Gözden geçiren kişi olarak, dergi olmasa bile, talep eden verileri ve kodun kullanılmasını haklı kılabilir miyim?


23

Bilim, yeniden üretilebilir olması gerektiğinden, tanım gereği, veri ve kodun veri ve kod paylaşımı için Yale Roundtable tarafından tartışıldığı gibi, yeniden üretilebilirliğin temel bir bileşeni olduğu konusunda artan bir farkındalık vardır .

Veri ve kod paylaşımı gerektirmeyen bir dergi için bir makaleyi gözden geçirirken, veri ve kodun kullanılabilir olmasını isteyebilir miyim?

  1. inceleme sırasında bana
  2. halka açık olarak kamuya açık (dergi takviyeleri destekler)

Ayrıca, böyle bir isteği nasıl ifade edebilirim?


güncelleme : Genel durumla ilgilenmeme rağmen, bu özel durum daha önce yayınlanmış tüm verileri içeren bir meta-analizden oluşmaktadır ve kod SAS'ta basit doğrusal modellerdir.

Yan not , daha fazla çalışma ham veri sağlanmışsa, çalışma arası çıkarım yapma kabiliyeti (meta-analizin amacı gibi) büyük ölçüde geliştirilecektir.

güncelleme 2 :

Editörden veri ve kodu gözden geçirme amacıyla istedim, editör isteğin makul olduğunu düşündü ve bir gün içinde istenen malzemeyi (yeterli ancak şifreli değişken isimleri, meta veri ve birkaç satır içi yorum ile) aldım.


3
Şahsen, hemen hemen her koşulda kodla iyi olurum. Veri başka bir konudur. Zaten halka açık değilse, muhtemelen onu kimseyle paylaşma iznim olmayacak. Bunun bir veri talebini pek çok durumda mantıksız hale getirdiğinden şüpheliyim.
Andy W

4
Bu, yardımcı editörünüzle veya editörünüzle tartışmanız gereken bir şey gibi görünüyor. Eğer işlerini yapıyorlarsa, size rehberlik edebilmelidirler ve muhtemelen bu tür herhangi bir istek için yazarlar için bir iletişim noktası görevi görürler.
kardinal

1
Bana göre, pek çok örnek ve tartışmanın ardından gelen tartışma, disipline göre büyük ölçüde değişiklik gösterebilen ve hangi verilerden bahsettiğimizi anekdotsal durumlara dayandırıyor. Bazı durumların verileri dağıtmak için tamamen makul göründüğünden emin olun, ancak bu tüm durumları nitelendirmez. Bu soru çok hızlı bir şekilde rantlara dönüşüyor!
Andy W,

1
@ Bir ranttan nasıl uzak duracağınıza dair herhangi bir öneriniz var mı? örneğin OP'de yapılması gereken ayrımlar veya cevapları düzenler (sonuçta CW'dir).
Abe,

1
Bence bu formun seçim önyargısı var :-). Çoğumuz buradayız çünkü çoğumuz OP'lerin fikrini bir şekilde destekliyoruz.
suncoolsu

Yanıtlar:


7

Gözden geçiren kişi olarak veri elde ettiği sürece, incelemenizi doğru bir şekilde tamamlamanız gerekirse, hakkınız vardır. Daha fazla gözden geçiren kişi veri istiyor ve değerlendiriyor olmalı. Birçok derginin inceleme amacıyla veri ve analiz kodunu gerektirebilecek politikaları vardır.

Yayımlanma anında ulaşılabilirlik bana açık değildir. Verilerin kamuya açık olarak yayınlanmasının koşulu olarak sunulması konusunu zorlamak istediğinizi söylüyorsunuz. Zaten bir dergi politikası değilse, bu kötü bir fikir. Yayını haksız yere hareket eden bir hedef yapıyorsunuz. Bunun bir gereklilik olmamasını beklediklerini ve editörün de oyunu değiştirmesi gerektiğini belirtti.

Birçok araştırmacının kamu tarafından finanse edilen araştırmacıların haberi olmadan, verilerini kamuya açık hale getirmeleri gerekmektedir. Örneğin, NIH hibelerinin çoğu, araştırmacının verileriyle birlikte gelmesi gereken maddelere sahiptir. Devlete yardım veren kurumların çoğunda, araştırmacısını bulduklarını paylaşmaya zorlayan veri paylaşım maddeleri vardır (belki de bunun üzerinde bir hibe kaybetmek çok zor olsa bile, belki de güçlenmesi biraz güçtür). Veriler için halkın parasını ödediği için, halkın buna hakkı vardır - insan araştırması durumunda, kimliğine isim verilmiştir.

