Cox PH modelinden tahmin edilen tehlike oranları nasıl hesaplanır?

11

Aşağıdaki Cox PH modelim var:

(Zaman, Etkinlik) ~ X + Y + Z

Ben tahmin tehlike almak istiyorum oranları (i tehlike oranları bahsediyorum DEĞİL spesifik değerler verilmiş tehlike oranları) X, Y, Z. Muhaz R paketinin gözlemlenen tehlike oranlarını hesaplayabileceğini biliyorum , ancak tahmin edilen modelle ilgileniyorum.

Bunu R'de yapmanın bir yolu var mı?

r survival hazard cox-model

— Stokta yok
kaynak

2

Görünüşe göre "denkleminiz" ikili bir sonuç modelliyor. Şimdi, Cox'un PH modeli hayatta kalma verileriyle ilgileniyor ve sol tarafta yatan şey bir tehlike oranı olmalı ... Bence açıklığa kavuşturmalısınız ...

— ocram

2

Cox modeli, temel tehlike işlevini tahmin etmez (genellikle ). Bir modelin insidans oranını tahmin etmek için bunun yerine parametrik bir hayatta kalma modeli kullanmalısınız.

λ_{0} (t)

$\lambda_0(t)$

— boscovich

1

Sorunuzda bir belirsizlik var. Tehlike fonksiyonu bir olasılık değil bir olasılıktır. İstediğiniz tehlike işlevi mi yoksa başka bir şey mi?

— Fomite

16

Temel tehlike oranını elde etmek için R hayatta kalma paketindeki fonksiyon basehaz.

Daha sonra , bulduğunuz katsayılara göre belirli tehlike oranını elde etmek için çeşitli için çarpmanız gerekir . $e^{\beta}$

Basit bir örnek yardımcı olabilir:

library(survival) #survival analysis
library(eha) #used for data 
data(oldmort) #create the data

# Create surv data set
mort <- Surv(time=oldmort$enter,time2=oldmort$exit,event=oldmort$event)

reg_fit <- coxph(formula=mort~oldmort$sex)
summary(reg_fit)

# Now get baseline curve
baseline <- basehaz(reg_fit)

# Draw baseline hazard (that's male)
plot(baseline$time, baseline$hazard, type='l',main="Hazard rates") 

# Draw female hazard
lines(baseline$time, exp(-0.1929)*baseline$hazard, col="blue")

kopyalanan Cox regresyon özet sonuçları yapıştırılan, , ima veri kadın tehlike oranları olduğu erkeklere göre daha düşük. $\exp(-0.1929)=0.8245$ summary(reg_fit) $18\%$

— CarrKnight
kaynak

13

İşlev basehaz(önceki yanıttan itibaren) , tehlike işlevini (oran) değil, kümülatif tehlike sağlar . Bu sorunun tehlike fonksiyonu ile ilgili olduğuna inanıyorum. Tehlike işlevinin hesaplanması, düzleştirme türünün belirtilmesini gerektirir (yoğunluk tahmininde olduğu gibi). MuhazR, paket bir örnek veri için yapabilir. Cox modelindeki temel tehlike için bunu yapabilen bir fonksiyonun farkında değilim. Buna da ihtiyacım var. Kümülatif tehlikeyi kendi başıma düzeltmem gerekeceğini düşünüyorum.

— user21413
kaynak