Örnekleme değişkenli karma efektli model tasarımı

lme4Deneysel tasarımım için doğrusal karma efekt modeli (ile ) için bir formül belirtmeye çalışıyorum , ancak doğru yaptığımdan emin değilim.

Tasarım: temelde bitkiler üzerinde bir yanıt parametresi ölçüyorum. 4 tedavi seviyem ve 2 sulama seviyem var. Bitkiler, her parsel I örnek 4 alt parsel içinde 16 parsel halinde gruplandırılmıştır. Her bir alt parselde 15 ila 30 gözlem yapıyorum (bulunan bitki sayısına bağlı olarak). Yani, toplam 1500 satır var.

Başlangıçta alt alan seviyesi sadece örnekleme amacıyla buradaydı, ancak modelde (64 seviyeli bir değişken olarak) dikkate almak istediğimi düşündüm çünkü bir alt arsadan diğerine çok fazla değişkenlik olduğunu gördüm , aynı grafiğin içinde bile (tüm grafikler arasındaki değişkenlikten daha büyük).

İlk fikrim şunları yazmaktı:

library(lme4)
fit <- lmer(y ~ treatment*irrigation + (1|subplot/plot), data=mydata)

veya

fit <- lmer(y ~ treatment*irrigation + (1|subplot) + (1|plot), data=mydata)

Bu doğru mu? Formülümde hem arsa / alt alan seviyelerini tutmam gerekip gerekmediğinden emin değilim. Sabit bir etki önemli değildir, ancak rastgele etkiler çok önemlidir.

Modeliniz şu şekilde yazılmalıdır:

fit <- lmer(y ~ treatment*irrigation + (1|plot/subplot), data=mydata)

alt grafikler site içinde iç içe geçtiği için. Her ne kadar (1|plot)+ (1|subplot)çalışacak ise subplots benzersiz bir şekilde (yani 1A, 1B, 1C, ..., 2A, 2B, 2C yerine, A, B, C, ..., A, B, C). Dan Kitabım bölüm Fox ve arkadaşları. Ekolojik İstatistikler bir yuvalama örneğini açıklar:

Öte yandan, kene örneğinde her civciv sadece bir kuluçkada meydana gelir ve her kuluçka sadece bir alanda meydana gelir: model spesifikasyonu (1 | SITE/BROOD/INDEX)“site içinde yuvalanmış kuluçka içinde yuvalanmış civciv (INDEX)” veya eşdeğer olarak okunur (1 | SITE) + (1 | SITE:BROOD) + (1 | SITE:BROOD:INDEX). Kuluçka ve civcivler benzersiz bir şekilde etiketlenmişse, yazılımın iç içe yerleştirmeyi algılayabilmesi için (1 | SITE) + (1 | BROOD) + (1 | INDEX)de işe yarayacaktır (kullanmayın (1 | SITE) + (1 | SITE/BROOD) + (1 | SITE/BROOD/INDEX); modelde gereksiz terimlere yol açacaktır).

Diğer düşünceler:

• yuvalama ve model özellikleri hakkında daha fazla bilgi için http://glmm.wikidot.com/faq
• sulama tedavileriniz yukarıdaki şemada gösterildiği gibi gerçekten organize edilmiş mi, yani serpilmemiş mi? Yoksa bu sadece grafik sunumun rahatlığı için mi? Birincisi, potansiyel olarak problemli bir deneysel tasarımınız varsa ...
• Alt alanlar siteler içinde yuvalandığından , arsa araçlarını almak ve verileri arsa düzeyinde analiz etmek, ( Murtaugh 2007 Ekoloji "Ekolojik veri analizinde sadelik ve karmaşıklık" takiben) çıkarımsal olarak iyi olacaktır .
• Değeri ne olursa olsun, daha da ileri gidebilir ve arsa düzeyinde toplanabilirsin; o zaman karışık modelleri tamamen atlayabilir velm(y~treatment*irrigation, data=my_aggregated_data)