Toplanacak en pahalı ve hassas verilerden bazıları, insan FMRI verileri, aynı zamanda halka açık olarak sunulan en yaygın verilerden bazılarıdır. Sadece PLoS değil, aynı zamanda alanın ana dergileri de verinin sunulmasını ve kamuya açık bir veri bankası bulundurulmasını gerektirir. Bunun maliyet nedenlerinden (çok pahalı) ve mahremiyetten (küçük çalışmalardan ve bazen çok hassas olabilecek benzersiz klinik popülasyonlardan elde edilen insanlardan elde edilen veriler) itiraz eden insanlara çok şey ifade ettiğini düşünüyorum. Bunlar, bu verileri halk için daha değerli kılan sebeplerdir. Bu tür verileri durduran araştırmacılar, onu satın alan kişilere (herkes) zarar veriyor ve sorumluluklarının küçük laboratuvar ve yayıncılık rekabetinin dışında ne olduğu konusunda bir derse ihtiyaç duyuyorlar.

Araştırma özel olarak finanse edildiyse, gerçekten özel olarak finanse edildiyse, o zaman bol şans.


NIH tarafından finanse edilen hibeler ve benzerlerinde, bunun içinde bulunanların çoğuna katılıyorum - verileri zaten açıklamak için şartlar var - genellikle diğer nitelikli araştırmacılara -. Ancak bence bunu yayın için geçici bir gereksinime genişletmek, bir gözden geçirenin rolünü fazlasıyla aşmaktadır.
Fomite

1
(+1) Düşünceli, iyi ifade edilmiş cevap. Akılda tutulması gereken bir şey bu sitenin oldukça uluslararası bir kitleye sahip olmasıdır. Umarim, daha fazla arastirici, NIH ya da kolunu bükümlü baska bir organizasyon olmasa bile, arastirma ve verilere isbirligi ile ilgili bir fikir edinir.
kardinal

EpiGrad, cevabından net çıkmadığı takdirde, yayın için geçici bir gereklilik olduğunu sadece gözden geçirenin sınırlarını aşmakla kalmayıp, aynı zamanda editör için de zorluyordum.
John

Kardinal, iltifatınız için teşekkürler. Hatırlatma için de teşekkürler. Sitenin uluslararası olduğunu aklımda tutmaya çalışıyorum. NIH kadar büyük, benim ülkemde değil. ;)
John

@John. Evet - sadece seninle aynı
fikirdeyken

6

İki durumu ayrı ayrı ele almak:

Gözden geçiren kişi olarak: Evet, verileri veya kodu görmek istemeniz gereken nedenlerin olduğunu düşünüyorum. Ama senin yerinde olsam, kod çözülmüş kod ya da verinin alt örneği gibi şeyleri görmeye hazırlanırdım. İnsanlar, bu yazıda her zaman kodlarında rapor edilmeyen gelecekteki araştırmaları yürütür ve siz de söz konusu koda sahip olma hakkınız yoktur. Çoğunlukla biyomedikal araştırma yaptığım için, bazı oldukça kısıtlayıcı veri kullanım sözleşmeleriyle uğraşmak zorunda olmaya da hazırım.

Derginin kendisinde: Hayır. Eğer bir araştırmacı sonuçlarımı çoğaltmak istiyorsa, kod istemek için kendilerine yaklaşabilirler - bu yüzden ilgili yazarlarımız var. Veriler için, kesinlikle, hiçbir koşulda değil. Verilerim IRB ve gizlilik sözleşmeleri tarafından yönetiliyor - bu sadece halka açıklanmayacak. Eğer istersemBir kamu veri kümesi, benzer özelliklere sahip bir veri kümesini simüle edebilirim (yani, R için ağ paketlerinden birinde bulunan "Faux-Mesa" ağ verileri), ancak bir gözden geçiren olarak, bunu zorlamak için bir çağrınız yok. . Eğer dergi çapında bir gereksinimse, yazarlar verilerini / kodlarını gönderirken halka açık olacağını biliyorlardı, ancak o zaman olmasaydı. Rolünüz, makalenin kalitesini değerlendirmektir (bu nedenle inceleme için iyi davranmam), esasen felsefi / politik bir noktayı itmek için kağıdın kabul edilmesine / reddine katkıda bulunma kabiliyetinizi kullanmayın. Derginin kapsamı dışında.

En iyi ihtimalle, yorumlarınızı "yazarları kodlarını ve verilerini mümkün olduğu kadar mümkün kılmaları için şiddetle tavsiye ederim", ancak yorumlarınızı bundan daha güçlü ifade etmem, ve "Bunun ışığını görmeden önce düzeltilmesi gerektiğini düşündüğüm şeyler" resmi listesi.


