Gen listelerinin zenginleştirilmesini test etmek için hangi istatistiksel test kullanılmalıdır?

Belirli bir DNA hasar ajanına hücresel duyarlılığı test etmek için bir deney yaptım. İlaca özel olarak duyarlı 270 gen bulduk ve analiz edilen toplam gen sayısı 3668 idi. 270 hassas genin 38'i "DNA onarım genleri" olarak sınıflandırıldı. Genomda bulunan "DNA onarım genleri" sayısı 112 ise ve genomdaki toplam gen sayısı 3668 ise, DNA onarım genlerinde hassas genler zenginleştiriliyor mu? Hangi istatistiksel test kullanılmalıdır? Bana p-değerini çevrimiçi hesaplamak için bazı araçlar söyleyebilirseniz sevinirim.

biostatistics

— Laura
kaynak

Gen listelerinin zenginleştirilmesini test etmek için standart uygulama, bir hipergeometrik test veya eşdeğer olarak tek taraflı bir Fisher kesin testi yapmaktır . Aşağıdakilere sahipsiniz $2\times2$ olasılık tablosu:

\begin{matrix} DNA Repair & Other \\ Sensitive & 38 & 232 & 270 \\ Not Sensitive & 74 & 3324 & 3398 \\ 112 & 3556 \end{matrix}

$\array{& \text{DNA Repair} & \text{Other} \\\text{Sensitive} & 38 & 232 & 270\\\text{Not Sensitive} & 74 & 3324 & 3398 \\ & 112 & 3556}$

Testi Raşağıdaki gibi yapabilirsiniz:

fisher.test(matrix(c(38,74,232,3324),nrow=2,ncol=2),alternative="greater")

Bu çok önemli bir sonuç verir:

Fisher's Exact Test for Count Data

data:  matrix(c(38, 74, 232, 3324), nrow = 2, ncol = 2) 
p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: true odds ratio is greater than 1 
95 percent confidence interval:
5.062107      Inf 
sample estimates:
odds ratio 
7.34918

Aşırı temsil için (yetersiz temsil yerine) test ederken alternativeparametrenin olarak ayarlandığını unutmayın "greater".

— M. Berk
kaynak

Cevaplarınız için teşekkürler. Ayrıca Fisher´exact testinin analiz için iyi bir yöntem olabileceğini düşünüyorum. Ben de test etmek istiyorum diğer fonksiyonel sınıflar için sonuçları gerçekleştirmek için herhangi bir istatistik yazılım yok. Tüm ondalık sayıları içeren değerleri elde etmek için herhangi bir "çevrimiçi" araç biliyor musunuz?

— Laura

Ücretsiz R indirebilirsiniz. Bkz. R-project.org Dolayısıyla, hiçbir yazılıma sahip olmanız çözünür değildir (ve çevrimiçi hesaplamanın bir yoluna ihtiyacınız olduğunu düşünmek yanlıştır). Ama lütfen bunları kendiniz bulmak için biraz arama yapın. İyi bir soru sormak için stats.stackexchange.com/help/how-to-ask adresindeki önerilere bakın .

— Nick Cox

@Nick Tavsiyeniz iyi, ancak lütfen posterin bir karakterizasyonu olarak kabul etmeyin: bu tür ifadeler, bir saldırı olarak kolayca anlaşılabilir, ki bundan şüphelendiğinizden şüpheliyim. Bu nedenle, ön ifadeyi yorumunuza kaldırdım (buna hiçbir bilgi eklemedi).

— whuber

Bunun için harika bir çevrimiçi araç: mathcelebrity.com/fishers_exact_test.php

Ek olarak, tam olarak neyin hesaplandığının aşırı temsilini açıklayabilir misiniz?

— sdgaw erzswer