Sweave, R, Lateks, Eclipse StatET kurulumu [kapalı]

Birkaç gün önce bir kullanıcının SweaveR'nin nasıl kurulacağına dair bir yazı gördüm, bu da kullanıcının tablolar, grafikler vb. Talimatları tam olarak takip edemedim.

Herkes Mac ve Windows üzerinde nasıl yapılacağına dair adım adım talimatlar verebilir mi?

Sweave ve LaTex ile belge oluşturmak için Eclipse / StatEt kullanıyorum ve Eclipse'yi düzenleme ortamı olarak mükemmel buluyorum. Aşağıdaki kılavuzları önerebilirim:

• Longhow Lam'in pdf kılavuzu
• Jeromy Anglim'ın gönderisi (Buna StatEt'in en son sürümleri için gerekli RJ paketini yükleme hakkında bilgi dahildir.)

Ayrıca Windows'ta MikTex kullanıyorum ve kurulumdan sonra her şeyin gerçekten iyi çalıştığını görüyorum . Bir var Yığın taşması birkaç iyi soruları ve cevapları da.

Benim için Eclipse'nin bilimsel makaleler oluşturmak için aşırı derecede ağır olduğunu gördüm. Yani, Windows için, ben ne yaptım: Miktex 2.8 yükleyin (? Sürümü emin değilim). Miktex'i C: \ Miktex gibi bir dizine yüklediğinizden emin olun, çünkü Lateks dosya boşluklarından dosya yollarından nefret eder. Paketleri anında yükleme seçeneğini seçtiğinizden emin olun.

Ayrıca R'nin Lateks'in bulabileceği bir yere kurulduğundan emin olun, yani boşluksuz bir yolda. Doküman yazmak için programım olarak TechNix merkezini kurdum, ancak WinEdt, eclipse, texmaker veya gerçekten de Emacs gibi daha birçokları var. Şimdi, önsözünüzde \ usepackage {Sweave} ve usepackage {graphicx} olduğundan emin olun. Bildiğinizden eminim, R yığınınızın başına <> = koymanız ve @ ile bitirmeniz gerekir. R nesnelerini lateks formatına dönüştürmek için xtable veya Hmisc paketine ihtiyacınız olacaktır.

Ben xtable seviyorum, ama muhtemelen xtable kabul edecek bir forma (lm çıktıları, veri çerçeveleri, matrisler) almak için nesnelerin hokkabazlık biraz yapmak gerekir. Tablo eklerken, code = için önsözünüze results = tex seçeneğini eklediğinizden emin olun ve bir şekle ihtiyacınız varsa fig = TRUE seçeneğinin de orada olduğundan emin olun. Ayrıca, yığın başına yalnızca bir rakam oluşturabilirsiniz, bu yüzden bunu aklınızda bulundurun. Çok dikkat edilmesi gereken bir şey, R kodunun sayfanın en solunda yer almasıdır, sanki bir ortamın içine alınmış gibi göz ardı edilir (bu benim için çok uzun zaman aldı).

Dosyayı .Rnw olarak kaydetmeniz gerekir - kullandığınız herhangi bir tex programının bundan sonra bir .tex eklemediğinden emin olun, çünkü bu sorunlara neden olacaktır.

Daha sonra komut satırından R CMD Sweave foo.Rnw komutunu çalıştırın veya R run Sweave ("foo.Rnw") içinden çalıştırın. Kaçınılmaz olarak bir noktada başarısız olacaktır (özellikle bunu daha önce yapmadıysanız) .Rnw dosyanızda hata ayıklayın, durulayın ve tekrarlayın.

Bunu ilk kez yapıyorsanız, tüm R analizlerini r içinden kodlamak ve daha sonra bunları LaTex'e eklemek için print ifadelerini kullanmak daha kolay olabilir. Bu iyi bir fikir olarak tavsiye etmem, sanki veri dosyanızın bu prosedürün sonunda (geçen hafta sonu yaptığım gibi) hatalar olduğunu keşfederseniz, tüm analizlerinizi tekrar çalıştırmanız gerekecektir. başlangıçtan itibaren lateks içinden kaçınılabilir.

Ayrıca, Sweave hesaplamaları biraz zaman alabilir, bu nedenle rerunning analizlerini kaydetmek için R paketi cacheSweave'yi kullanmak isteyebilirsiniz. Görünüşe göre R paket vurgu belgelerde R kodunun renk kodlaması için izin verir, ancak bunu kullanmadım.

Mac'te lateks veya R kullanmadım, bu yüzden bu açıklamayı başka birine bırakacağım. Bu yardımcı olur umarım.

RStudio (rstudio.org), LaTeX'in sisteminizde zaten kurulu olduğunu varsayarak işleri oldukça kolaylaştırır. Kodu Sweave üzerinden çalıştıran ve sonra pdflatex aracılığıyla çalıştıran ve bir pdf görüntüleyici başlatan bir PDF düğmesi vardır.

Oldukça Son zamanlarda bu paketi yüklenmiş ve talimatlara göre talimatları takip buraya .

Gerekli tüm yazılım bileşenlerine bağlantılar vardır. Tüm LaTex bileşenleri için MiKTex kullanıyorum.

Ek 64 bit java çalışma zamanına ihtiyacınız olacağı için 64 bit pencereleri kullanmayı planlıyorsanız birkaç tuzak vardır. 64 bit IE'de java.com'a gidip kurulumunuzu doğrularsanız, bu üstesinden gelmek oldukça kolaydır, aksi takdirde bulmak zor olan 64 bit yükleyiciye yönlendirir.

Yol değişkenleriyle uğraşmaktan kaçınmak için C: \ Program Files'daki eclipse klasörünü çıkardım, çünkü java burada yaşıyor ve 64 bit R.

Umarım bu yardımcı olur.