Hangi Biyoinformatik ve Hesaplamalı Biyoloji araçları mevcuttur?

Bugün, Ubuntu'nun Bilimsel sürümlerini aramam istendi. Aslında DNA dizi analizi, protein doğrulaması, tahminler ve biyoloji ile ilgili birçok görevi yerine getirmek için araçlar arıyorlar.

İlk:

1. Ubuntu'nun bilimsel, biyo-odaklı bir versiyonu var mı

2. Yukarıda belirtilen noktalar gibi bilimsel analiz yapmak için araçlar var mı?

Bilişimsel biyoloji ve biyoinformatik için çeşitli Debian, RHEL ve Virtal Makine tabanlı İşletim Sistemleri ve Araştırma araçları üzerinde bazı Google çalışmaları yaptım. Birkaç dikkate değer aşağıda özetlenmiştir:

Debian Med : Tıbbi uygulama ve biyomedikal araştırma gerekliliklerine özellikle uyan bir Debian işletim sistemi.

DNALinux : önceden yüklenmiş biyoinformatik yazılımlara sahip bir Sanal Makinedir .

Bioknoppix : Knoppix Linux Live CD'nin özelleştirilmiş dağıtımıdır. Moleküler biyologu hedefleyen uygulamalarla birlikte gelir. Bazı RAM kullanmanın yanı sıra, Bioknoppix ana bilgisayara dokunmaz (çünkü bir Live-CD'dir) ve gösteriler, moleküler biyoloji öğrencileri, atölyeler vb. İçin idealdir.

Vigyaan : ("Vigyaan" Hintçe'de "Bilim" anlamına gelir. Ama bu benim de Bilimsel Linux değil). Vigyaan biyoinformatik, hesaplamalı biyoloji ve hesaplamalı kimya için elektronik bir tezgahtır. Hem yeni başlayanların hem de uzmanların ihtiyaçlarını karşılamak için tasarlanmıştır. VigyaanCD, bilgisayarı kullanıma hazır modelleme yazılımı ile önyüklemek için gerekli tüm yazılımı içeren canlı bir Linux CD'dir. VigyaanCD v1.0, KNOPPIX v3.7'ye dayanmaktadır.

VLinux : Biyoinformatik alanında öğrenciler ve araştırmacılar için bir Linux dağıtımı ve aracıdır . OpenSUSE tabanlıdır ve Novell'in Suse Studio'su kullanılarak oluşturulmuştur.

BioSLAX : BioInformatics Center (BIC), Singapur Ulusal Üniversitesi (NUS) kaynak ekibi tarafından yayınlanan yeni bir canlı CD / DVD biyoenformatik araçları paketidir. Herhangi bir bilgisayardan önyüklenebilir olan bu CD / DVD, SLAX olarak da bilinen LINUX işletim sisteminin sıkıştırılmış SLACKWARE lezzetini çalıştırır.

Bio-Linux 6.0 : tam özellikli, güçlü, yapılandırılabilir ve bakımı kolay bir biyoinformatik iş istasyonudur. Bio-Linux, Ubuntu Linux 10.04 bazında 500'den fazla biyoinformatik programı sunmaktadır. Biyoinformatik programları için grafiksel bir menü, ayrıca Bio-Linux biyoinformatik dokümantasyon sistemine ve test programları için yararlı örnek verilere kolay erişim vardır. Ayrıca, yeni nesil dizi veri türlerini işlemek için Bio-Linux paketleri de yükleyebilirsiniz.

Bir biyoinformatikçi olarak benim düşüncem size uygun herhangi bir Linux lezzetini indirmek ve çalıştırmaktır. Araştırmalarımda Ubuntu ve CentOS kullanıyorum. Deneyimlerimi paylaşacağım.

CentOS : Kurulum sırasında tüm kitaplıkları yüklerseniz, daha sonra çok fazla sorunla karşılaşmazsınız. Moleküler Dinamikler paketini AMBER ve Desmond kullandım . Genellikle fazla sorun çıkarmadan çalışır.

