Markov zincirini ve gizli Markov modellerini öğrenmek için kaynaklar

57

Markov Zinciri ve HMM'ler hakkında bilgi edinmek için kaynaklar (öğreticiler, ders kitapları, web yayını vb.) Arıyorum. Geçmişim bir biyolog olarak ve şu anda biyoinformatik ile ilgili bir projeyle ilgileniyorum.

Ayrıca, Markov modelleri ve HMM'lerin yeterli bir anlayışına sahip olmam için gereken matematiksel arka plan nedir?

Google’ı kullanmaya başlamıştım ancak şu ana kadar iyi bir tanıtım eğitimi bulamadım. Eminim buradaki birileri daha iyi bilir.

references  markov-process  hidden-markov-model  bioinformatics 
— yay
kaynak
2
Doğru bir cevap olmadığı için muhtemelen yayınınızı topluluk wiki yapmalısınız.
— csgillespie,
1
Daha yeni değiştirdim.

Yanıtlar:

19

İşte bazı dersler (PDF olarak mevcuttur):

  1. Dugad ve Desai, Gizli markov modelleri üzerine bir eğitim
  2. Valeria De Fonzo 1, Filippo Aluffi-Pentini2 ve Valerio Parisi (2007). Biyoinformatikte Gizli Markov Modelleri . Güncel Biyoinformatik , 2 , 49-61.
  3. Smith, K. İnsan DNA'sında Gen Bulmaya Uygulanan Biyoinformatikte Gizli Markov Modelleri

Ayrıca Bioconductor derslerine de bakınız.

Özgür kaynaklar istediğinizi varsayıyorum; Aksi halde, Polanski ve Kimmel'den Bioinformatics (Springer, 2007) güzel bir genel bakış (§2.8-2.9) ve uygulamaları (Bölüm II) sunmaktadır.

— chl
kaynak
8

Yanıtların hiçbirinin, HMM'ler hakkında Rabiner öğretici makalesinden bahsetmediğini görmek şaşırtıcıdır .

Pratik uygulama (makalenin ikinci kısmı) konuşma tanıma üzerine odaklanırken, bu makale muhtemelen açık ve iyi sunulmuş olması nedeniyle HMM literatüründe en çok alıntı yapılan bölümdür.

Markov zincirlerini tanıtarak başlar ve sonra HMM'lere geçer.

— Zhubarb
kaynak
5

Biyoinformatik uygulamaları için, HMM'lerdeki klasik metin Durbin, Eddy, Krough & Michison, " Biyolojik Sekans Analsysis - Proteinlerin ve Nükleik Asitlerin Olasılıklı Modelleri", Cambridge University Press, 1998, ISBN 0-521-62971-3 olacaktır. Teknik ama çok açık ve çok faydalı buldum.

MCMC için, Robert ve Casella tarafından yazılmış, (a) kitabının son hali var , Springer, "R ile Monte Carlo Yöntemlerini Sunmak " , iyi görünüyor, ancak henüz okuma şansım olmadı (örnekler için R kullanır, bu öğrenmenin iyi bir yolu, ama önce R'yi öğrenmem gerekiyor; o)

— Dikran Marsupial
kaynak
3

İşte Princeton'dan Ramon van Handel'in bazı notları :

Bu ders, gizli Markov modelleri için bazı temel matematiksel, istatistiksel ve hesaplama yöntemlerine giriş niteliğindedir.

İlk bölüm, biyoloji, finans ve ekonomi alanlarında HMM uygulamalarından oluşan güzel bir dizi içeriyor ...

— Rodrigo de Azevedo
kaynak
2

İşte Markov Zincirlerine güzel bir interaktif giriş http://setosa.io/ev/markov-chains/

— Galina Alperovich
kaynak
Soru Markov Zincirlerini öğrenmek için kaynak sorduğundan, burada bir öğreticinin bağlantısı uygundur - bu, cevabınızın kendi kendine yeten olmasını beklemeyeceğimiz ve bağlantının içeriğini tamamen özetlemeye çalışacağımız durumlardan biridir. - ancak bağlantıya bu kaynağın neyle ilgili olduğu konusunda bir açıklama ekleyebilseniz çok daha iyi olurdu, örneğin hangi seviyede (herhangi bir matematiksel önkoşullar var) ve hangi konuları kapsadığıyla.
— Silverfish,
Sitemizi kullandığınızda şunları okuyup anladığınızı kabul etmiş olursunuz: Çerez Politikası ve Gizlilik Politikası.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.