«reproducibility» etiketlenmiş sorular

Makalelerimden birinde bazı rakamlara ek olarak bazı sayısal sonuçları da listeliyorum. Yapmak istediğim, makalemdeki sayısal sonuçların daima kodla aynı olduğundan emin olmak. Şu anda, simülasyon çıktılarımdan elde ettiğim sayısal sonuçları doğrudan son derece basit ve düşük teknolojili, ancak hata eğilimli kağıda kopyalarım, çünkü sonuçları yanlış kopyalayabilir veya kağıt sonuçlarını eşitlemeyi …

34 software  documentation  reproducibility 

Bilgisayar bilimi araştırmalarında tekrarlanabilirlik giderek daha önemli hale geldi. (Örneğin, bkz Roger Peng bu makaleyi Science , ben de bu tür başka makale ve web sitelerinin farkındayım.) Ancak, bu marka için bir dergi makale ile içermelidir ne kadar bilgi bana net değil (veya çevrimiçi) hesaplamalı araştırmam tekrar üretilebilir (fikri mülkiyet …

23 software  publications  documentation  reproducibility 

Hesaplamada tekrarlanabilir araştırmalar, bir hesaplama kağıdındaki sonuçları üretmek için gereken kodu diğer araştırmacılar tarafından kullanılabilir hale getirmeyi amaçlar, böylece bu koddaki sonuçları yeniden üretmek için bu kodu çalıştırabilirler. Tüm araştırmalarımı tekrarlanabilir hale getirmek istiyorum, ancak biraz takılmaya çalışıyorum: özel bir kütüphanede ( CHEMKIN- II ; lisans koşulları belirsiz). Bu yazılım …

19 software  publications  documentation  reproducibility 

Paralel bir azalma, karşılık gelen işlemin birleştirici olduğunu varsayar. Kayar nokta sayılarının eklenmesi nedeniyle bu varsayım ihlal edilmiştir. Bunu neden önemsediğimi sorabilirsiniz. Sonuçların daha az tekrarlanabilir olmasını sağlar. Ve bu tür tekrarlanamayan sonuçlar üreten altyordamları optimize etmek (veya parametreleri takmak) için simüle tavlama kullanıldığında daha da kötüleşir. Bu sorunla başa …

17 parallel-computing  reproducibility 

Bir makalede sonuç elde etmek için kullandığım bir program / kütüphane yazdım. (Burada olduğunu ama benim sorum geneldir.) Ben kullanarak düzenli olarak yayınlanmasını testleri ctest(o dönemde birkaç dakika sürer). Makalede bazı tabloları veya rakamları yeniden oluşturmak için, belki 10 dakika, bazen daha fazla çalışan bir komut dosyası veya basit bir …

15 reproducibility 

Tekrarlanabilir bir kağıt yazıyorum ve kağıt bir Python komut dosyası (benzer bir MATLAB komut dosyası neredeyse aynı sonuçları üretir) tarafından oluşturulan hesaplama sonuçları vardır. Kağıdın içindeki hesaplamaları koddaki hesaplarla eşleştirebilseler, makalenin okuyucular için daha kolay anlaşılabileceğini hissediyorum. Çalışma soyut bir formalizm öneriyor ve makaledeki örneklerin bu formalizmi okuyucular için (birçoğu …

14 python  software  reproducibility 

Fizik, biyoloji, kimya vb. Deney yapmak için farklı kurallara sahiptir: hangi olayların ilgili olduğu düşünülür, numunelerin kontaminasyonu nasıl önlenir, bir üreme sürecinin nasıl oluşturulacağı ve düzeltileceği vb. Sayısal deneylerde doğruluğu ve tekrarlanabilirliği sağlayan standartlar, protokoller ve en iyi uygulamalar nelerdir?

13 benchmarking  reproducibility  experiment 

Genellikle, seri kodu yazıyorum ve bunu yaptığımda bazı xUnit tarzı test çerçevesiyle (MATLAB xUnit, PyUnit / nose veya Google'ın C ++ test çerçevesi) birim testleri yazıyorum. Bir cursory Google aramasına dayanarak, uygulayıcıların MPI kullanan test kodunu nasıl kullandığını çok fazla görmedim. Bunun için en iyi uygulamalar var mı? Birim testi …

13 parallel-computing  petsc  mpi  testing  reproducibility 

Tekrarlanabilir bilimsel sonuçları göz önünde bulundurarak kodun uzun ömürlü olmasını sağlamak için yayınlanmış en iyi uygulamaların bir listesi var mı? (ör. açık kaynak, dokümantasyon uygulamaları, bağımlılık seçme, bir dil seçme, sanal makineler, vb.). Tipik bilimsel kodun veya diğer yazılımların yarı ömrünü tahmin etmeye çalışan herhangi bir çalışmayı (veya eksik, örnekler …

11 software  publications  reproducibility