Moleküler titreşimleri görselleştirmek için hangi açık kaynaklı araçlar mevcuttur?

Normal bir mod olmayan bir moleküler titreşimi görselleştirmek istiyorum . Hareketin statik, vektörel bir temsilini sunmak istiyorum ve vektör stilinde (boyut, renk vb.) Biraz esneklik istiyorum. Ayrıca titreşim videosu üretmekle de ilgileniyorum.

Moleküler titreşimleri göstermek için iyi kaynaklar nelerdir?

Benim tercihim açık kaynak araçlar için, ama alternatiflerden daha iyi ise ticari yazılım kullanmayı eğlendireceğim.

Misiniz pirol veya VMD Video için uygun bir araç olduğu? (VMD en azından Tk / Tcl kodlama özelliklerini içerir.) VMD'yi kullanmak için geometrinizin PDB benzeri bir açıklamasına ihtiyacınız olacaktır; bu muhtemelen Pymol için de yeterli olacaktır (ama Pymol kullanmadım, belki başka biri bu konuda yorum yapabilir).

Yapacağım yol muhtemelen:

1. Moleküler geometriyi Avogadro'ya koyun
2. Görünümü tam olarak istediğim şekilde ayarlayın
3. Oluşturma değil giriş dosyasını tutma POVRay'e aktar
4. POVRay dosyasında hangi atomun hangisi olduğunu bulun
5. Silindirleri ve konileri kullanarak vektör ekleyin (muhtemelen daha kolay ve görsel olarak tutarlı hale getirmek için bir vektör tanımlamak için bir makro kullanarak)

Avogadro ayrıca POVRay ve ffmpeg kullanarak animasyonlara XYZ biçimli girdi dizilerini oluşturabilir, ancak şu anda Windows'u kullandığımdan beri denediğim bir şey değil ve Avogadro'nun povray'in nerede çalıştırılabileceğini belirleme seçeneği yok gibi görünüyor yolunuzda değilse.

Yine bir Python meraklısı olup olmadığınıza bağlı olarak, alternatif olarak Avogadro Python konsolunu kullanarak atomlar üzerindeki kuvvetleri ayarlayabilir ve ardından Avogadro'daki kuvvet vektör ekranını kullanabilirsiniz, ancak bu da denemediğim bir şey değil.

Yine de, titreşim parametrelerini doğrudan koymanıza ve görselleştirmenize veya canlandırmanıza izin veren mükemmel kullanışlı bir aracın farkında değilim.

Yararlı olabilecek yeni bir VMD eklentisi NMWiz var. NMWiz Normal Mod Sihirbazı anlamına gelir, ancak bir titreşimi tanımlayan herhangi bir vektörün görselleştirilmesine yardımcı olacaktır. NMWiz, beta test olan VMD, 1.9.1'in en son sürümünde mevcuttur.

NMWiz için girdi dosyası formatı NMD adı verilen basit bir formattır . Koordinatlar için bir satır ve vektörünüz için başka bir satır yeterlidir. Okları gösterebilir, ölçekleyebilir, yeniden boyutlandırabilir, istediğiniz şekilde renklendirebilirsiniz. Ayrıca, anında bir yörünge oluşturarak animasyonlar (titreşimler) oluşturabilir ve VMD kullanarak bundan yüksek kaliteli bir film yapabilirsiniz.

Bu görev için herhangi bir hazır ("tıkla ve tıkla") aracın farkında değilim. Ancak,

1. Kısa bir Python betiği
2. Moleküler Modelleme Toolkit
3. Chimera veya VMD

bazı Python bilgileri göz önüne alındığında, hızlı bir şekilde güzel bir sonuç elde edebilirsiniz. Aslında, Moleküler Modelleme Araç Seti ile çok benzer bir senaryo örnek olarak verilmiştir. Örnekler / Görselleştirme / vector_field_chimera.py veya Örnekler / Görselleştirme / vector_field_vmd.py'ye bakın. Titreşim verilerinizi betiğe almak için ne gerekiyorsa normal mod hesaplamasını değiştirmeniz gerekir.

Eğer içine baktın mı Molekel ? Sadece (kesirli olmayan) titreşimlerin üst üste binmesine ihtiyacınız varsa, Molekel ihtiyaçlarınızı karşılamalıdır.

NWChem, xyz koordinatlarının listesini filme dönüştürmek için bir komut dosyası içerir. NWChem, Apache tarzı lisans kapsamında OSS'dir, böylece istediğiniz gibi tekrar kullanabilirsiniz.

Moleküler titreşimlerin görüntülenmesi için Molden, ECCE, Avogadro ve Jmol kullanıyorum. Hepsi OSS (ECCE sadece son zamanlarda). İstediğinizi yapmak için onları hackleyebilirsiniz.