşeli grafik kümesi …

12 algorithms  computational-chemistry  delaunay-triangulation 

Programlamaya yeniyim ve ilk büyük sorunumu çözmeye ve ilk büyük programımı yazmaya çalışıyorum. Öğrenmek için açık kaynak kod örnekleri aradım, ancak şimdiye kadar sadece tam olarak anlamadığım veya gerçekten öğrenmem gereken çok ilgili şeyler yapan dillerde kodlar buldum. Burada bazı kavramsal adımlar atmakta zorlanıyorum. Küçük organik molekülleri oluşturmak, değiştirmek ve …

12 computational-chemistry  python  visualization 

Belirli bir modele göre doğruluk karşılaştırması için şu anda Matlab'ı kullanarak 1d ve 2d görüntüler üretiyorum. Yöntemlerimi standart Gaussian .wfn modeliyle karşılaştırmam gerekiyor ve bunu bir molekülün yanı sıra laplacianın yoğunluğunu analiz ederek yapacağım. .Wfn yaklaşımına (muhtemelen kontur haritası aracılığıyla) yaklaşımımdaki farklılıkların 2-D görüntülerini üretmekle ilgileniyorum ve aynı zamanda iki …

11 matlab  computational-chemistry  publications 

Normal bir mod olmayan bir moleküler titreşimi görselleştirmek istiyorum . Hareketin statik, vektörel bir temsilini sunmak istiyorum ve vektör stilinde (boyut, renk vb.) Biraz esneklik istiyorum. Ayrıca titreşim videosu üretmekle de ilgileniyorum. Moleküler titreşimleri göstermek için iyi kaynaklar nelerdir? Benim tercihim açık kaynak araçlar için, ama alternatiflerden daha iyi ise …

11 computational-chemistry 

Zamandan bağımsız elektronik Schroedinger denklemini çözmek için Hartree-Fock kendinden tutarlı alan yönteminde , spin orbitallerinin seçimine göre harici bir alanda bir elektron sisteminin zemin durumu enerjisini ( en aza indirmeye çalışıyoruz , { χ i } .E0E0E_{0}{ χben}{χi}\{\chi_{i}\} Bu iteratif 1-elektron Hartree-Fock denklemleri bunu f ı χ ( x i …

10 computational-chemistry  iterative-method  convergence  hartree-fock 

Bazı temel kümelerin "korelasyon tutarlılığı" olduğu söylenir. Uygulamada ne anlama geliyor?

10 computational-chemistry  basis-set