GEE ve Karışık Model Katsayıları genellikle aynı şekilde düşünülmez. Bunun için etkili bir gösterim GEE katsayı vektörlerini (marjinal etkiler) ve karma model katsayı vektörlerini β ( c ) (koşullu etkiler) olarak belirtmektir . GEE, birkaç yinelemede koşullu bağlantının birkaç örneğinin ortalamasını aldığından, bu efektler açık bir şekilde daraltılamaz bağlantı işlevleri için farklı olacaktır. Marjinal ve koşullu etkiler için standart hatalar da açıkça farklı olacaktır.β(m)β(c)
Üçüncü ve çoğu zaman göz ardı edilen bir sorun, model yanlış tanımlamasıdır. GEE, model varsayımlarından uzaklaşmaya karşı size muazzam bir sigorta sunar. Sağlam hata tahmini nedeniyle, kimlik bağlantısını kullanan GEE doğrusal katsayıları her zaman ortalama bir birinci dereceden eğilim olarak yorumlanabilir. Karışık modeller size benzer bir şey verir, ancak model yanlış tanımlandığında farklı olacaktır.