Ubuntu: Önceden yüklenmiş birçok kütüphane ile birlikte gelmediğinden, üzerinde yazılım çalıştırmakla ilgili bilgileri nerede bulacağınızı bilmelisiniz. Ancak, Ubuntu araştırmacılar arasında çok popüler olduğu için , denememeniz için hiçbir neden bulamıyorum. Bir yazılımı kurarken veya çalıştırırken herhangi bir sorunla karşılaşırsanız, söz konusu yazılımla ilgili belirli posta listelerine sorular gönderebilirsiniz. Ubuntu'da Pymol , AutoDock , Unipro UGENE vb. Yazılım merkezi programları mevcuttur. Gromacs daha önce mevcuttu (12.04'te bulamadım).

Bir kerelik çaba harcamanızı ve tüm yararlı yazılımlarınızı Ubuntu'ya yüklemenizi ve daha sonra işletim sisteminizin kopyalarını yapmak için Remastersys'i kullanarak istediğiniz kadar Masaüstü ve İş İstasyonu kullanmanızı şiddetle tavsiye ederim.

Şahsen, biyoloji ve kimya araştırma izleyicisini hedefleyen özel bir Linux işletim sistemine sahip olmanın çok büyük bir kapsamını görüyorum.

Umarım yardımcı olur.

Bio-Linux , Ubuntu bazında bir biyoinformatik iş istasyonudur.

Bunun ötesinde, burada numaralandırılmış ve ayrıntılı olarak hazırlanmış Ubuntu için çok sayıda biyoloji odaklı program / araç var .

Bildiğim kadarıyla bu amaç için özel bir dağıtım yok.

( RedHat / Centos'a dayanan Scientific Linux adlı bir dağıtım var , ancak büyük ölçüde Yüksek Enerji Fiziği tarafından geliştirildi ve hedefleniyor (ve Ubuntu stokunda eksik olan herhangi bir genel kabiliyeti yok).)

Ubuntu ile paketlenmiş özel bilimsel uygulamaların sayısı nispeten az olsa da (bilim / mühendislik altında) bir paket koleksiyonuna sahip bir biyoloji kategorisi var (ve bunun da bakabileceğiniz diğer dağıtımlar için de geçerli olacağını düşünüyorum). Science + Engineering / Biology birkaç tanesini listeliyor ancak güncel görünmüyor.

Bununla birlikte, birçok bilim aracı, resmi referanslarda olmasa da , indirebileceğiniz (örn. LibSBML ) veya genel linux ikili dosyaları (örn. Copasi ) olan ubuntu uyumlu (.deb) paketleri sağlar veya platform tarafsızdır (java ile yazılır, python vb.) ve dolayısıyla Ubuntu'da (ör. ImageJ ) oldukça mutlu bir şekilde çalışmalıdır .

Bilgisayarlı biyoloji çalışması için Ubuntu kullanıyorum, ancak bu ağırlıklı olarak özel uygulamalar yerine genel amaçlı araçlarla (örn. R, python) çalışmayı içeriyor.

Görüyorum ki birkaç Ubuntu Bilim remiksleri var, ama hepsi öldü. Bu, birçok Ubuntu remiksinde yol gibi görünüyor, çünkü birçok kez sadece bazı uygulamaları otomatik olarak yüklemek için çok fazla şey sunmuyorlar, bu yüzden geliştiricilerin bunları devam ettirmeleri için gerekli kritik kütleyi alamıyorlar .

Benim önerim, Fermilab, CERN, vb. Tarafından kullanılan (ve geliştiren) Scientific Linux gibi sağlam bir bilim tabanlı dağıtım kullanmak olacaktır . Bu, yakın zamanda herhangi bir yere gitmeyen ve harika bir dağıtımdır. bilimsel topluluktan destek. Ne yazık ki, Red Hat'a dayanıyor, bu yüzden ihtiyaçlarınıza tam olarak uymayabilir.

Ubuntu kullanmanız gerekiyorsa, depolarda birkaç bilimsel uygulama var, sadece Ubuntu Yazılım Merkezi'ni çalıştırın ve "Bilim ve Mühendislik" -> Biyoloji bölümüne göz atın. Uzmanlığımın dışında olduğu için bu programların yararlılığından emin değilim. Yeterli olsaydı, yeni bir makine kurduğunuzda hepsini yükleyen hızlı bir bash betiği ayarlayabilirsiniz.