Tersinir atlama MCMC kodu (Matlab veya R)

14

Herkes geri dönüşümlü atlama MCMC için iyi yazılmış bir kod (Matlab veya R) biliyor mu? Tercihen, konuyla ilgili makalelerin iltifat edilmesi için basit bir demo uygulaması, sürecin anlaşılmasında faydalı olacaktır.

r matlab references mcmc

— Nick
kaynak

BUBS Book ve WinBUGS'ın 288.sayfa başına 288. sayfadaki OpenBUGS'a tersinir atlama MCMC'sinin eklenmesiyle ilgili tartışmalar var, sanırım bir Jump modülü var. Herkes JAGS için benzer bir gelişme duydunuz mu? Değişen boyutsallık yapmanın etkisini elde etmek için JAGS kodu yazmanın bir yolu var mı? Basitçe gerekenden daha büyük boyutlar tanımlamak mı?

— Jan Galkowski

12

RJMCMC tarafından tanıtıldı Peter Green bir de 1995 kâğıt bir atıf klasik. O adında bir Fortran programı yazdım AutoRJ otomatik RJMCMC için; David Hastie'nin C programı AutoMix'e bağlantı veren sayfası . Scott Sisson tarafından 2005 tarihli bir makalenin Tablo 1'inde çeşitli RJMCMC algoritmaları için serbestçe kullanılabilen yazılımların bir listesi bulunmaktadır . Bir Google araması , Glasgow Üniversitesi'ndeki bir gruptan, kendiniz programlamak istiyorsanız ilkeleri anlamada yararlı olabilecek bazı sahte kodlar da bulur .

— bir durak
kaynak

7

Kitap Nüfus Ekoloji için Bayes Analizi Kral ve arkadaşları tarafından. RJMCMC'yi popülasyon ekolojisi bağlamında tanımlar. Orada açıklamayı çok net buldum ve ekte R kodunu sağlıyorlar.

Kitabın ilişkili bir web sayfası da var , ancak kitapta bulunan kodların bazıları web sitesinde değil.

— csgillespie
kaynak

RJMCMC için WinBUGS kodu sağlar? Peki, WinBUGS RJMCMC yeteneğine sahip mi?

— Meraklı

1

@Tomas Birisi cevabımı düzenledi ve R'yi WinBUGS olarak değiştirdi. Hatırladığım kadarıyla, kitap R kodu sağlar.

— csgillespie

Teşekkür ederim. (+1) Btw, RJMCMC'yi nüfus ekolojisi için yararlı buldunuz mu? Yararlı olabilecek bir örnek bulamadım .. Her zaman örneğin standart MCMC ile veri güçlendirmeyi kullanabilirim ve bu işi benim için yapar. Kitabımın olmadığını unutmayın .. iyi mi?

— Meraklı

@Tomas Kitap, model seçimi için RJMCMC kullanır. Açıklamayı oldukça güzel buldum. Yine de öfkeyle RJMCMC kullanmam gerekiyordu.

— csgillespie

"öfkeli"?? Ne demek istiyorsun?

— Meraklı

1

@ Onestop'un cevabına bir ayrıntı ekleyin: Olivier Cappé (CT / RJ MCMC) tarafından yayınlanan C yazılımının Tersinir atlama MCMC algoritmasını anlamak için çok yararlı olduğunu düşünüyorum (özellikle doğum-ölüm ve bölünme olasılıklarının nasıl tasarlanacağı- birleştirme hareketleri). Kaynak kodun bağlantısı: http://perso.telecom-paristech.fr/~cappe/Code/CTRJ_mix/About/

— Xiangju
kaynak

1

Jailin Ai, Leeds'teki yüksek lisans tezinin bir parçası olarak görevli R koduyla birlikte RJ MCMC'nin oldukça güzel bir sunumunu (Green'in orijinal kağıdına çok yakın bir şekilde göstermesine rağmen) verir. Ayrıca Green'in 1995 tarihli makalesinde de yer alan değişim noktası sorunlarının derinlemesine bir örneğini vermektedir.

Tez ve kodu burada bulabilirsiniz:

http://www1.maths.leeds.ac.uk/~voss/projects/2011-RJMCMC/

— Jack O'Brien
kaynak

0

Nando de Freitas sinir ağı parametre tahmini için tersinir atlama MCMC algoritması kullanımı hakkında demolar sağlar. Bu model, nöron sayısını, model parametrelerini, düzenlenme parametrelerini ve gürültü parametrelerini tahmin edilecek rastgele değişkenler olarak ele alır.

Kod ve yazıyı burada bulabilirsiniz: http://www.cs.ubc.ca/~nando/software.html

— Vadim Smolyakov
kaynak