Sadece düzenlemelerinizi farkettiniz: Bu durumda, kağıt söz konusu olduğunda, cevap olarak aslında daha güçlü bir 'hayır' - kağıdın alıntı olduğu varsayılarak. İsteğin amacı 'yeniden üretilebilir araştırma' ise ve veriler kamuya açık bir şekilde erişilebilirse, bulguları doğrulamak isteyen bir araştırmacının bunu yapamamasının bir nedeni yoktur. Ayrıca, eğer konu aslında bilimi değerlendirirse, sadece "Çalıştır" ı tıklayıp aynı sonuçları elde edebileceğinizi göstermek yerine, edebiyattaki arama ve soyutlama sürecinden geçerek bir sonucu doğrulamanın bir parçasıdır.
Fomite

Araştırmaların tekrarlanabilir olması için, analizde kullanılan kodun ve verilerin sürümleri hazır bulundurulmalı ve analizde kullanılmayan kodlar beklenmeyecektir (veya zorunlu olarak ilgili).
David LeBauer

@EpiGrad: Bir düzeyde, bu güçlü hayır ile tam olarak aynı fikirde değilim . Keith Baggerly bu konuda son zamanlarda evangelizing ve bazı ilginç gözlemler yapıyor. Bakınız örneğin KA Baggerly ve KR Coombes, Hücre hatlarından kemosensitivite türetme: Adli biyoinformatik ve yüksek verimli biyolojide tekrarlanabilir araştırma , Ann. Baş. Stat. , cilt 3, hayır. 4, sayfa 1309-1334. Ayrıca bir arxiv versiyonu var .
kardinal

IRB ve gizlilik sorunları hakkında uygun şekilde anonim hale getirilmiş verilerin yayınlanmasını gerçekten kısıtlayan çok az sayıda hibe fonlu araştırmacının olduğunu biliyorum. Bu durumda iseniz oldukça nadir bir durumdur.
John

@EpiGrad Ayrıca güçlü sorgulamaya hayır . Bir meta-analizde ham verilerden türetilmiş metriğe ulaşmak için kullanılan metotlar, bireysel bir çalışma düzeyinde meydana gelen metodoloji ve yorumlama farklılıklarına ilişkin geniş bir varsayımlar grubunu gerektirir. Bu durumda, temsil edilen 200'den fazla çalışma var, bu yüzden veri setini yeniden yapılandırmak için gereken zaman yasaklayıcı olacak ve nihayetinde ilerleyen bilimin nihai amacını engelleyecektir.
David LeBauer

5

John'un dediği gibi , gözden geçirenlere veri mevcudiyeti bir beyinsiz olmalı; Dikkatli bir inceleme, analizin çoğaltılmasını içermeli ve bu nedenle verilere erişimi gerektirmelidir.

Yayından sonraki verilerin kamuya açık olması ile ilgili olarak, savaşın belirli bir gönderimden ziyade genel olarak dergiyle mücadele edilmesi gerektiğini söyleyebilirim.

Daha genel bir kayda göre, finans kuruluşları ve IRB'ler, veri paylaşımının hem bilimsel hem de etik açıdan gerekli bir araştırma bileşeni olduğunun farkına varmaya başlıyor. Doğru hatalı raporların yeni sonuçlarını verebilecek yeniden analizlerin kullanılabilirliğini artırarak, veri paylaşımı araştırmanın potansiyel faydalarını arttırır, böylece maliyet / fayda değişimini araştırmanın katılımcılarının avantajına göre değiştirir. Kuşkusuz, katılımcılara verilerinin paylaşılabileceği ihtimalini bildirmek gerekir ve ayrıca katılımcılara tanımlama riskinin artmasını önlemek için koruma önlemleri almak gerekir, ancak bunlar çoğu durumda elde edilebilir. Kendi araştırmamda, katılımcıların (ve IRB'imin) (1) verinin güçlü bir şifrelenmiş biçimde (şifre çözme teknolojisi ilerledikçe güncellenir) depolanacağını garanti ederim.


1

Bununla ilgili herhangi bir deneyimim yok, ancak bana göre, sonuçlarını gözden geçirme konusundaki özenli çalışmanızın bir parçası olarak # 1 konusunda ısrar edebileceksiniz. Yine de # 2 konusunda nasıl ısrar edebileceğini anlamıyorum.

Sitemizi kullandığınızda şunları okuyup anladığınızı kabul etmiş olursunuz: Çerez Politikası ve Gizlilik Politikası.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.