«computational-biology» etiketlenmiş sorular

Geçmişim genomikte, ancak son zamanlarda protein yapısı ile ilgili problemlerle çalışıyorum. C'de birkaç ilgili program yazdım, süreçte sıfırdan kendi PDB dosya ayrıştırıcımı oluşturdum. Gerçekten sağlam bir ayrıştırıcı yapma konusunda endişelenmedim, kendimi inşa etmenin kendimi PDB formatını gerçekten anlamaya zorlamanın en iyi yolu olacağını biliyordum. Şimdi bu süreçten geçtiğime göre, biraz …

17 computational-biology  pdb  c 

Modelleme / hesaplama bilimi çalışmalarının çoğuna hâlâ ODE'lerin hâkim olduğu, bazen de oldukça ayrıntılı kümelerin hâkim olduğu matematiksel biyoloji / epidemiyolojide oldukça çalışıyorum. Bu modellerin artılarından biri, tanımlanması ve çoğaltılması oldukça kolay olmasıdır. Bir parametre değerleri tablosu ve denklemlerin kendileri ve birisine araştırmanızı uygulamak istedikleri şekilde çoğaltmak için ihtiyaç duydukları …

14 ode  computational-biology 

Farklı fizyolojik süreçlerin gerçekleştiği biyolojik olarak doğru bir 2D mekansal doku katmanı modeli yapmaya çalışıyorum. Bu esas olarak sınırlar üzerindeki kimyasal reaksiyonları, difüzyonu ve akışları içerir. Bu modeli, reaksiyon difüzyon sistemleri gibi farklı fiziği çözen sonlu bir eleman yazılım paketi olan COMSOL Multiphysics'te yapıyorum, ancak sorum için bu gerçekten önemli …

10 finite-element  comsol  computational-biology 

Sıradan diferansiyel denklemler sistemim var - 7 denklem ve hastalık bulaşmasının matematiksel bir modelinin bir parçası olarak davranışlarını yöneten ~ 30 parametre. Ben istiyorum gibi değiştirilmesi bu denklemler için kararlı durumlarını bulmak için dx/dt = rest of the equationiçin 0 = equationdenklem her bir basit cebir problemi bulursunuz. Bu elle …

9 ode  symbolic-computation  computational-biology