GROMACS moleküler dinamiği (MD) kodunu çalıştırdım24 Intel Xeon CPU içeren düğümlerden oluşan bir Ubuntu Linux kümesinde . Özel ilgi alanım kayan nokta aritmetik hassasiyetine biraz duyarlı olduğu için, çift hassasiyetin daha yüksek hesaplama maliyetine rağmen GROMACS'ı tek hassasiyet yerine çift hassasiyetle çalıştırmak zorunda kaldım. Küme üzerinde, GROMACS'ı çift hassasiyetle derledim.
Bazı GPU'ları satın almayı düşünüyorum, çünkü CPU'lara bir hız artışı ("GPU hızlandırma") olabilir. Ancak, çift hassasiyetli aritmetik yapmamı sağlayacak bir GPU'ya ihtiyacım var. Bu tür donanımların ticari olarak bulunup bulunmadığını biliyor musunuz? Bir GROMACS posta listesinde son yazılan çift duyarlıklı GPU'lar piyasada mevcut olmadığını göstermektedir:
Donanım henüz [çift duyarlıklı aritmetik] desteklemiyor AFAIK.
Bu Wikipedia sayfası , verimsiz olabileceğinden çift duyarlıklı GPU'ların nadir olduğunu göstermektedir:
Kayan noktanın Nvidia GPU'lar üzerindeki uygulamaları çoğunlukla IEEE uyumludur; ancak bu tüm satıcılar için geçerli değildir. Bunun bazı bilimsel uygulamalar için önemli olduğu düşünülen doğruluk sonuçları vardır. 64-bit kayan nokta değerleri (çift kesinlikli float) CPU'larda yaygın olarak bulunurken, bunlar GPU'larda evrensel olarak desteklenmez; bazı GPU mimarileri IEEE uyumluluğunu feda ederken, diğerleri tamamen çift kesinlikten yoksundur. GPU'larda çift kesinlikli kayar nokta değerlerini taklit etme çabaları olmuştur; bununla birlikte, hız dengelemesi, hesaplamayı öncelikle GPU'ya boşaltmanın herhangi bir faydasını reddetmektedir.
Bu NVIDIA Tesla sayfası , grafikteki "Tepe çift kesinlikli kayar nokta performansı" referans alınarak çift kesinlikli hesaplamaların olabilir , aslında, bu GPU'larda (daha yüksek hesaplama maliyetle olsa) yapılabilir.
Peki, neye inanmalıyım? Bu sorunla ilgili herhangi bir deneyiminiz var mı?