Güven aralıklı bir etkileşim grafiği nasıl çizilir?


11

Girişimlerim:

  1. Güven aralığı alamadım interaction.plot()

  2. ve diğer yandan plotmeans()'gplot' paketinden iki grafik gösterilmez. Ayrıca, plotmeans()varsayılan olarak eksen farklı olduğu için biri diğerinin üzerine iki grafik uygulayamadım .

  3. plotCI()'Gplot' paketini kullanarak ve iki grafiği üst üste getirerek biraz başarılı oldum ama yine de eksenin eşleşmesi mükemmel değildi.

Güven aralıklı bir etkileşim planının nasıl yapılacağına dair tavsiyeleriniz var mı? Tek bir işlevle ya da üst üste bindirme plotmeans()ya da plotCI()grafiklerle ilgili tavsiyeler .

kod örneği

br=structure(list(tangle = c(140L, 50L, 40L, 140L, 90L, 70L, 110L, 
150L, 150L, 110L, 110L, 50L, 90L, 140L, 110L, 50L, 60L, 40L, 
40L, 130L, 120L, 140L, 70L, 50L, 140L, 120L, 130L, 50L, 40L, 
80L, 140L, 100L, 60L, 70L, 50L, 60L, 60L, 130L, 40L, 130L, 100L, 
70L, 110L, 80L, 120L, 110L, 40L, 100L, 40L, 60L, 120L, 120L, 
70L, 80L, 130L, 60L, 100L, 100L, 60L, 70L, 90L, 100L, 140L, 70L, 
100L, 90L, 130L, 70L, 130L, 40L, 80L, 130L, 150L, 110L, 120L, 
140L, 90L, 60L, 90L, 80L, 120L, 150L, 90L, 150L, 50L, 50L, 100L, 
150L, 80L, 90L, 110L, 150L, 150L, 120L, 80L, 80L), gtangles = c(141L, 
58L, 44L, 154L, 120L, 90L, 128L, 147L, 147L, 120L, 127L, 66L, 
118L, 141L, 111L, 59L, 72L, 45L, 52L, 144L, 139L, 143L, 73L,  
59L, 148L, 141L, 135L, 63L, 51L, 88L, 147L, 110L, 68L, 78L, 63L, 
64L, 70L, 133L, 49L, 129L, 100L, 78L, 128L, 91L, 121L, 109L, 
48L, 113L, 50L, 68L, 135L, 120L, 85L, 97L, 136L, 59L, 112L, 103L, 
62L, 87L, 92L, 116L, 141L, 70L, 121L, 92L, 137L, 85L, 117L, 51L, 
84L, 128L, 162L, 102L, 127L, 151L, 115L, 57L, 93L, 92L, 117L, 
140L, 95L, 159L, 57L, 65L, 130L, 152L, 90L, 117L, 116L, 147L, 
140L, 116L, 98L, 95L), up = c(-1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
-1L, -1L, 1L, 1L, 1L, 1L, -1L, -1L, -1L, -1L, 1L, 1L, -1L, -1L, 
1L, 1L, -1L, 1L, 1L, -1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, -1L, -1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, -1L, -1L, 1L, 1L, -1L, -1L, -1L, -1L, -1L, -1L, -1L, 
1L, -1L, -1L, -1L, -1L, -1L, 1L, -1L, 1L, 1L, -1L, -1L, -1L, 
-1L, 1L, -1L, 1L, -1L, -1L, -1L, 1L, -1L, 1L, -1L, 1L, 1L, 1L, 
-1L, -1L, -1L, -1L, -1L, -1L, 1L, -1L, 1L, 1L, -1L, -1L, 1L, 
1L, 1L, -1L, 1L, 1L, 1L)), .Names = c("tangle", "gtangles", "up"
), class = "data.frame", row.names = c(NA, -96L))

