Mcmc.list'den plot.bugs ve plot.jags tarafından üretilene benzer bir arsa nasıl oluşturabilirim? [kapalı]

R , R2WinBUGS :: bugs ve R2jags: jags işlevleri tarafından oluşturulan nesnelerden bugsve jagsnesnelerden güzel özet grafikler çıkarabiliyor gibi görünüyor .

Ancak, rjagspaketi kullanıyorum . Sonuçları rjags::coda.sampleskullanarak fonksiyonun sonuçlarını çizmeye çalıştığımda R2WinBUGS::plot.mcmc.list, her parametre için teşhis grafikleri (parametre yoğunluğu, zincir zaman serisi, otokorelasyon) vardır.

Andrew Gelman'ın "WinBuugs ve OpenBugs'ı R'den Çalıştırma" dersinden üretmek istediğim arsa türü aşağıdadır . Bunlar plot.pugs.

Sorun, plot.bugsbir bugsnesneyi bağımsız değişken olarak alırken plot.mcmc.listçıktısını alır olmasıdır coda.samples.

İşte bir örnek (from coda.samples):

 library(rjags)
 data(LINE)
 LINE$recompile()
 LINE.out <- coda.samples(LINE, c("alpha","beta","sigma"), n.iter=1000)
 plot(LINE.out)

İhtiyacım olan şey de

• tarafından üretilene benzer, bilgi açısından zengin, tek sayfalık bir özet grafik oluşturmanın bir yolu plot.bugs
• bir LINE.outhata nesnesine dönüştürülecek bir işlev veya

Cevap olmadığından, en azından şimdiye kadar aldığım şeyi göndereceğim:

as.bugs.arrayİşlev R2WinBUGSpaketinde bu amaçla oluşturuldu. Belgelere göre ( ?as.bugs.array):

HATALAR'dan olmayabilir Markov zincir simülasyonlarından sonuçları hata nesnesine dönüştürme işlevi. Esas olarak plot.bugs ile sonuçları görüntülemek için kullanılır.

Böylece, LINE.outdoğru değişkenleri çizmese de, örneğinizden bir çizim elde etmek mümkündür :

plot(as.bugs.array(sims.array = as.array(LINE.out)))        

Dönüştürmenin doğru yolunu belirlemek biraz daha fazla zaman alacaktır LINE.outve LINE.samplesnesnenin example(jags.samples)başlaması daha kolay bir yer olabilir.

Aşağıdakiler benim için çalışıyor gibi görünüyor:

require(R2jags)
m <-jags(data=d,inits=i,pars,n.iter=1000,n.chains=3,model.file="foo.txt",DIC=F)
m <- autojags(m)
plot(m)

İşte tekrarlanabilir bir örnek:

example(jags)
plot(jagsfit)