OpenBugs vs JAGS

41

Bayesian modellerini tahmin etmek için bir BUGS tarzı ortamı denemek üzereyim. OpenBugs veya JAGS arasında seçim yaparken göz önünde bulundurulması gereken önemli avantajlar var mı? Öngörülebilir bir gelecekte biri diğerinin yerini alacak mı?

Seçilen Gibbs Sampler'ı R ile kullanacağım. Henüz belirli bir uygulamam yok, ama hangisini tutacağım ve öğreneceğime karar veriyorum.

— DanB
kaynak

3

Benzer soru: stats.stackexchange.com/q/33315/5509

— Meraklı

34

BUGS / OpenBugs, kodun derlenmesini zorlaştıran bazı sistemlerde - insanların Windows öykünmesine başvurmak zorunda kaldıkları Linux (ve IIRC OS X) gibi bazı sistemlerde imkânsız hale getiren özel bir derleme sistemine sahiptir.

Öte yandan, Jags, standart GNU araçlarıyla yazılmış tamamen yeni bir projedir ve bu nedenle hemen hemen her yere taşınabilir ve dolayısıyla her yerde kullanılabilir.

Kısacası, eğer sisteminiz Windows ise o zaman bir seçeneğiniz var ve eğer hareket ederseniz, Bugs'a yapışmanın olası bir maliyeti var. Windows'da değilseniz, Jags muhtemelen daha iyi bir seçimdir.

— Dirk Eddelbuettel
kaynak

6

Linux Penceresinde emülasyon gerekli değildir, paylaşılan kütüphane doğrudan kullanılabilir. Sadece GUI bu şekilde çalışmıyor, ama onlar R. onu çağırmak istediğiniz gibi o DanB için bir sorun olmamalı

— GaBorgulya

1

@GaBorgulya Buna rağmen, iki araç arasında seçim yapabilseydim, tamamen seçilen sistemde çalışan aracı seçerdim.

— Fomite

1

Şu anda, BRugs paketi, belgelerde belirtildiği gibi 64 Bit Linux'ta desteklenmemektedir ve bu, C ile karşılaştığım gibi sorunlara yol açabilir; plot.coda iki sorularda rjags gelen mcmc.list çıktı bu sitede ve SO cevapsız kalmaktadır.

— David LeBauer

13

Bu soruyu yolda bulanlar için: Artık Stan var . Stan bir gün OpenBUGS ve JAGS'ın yerine geçebilir, ancak bu diğer paketlerin yaptığı tüm analizleri henüz desteklememektedir.

— Jack Tanner
kaynak

4

Neredeyse bir yıl sonra, bu konuda yorum yapacağımı düşündüm. Geliştiriciler adanmış gibi gözüküyor ve buna eklemeyi planladıkları şeyler (varyasyonsal çıkarım!) Stan'ın kaçınılmaz olarak OpenBUGS ve JAGS'ın yerini aldığını gösteriyor. Olduğu söyleniyor, şu anda ona güvenmiyorum ve şu an itibariyle sadece JAGS bir seçenek olmadığı zaman kullanacaktı. Karmaşık problemlerde daha az değil, daha mantıklı sonuçlar elde etmek için daha fazla ince ayar yapılması gerekiyor. Stan, Gibbs örneklemesini hiç kullanmıyor ve Gibbs'in çalışacağını bildiğim sorunlar için kullanmayı haklı çıkaramıyorum. Gelecekte bu sorunların çözüleceğini düşünüyorum.

— adam

1

@MattTagg Değerlendirmemin değiştiğini sanmıyorum ama bir uzman değilim. Çok kullandım ve daha iyi anladım, ancak tüm gelişmelere yetişmedim. NUTS'u basit Gibbs örnekleme güncellemeleriyle (bir karışımından JAGSve STANesasen) karıştırmak istediğim bir sürü model var , ancak bu STANkesinlikle mümkün olsa da, kısa bir süre sonra ufukta görünmüyor .

— adam

1

harika, teşekkürler bilmek güzel. JAGS ve STAN'da güncellenen örneklerle "Bayesian Veri Analizini Yapmak" adlı yeni sürümde çalışmaya başlamak üzere.

— süvari ayağı

1

JAGS ve STAN'ın en güncel karşılaştırmasını görmek için tekrar kontrol ediyorum. Hangisi şimdi daha iyi ve hangisinin gelecekte daha iyi olması muhtemel?

— itpetersen,

Hata modelini stan'a çevirmek için yardım isteyen bir soru gönderildi: stackoverflow.com/questions/53809468/… . - herhangi bir yardım çok takdir edilecektir.

— Krantz,

5

Hızlı sebeplerden dolayı openbug'ların üzerinden atlamanızı tavsiye ederim. Her ikisini de Linux sisteminde denedim ve pürüzleri çok daha hızlı.

— MRA
kaynak

3

bu, soruna özgü olabilir ...

— Ben Bolker

5

Jagların Linux'ta daha sorunsuz çalıştığını ve kurulumunun daha kolay olduğunu biliyorum , ancak şu anda GeoBUGS'ın desteklediği mekansal analizleri desteklemiyor. Bu yüzden OpenBUGS kullanıyorum.

— astaines
kaynak