plotmeans2 <- function(br, alph) {
dt=br;   tmp   <- split(br$gtangles, br$tangle);   
means <- sapply(tmp, mean);  stdev <- sqrt(sapply(tmp, var));  
n <- sapply(tmp,length);  
ciw   <- qt(alph, n) * stdev / sqrt(n)
plotCI(x=means, uiw=ciw, col="black", barcol="blue", lwd=1,ylim=c(40,150),  xlim=c(1,12)); 
par(new=TRUE) dt= subset(br,up==1);   
tmp   <- split(dt$gtangles, dt$tangle);  
means <- sapply(tmp, mean);  
stdev <- sqrt(sapply(tmp, var));  
n <- sapply(tmp,length); 
ciw  <- qt(0.95, n) * stdev / sqrt(n)
plotCI(x=means, uiw=ciw, type='l',col="black", barcol="red", lwd=1,ylim=c(40,150), xlim=c(1,12),pch='+');
abline(v=6);abline(h=90);abline(30,10); par(new=TRUE);
dt=subset(br,up==-1);   
tmp <- split(dt$gtangles, dt$tangle);  
means <- sapply(tmp, mean);  
stdev <- sqrt(sapply(tmp, var));  
n <- sapply(tmp,length); 
ciw <- qt(0.95, n) * stdev / sqrt(n)
plotCI(x=means, uiw=ciw, type='l', col="black", barcol="blue",   lwd=1,ylim=c(40,150), xlim=c(1,12),pch='-');abline(v=6);abline(h=90);
abline(30,10);
}

plotmeans2(br,.95)

Yanıtlar:


21

Ggplot kullanmaya istekli iseniz , aşağıdaki kodu deneyebilirsiniz.

Sürekli bir öngörücü ile

library(ggplot2)
gp <- ggplot(data=br, aes(x=tangle, y=gtangles)) 
gp + geom_point() + stat_smooth(method="lm", fullrange=T) + facet_grid(. ~ up)

yontulmuş bir etkileşim planı için

resim açıklamasını buraya girin

Standart bir etkileşim grafiği için (ürettiği gibi interaction.plot()), fasetlemeyi kaldırmanız yeterlidir.

gp <- ggplot(data=br, aes(x=tangle, y=gtangles, colour=factor(up))) 
gp + geom_point() + stat_smooth(method="lm")

resim açıklamasını buraya girin

Ayrık bir öngörücü ile

ToothGrowthVeri kümesini kullanma (bkz. help(ToothGrowth)),

ToothGrowth$dose.cat <- factor(ToothGrowth$dose, labels=paste("d", 1:3, sep=""))
df <- with(ToothGrowth , aggregate(len, list(supp=supp, dose=dose.cat), mean))
df$se <- with(ToothGrowth , aggregate(len, list(supp=supp, dose=dose.cat), 
              function(x) sd(x)/sqrt(10)))[,3]

opar <- theme_update(panel.grid.major = theme_blank(),
                     panel.grid.minor = theme_blank(),
                     panel.background = theme_rect(colour = "black"))
gp <- ggplot(df, aes(x=dose, y=x, colour=supp, group=supp))
gp + geom_line(aes(linetype=supp), size=.6) + 
     geom_point(aes(shape=supp), size=3) + 
     geom_errorbar(aes(ymax=x+se, ymin=x-se), width=.1)
theme_set(opar)

resim açıklamasını buraya girin


Ayrıntılı yanıt için çok teşekkür ederim. Sormak istedim, bağımsız değişkenin her seviyesinde dikey güven aralıkları yapmanın bir yolu var mı? Arka planı kaldırmanın ve 'eski stil' grafiğine dönmenin bir yolu var mı?
Adam SA

1
@Adam cevabımı 2 kategorik değişken + sürekli yanıt değişkeni ile güncelledim - umarım bu demek istedin. Ayrıca ggplottemanın nasıl özelleştirileceğini göstermek için kod ekledim . Genellikle, gp + theme_bw()gri arka planı kaldırmayı söyleyebilirsiniz ; burada, ızgarayı da kaldırdım.
chl

12

Fox ve Hong'un R'de efekt paketi de var. Bkz. J. Stat. Yumuşak. kağıtları burada ve burada güven aralıkları ve üreten Ar koduyla örnekler için.

Bir ggplot çözümü kadar güzel değil, biraz daha genel ve orta derecede karmaşık GLM'ler için bir cankurtaran.


1
(+1) İtiraf etmeliyim ki bu yaklaşımı tercih ederim :-)
chl

@chl ve / veya Conjugate, bu yaklaşımı neden tercih ettiğiniz hakkında daha fazla şey söyleyebilir misiniz? Benim gibi insanların hangi yöntemi kullanacaklarına karar vermelerine yardımcı olur.
Michael Bishop

1
@MichaelBishop Esasen, birkaç R komutunda (ve kişisel olarak, latticeGrafikleri çok seviyorum :)
chl
Sitemizi kullandığınızda şunları okuyup anladığınızı kabul etmiş olursunuz: Çerez Politikası ve Gizlilik Politikası.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.